1664年(康熙三年)贵州水西宣慰使安坤起而抗清，被讨平后，吴三桂奏分其地为4府:以大方城为大定府，以利城为平远府，以乌撒为威宁府，以水西为黔西府，水西地区第一次改流。
1665年(康熙四年)云南新兴州(今云南省玉溪)土司王耀祖和宁州土官禄昌贤联络嶍峨、石屏、蒙自、陆良、弥渡、维摩、王弄山、教化等大小土官共起反抗，被吴三桂镇压后，废除了这些地区的土官，改新兴、宁州为流官知府，在教化、王弄山、维摩等原土司地区设立开化府，委派流官管理。
1723年(雍正元年)将云南丽江土府改流。
1724年、1725年又将云南威远、姚安等地改为流官知府。
在广西，清朝于1663年(康熙二年)将镇安土府改置流官通判。
1719年(熙五十八年)废思明土司黄氏，改设流官。
这是清朝改土归流的初期阶段。
其次是进阶阶段，1726年(雍正四年)鄂尔泰任巡抚云南兼云贵总督事后，向清政府提出了全面改土归流的计划，开始了大规模的改土归流活动，改流进入大规模时期。
在这一阶段清政府根据不同地区、不同情况和土司的不同表现，采取了区别对待的不同策略进行改土归流。
(1)边远地区与内地的区别，认为在内地的土司可改流，虽在边远地区但实际和内地一样的也可改流，边远地区则暂时保留土司统治，即先改内地条件成熟的地区，后改边远地区。
(2)在云南改流是以澜沧江东西为分界线，澜沧江以东必须改流，澜沧江以西的土司暂予保留。
(3)奉法与不法的区别，清朝对罪大恶极违抗朝命的土司首先改流，对守法的能抚绥其民的与流官州县循良相同的土司则不改流，只使其向化。
清朝在改土归流的高潮时期按照剿抚相兼兵威并举和3种不同区别的策略，采用以下几种方式改流:
首先自然是武力改流，清政府认为世代拥有土地、人民、武装的土司，要他们“去封号、徼兵械、纳土称臣，解甲归田，帖然受命改流，是不可能的事。
故鄂尔泰受命之日，即移兵攻贵州广顺州之长寨，终于古州，首尾用兵凡五六载”。
清朝首先对东川、乌蒙、镇雄3地用兵，最后改置乌蒙、乌撒、镇雄、东川4流官知府。
继后，对云南镇源、威远、恩乐、车里、茶山、孟养等处用兵，将这些地区改设流官。
1726年(雍正四年)二月鄂尔泰出兵攻贵州广顺州长寨，长寨是滇、黔两省苗、彝杂处之地中势力最强大的土司，故鄂尔泰在贵州改流之始首先对长寨用兵，前后用兵3年，设流官统治地区计有1298寨，5978户，男妇35982口，地方600公里。
1727年(雍正五年)闰三月出兵谬冲，谬冲是黔、楚之交界处花苗中最强大者，鄂尔泰攻下谬冲之地后，将其地一部分归黔省黎平府，另一部分归广西怀远县管辖。
从1728年至1730年(雍正六年至八年)对贵州八寨、丹江、九股、清水江、八万古州等地用兵，尔后将这些地区改置流官。
1728年(雍正六年)清朝出兵攻下广西八达寨改归西隆州管辖。
1731年(雍正九年)清军又攻下广西邓横寨，将其地改流。
以土司“贪劣”、“不法”而改流。
这种情况以广西改流为最突出，如广西的泗城土知府岑映宸、思城州土知州赵康祚、小镇安土巡检岑绳武、下龙司土巡检赵墉等人均以贪暴专横不奉法而被废除，改置流官。
至于土司主动请求改流的话，种情况多发生在湖北、湖南两省土司中，原因是这些地区土司大都接近于内地，受到汉族地主经济的影响较多，而清朝在雍正年间西南地区的大规模改土归流对湖北、湖南的土司震动很大，在形势所迫之下，大部分土司皆主动要求改流。
1728年(雍正六年)永顺“宣慰使彭肇槐纳土，请归江西祖籍”，遂改永顺司为永顺府。
1727年(雍正五年)南渭州土知州彭宗和上溪州土知州张汉儒即纳土，施溶州土知州田永丰亦纳土，错若峒、麦著峒、田家峒、驴迟峒等长官司土官皆纳土，请求改流，清朝将以上各地归入永顺县。
同年，白岩峒长官司土官亦纳土，将其地划归龙山县。
以土司因互相仇杀，互争不息而改流。
湖南桑植土司向国栋，长年与容美、永顺、茅冈各土司仇杀，民不堪命，于1726年将其地改为桑植流官县，属永顺府，广西上林长官司长官等人互相仇杀，被改设流官。
到1731年(雍正九年)改土归流高潮结束，基本上完成了清政府予期改流任务，大部分土司地区皆改为流官统治，先后招抚讨平贵州苗瑶寨2000余，缴纳广西土司敕印和军器2000余件，云南澜沧江以东普遍设立流官知府，湖北、湖南大部分土司“纳土”，故史称“自四年至九年(雍正四年至九年)蛮悉改流，苗亦归化，间有叛逆，旋即平定”。
最后就是改流的末期阶段，怎么说呢，清朝改土归流的末期阶段，是从1732年(雍正十年)经乾隆最后到清朝末年的宣统年间。
这一阶段是在原改流的基础上，对尚未改流的土司继续不断的改流。
在云南对澜沧江以西沿边土司不断改流。
猛缅长官司于1746年(乾隆十一年)改设流官通判。
猛猛土巡检于公元1764年(乾隆二十九年)改设流官归顺宁府;四川、湖北、湖南在1731年(雍正九年)后改流的土司最多。
四川酉阳地区土司从1734年至1736年全部改流;石柱土司区于1760年(乾隆二十五年)改流。
川西的改流一直延续到清末，1775年(乾隆四十年)平定大、小金川开始改流，直到1911年(宣统三年)才最后完成大、小金川的改流。
1909年(宣统元年)川督赵尔丰将德格、春科、高日、灵葱等地土司改流。
1910年(宣统二年)将巴塘、甘孜等地的土司印信收缴，改设流官，四川改流到此全部结束。
在湖北，1735年(雍正十三年)唐崖长官司覃梓桂、龙潭安抚司田贵龙“纳土”，将二地并入咸丰流官县。
同年被改流的还有西萍长官司、施南宣抚司、忠路安抚司、沙溪安抚司、建南长官司等土司地区;此外东乡安抚司、忠建宣抚司、忠孝安抚司、忠峒安抚司、高罗安抚司、木册长官司、散毛宣抚司、大旺安抚司、卯峒长官司、漫水宣抚司、容美宣慰司等都先后在1733年至1735年改置流官。
在湖南，1735年(雍正十三年)上峒长官司、下峒长官司、茅冈长官司皆“纳土”改流;继后石门天平所、慈利麻寮所相继请求改设流官。
湖北、湖南改流全部完成，“合境无土司名目”。
经过清朝3个阶段的改土归流，到1911年(宣统三年)民政部所奏各地改土归流的情况可作为清朝改土归流的总结，其奏云：
湖北的施南，湖南的永顺，四川的宁远，广西的泗城，云南的东川，贵州的古州、威宁等府州厅县先后建置流官，渐成内地。
乾隆以后征服大、小金川改流官。
近几年(宣统前后)云南富州、镇康，四川巴塘等处先乒奏请改土归流，而广西一省改流尤多，所有土州县土司皆停袭，及撤任调省。
四川尚有瞻对、察木多等处没有改流。
除湖北、湖南已全部改流官外，广西土州县、贵州长官司等，名虽土官，实已渐同郡县。
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