那么日本列岛真的会沉没吗？这是一个融合了大陆漂移学说、地球物理学、地质学、海洋学、气象学、地震学等等的科学论证：
先说地球的内部构造，中心像蛋黄一样的是地核；周围像蛋白一样的是地幔；最外层的是地壳。￥℉，地核分为内核和外核，内核是固体，外核是液体，中心压力三百万个大气压，温度高达摄氏六千度。地幔也有上层和下层之分，厚度大体是地球半径的一半两千九百公里，其构成物质是橄榄石，与地核分界处有四千二百度，与地壳分界处大陆是六百到八百度，与海洋是最多两百度。地壳由较轻的陆地板块和坚硬的洋底板块构成，厚度最薄，大陆部分仅三十公里，海底仅有5公里，大陆块通过构成洋底地壳的硅镁层，像冰山一样飘浮在地幔上方较硬的板块上（如同站在一个直径五十厘米的气球的零点二毫米的薄膜上）。
再说，由于温度的差异和物质质量的不同，地幔层会形成对流。犹如气象学知识，冷暖气流峰面交集会形成云和雨，地球地核的不断膨胀和地幔的对流形成了造山造陆运动，以及大陆漂移。五千万年间，日本由紧挨着俄罗斯海滨边疆地区呈笔直走向的版图，向南移动了五六百公里，弯曲成东北和西南走向弓箭状的区域。（地球内部的、相对于地震波而言一直被认作固体的地幔，实际上是一种长期处于缓慢对流的物质；日本海沟正好处在大型地幔流上方的太平洋板块的沉降部；日本列岛是跨在地幔流前锋的锋面上；列岛的太平洋一侧由于钻入列岛下面的板块作用被下拉动，加上来自大陆一侧的地幔上升、日本海沟的扩大，使它承受了一种被推向大洋一侧板块之上的巨大力量。于是日本版图漂移改造了）
最后，地核由于压力、温度升高，不断扩张，引起地幔对流形态变化急剧、不连贯。地幔对流漩涡被分割得很小，这个契机点正是，日本列岛在太平洋一侧的地幔块急速缩小，当支撑点没了。日本也就沉没了。（像给容器里的水加热一样，温度低的时候，水面正中有个上升部，周边有个下降部。形成缓慢的对流；而高温沸腾时，整个水面都形成升沸点）
因此在电影中，用N2炸药填满钻孔、把将日本大陆拖入海中的洋底板块炸断，从而最终制止了日本的沉没。理论上说，这是不可能的。不过，书也是科幻。
日本人自己写了日本的沉没、自己拍了《日本沉没》，深度解读日本岛国的忧患意识。人说，中国的历史是一部饥荒史；而日本的历史，就是一部灾难史，在经历了千疮百孔的灾难后，日本人造就了匪夷所思的让人瞠目结舌的民族特性。想想日本右翼的所作所为，也是可以想象的。电影中，有句话比较深刻，“同所爱。同国家，生死与共”。和书里描述的一致，当得知日本即将1年内沉没，大多数人认为最好的办法就是什么也不做…这是一种怎样的精神呢？
其实，如果从日本文化的主体性来看，日本沉沦的主要威胁并不来自文化、政治与经济，而是来自大自然本身。包括政治经济文化在内各种属于人的力量，在巨大的自然变故面前显得是如此毫无招架之力，人所能做的，就是在有限的时间范围内尽可能地逃生。毫无疑问。这标明了日本作为岛国文明的一种强大的内在恐惧。为了逃避这种恐惧，日本不得不千方百计地去占有“大陆资源”，甚至不惜对其他陆地国家和民族实施武力征服和掠夺。