鄂尔泰在1726(清雍正四年)的奏疏中就对四川、贵州、云南、广西的改土归流提出了具体的原则和计划。
鄂尔泰说:“云、贵大患无如苗、蛮。欲安民必制夷、欲制夷必改土归流”。
指出改土归流必须进行，然后提出了对4省改土归流的计划:将原属四川的东川、乌蒙、镇雄改隶云南，相机改流设三府一镇。
广西的土府、州、县、峒、寨分隶南宁、太平、思恩、庆远4府，并将牂牁江以北的普安州划归贵州，牂牁江以南的西隆州划归广西，增州设营。
云南以澜沧江为界，江内(澜沧江以东)的镇源、威远、元江、新平、普洱、茶山等地改设流官，江外(澜沧江以西)暂不改流，即“江外宜土不直流，江内宜流不宜土”的改流原则。
贵州苗疆3000余里，1300余寨的改土归流，首先要开通黔桂道路，然后派兵深入“徧加剿抚”而后设立流官政权。
关于改土归流的原则和方法，鄂尔泰在其奏疏中也说得很清楚:“改流之法:计擒为上，兵剿次之;令其自首为上，勒献次之”。
就是“剿抚兼施”，“恩威并用”的政策。
明清王朝的改土归流是在各种机会和借口下进行的。
(1)当地各民族起来反抗，被镇压后借机改流，如贵州的治古、答意二长官司、施秉蛮夷长官司均是因当地苗族人民反抗被镇压后而，改流的。
(2)土司犯罪或叛乱被镇压后改流，如贵州金达蛮夷长官司土官何伦父子犯死罪而被改流，还有云南武定土司凤氏、顺宁土司猛廷瑞叛乱被镇压后均设流官。
(3)土司宗族争袭时被改流，如云南鹤庆土府因土司高氏宗族争夺土官职位“伏诛”后改设流官知府。
广西的左州、利州也都是因族人争袭而改流的。
(4)土司侵掠邻境被镇压后改流，如广西养利州、永康州土司侵掠邻境，“总兵官赵辅等擒诛之，因改流”。
(5)以不系世袭为由改流，如贵州大万山长官司申世隆死后，其继承人因“不系世袭”而被改流。
(6)土司绝嗣后无人承袭而改流，如贵州永从蛮夷长官司李瑛死后绝嗣，无承袭者而被改流;广西上石西州、土田州皆因土司死后绝嗣改流。
(7)土民请求改流，如酉阳、保靖、桑植、容美等土司地区人民“迫切呼号，蛮皆改土”而被改流。
(8)土司自请改流，如贵州金筑安抚司土舍金大章乞改流，遂改金筑安抚司为广顺州。
(9)以新建州县或划州并县为由而改流，如广西的忻城、程县、镇安、西林、西隆州等地流官的设置皆以划州并县为由而实现的。
总之明清王朝是利用一切机会，只要条件许可即实行改土归流。
而明朝的话，要知道明代的改土归流是明朝中叶前后才开始的，在一些具备改土归流条件的地区进行，一般改流的规模较小。
在贵州地区的改土归流是从1413年(永乐十一年)开始，废思南、思州二宣慰司，并邻境之地设思州、思南、镇远、铜仁、石阡、黎平、乌罗、新化八个流官府。
1415年(永乐十三年)因普安安抚司“土酋慈长谋为不轨”，改设普安州，归流官管辖。
1431年(宣德六年)因永从蛮夷长官司土司死后绝嗣，无承袭者而被改为永从县。
1444年(正统九年)因施秉蛮夷长官司地区苗族反抗被镇压后，改设施秉县。
正统年间流官势力已深入控制了安顺、普定，这些地区实际上已经改流。
1497年(弘治十年)由于金容金达蛮夷长官司土官“何伦父子罪死”，改设流官。
1612年(万历四十年)金筑安抚司土舍金大章请求改流，改金筑安抚司为广顺流官州。
1628年(崇祯元年)在贵州宣慰司的宋氏洪边十二马头(水东地区)地区设开州(今贵州省开阳)流官州，水西地区安氏势力已经衰落，流官实际已控制了贵州宣慰司土司地区。
明朝在四川的改土归流是从弘治年间开始的。
1495年(弘治八年)马湖“土知府安鳌有罪伏诛”，遂改马湖土府为流官知府，但知府驻地以外的泥溪、沐川、平夷、蛮夷4长官司仍然是土司的势力范围。
1573年(万历元年)明军剿平山都掌地区的水都、山都后，改该戌县为兴文流官县。
1600年(万历二十八年)明朝在镇压了播州宣慰使杨应龙的反叛后，“分播地为二:属蜀者曰遵义府，属黔者为平越府”，原属播州宣慰司的2安抚司、6长官司亦同时全改设流官。
1623年(天启三年)由于永宁土司奢氏长期侵夺邻境，并发动叛乱，明朝在镇压了奢崇明的叛乱后，将永宁宣抚司改土归流。
明朝在云南的改土归流是从正统年间开始的。
1443年(正统八年)鹤庆土府土官高氏长期“屡逞凶恶，屠杀士庶”，并不断发生争夺土司职位的仇杀，于是明朝便宣布高氏领地内“户下人口收籍当差，止令流官管事”，改鹤庆土府为流官知府。
1477年(成化十三年)由于寻甸土府土司统治势力的衰落，土官为保其统治而发动叛乱，加上土司家族长期为争夺土司职位而仇杀，导致土官统治的灭亡，明朝借机将寻甸土府改为流官知府。
1481年(成化十七年)因广西土知府昂贵有罪革职，改为流官知府。
1553年(嘉靖二十二年)元江土司那氏族人争夺土司职位，被明军镇压而在元江第一次设流官知府。
1567年(隆庆元年)在平定武定土知府凤继祖的叛乱后，改为流官知府，但又象征性地保留了土司的地位。
1597年(万历二十五年)顺宁土知府猛廷瑞与其兄争夺土司职位，被诬告为反叛朝廷，“官兵悉剿除之”，改为流官知府，并改大侯土州为云州流官州，隶属顺宁府。
明代在广西改流较早，从洪武年间就开始了。
据统计整个明朝在广西地区改土归流共16处。
1368年(洪武元年)将忻成土司改为流官知县;1505年(弘治十八年)上思州黄姓土司“叛服无常”，被明军讨平后改设流官知州。
嘉靖年间因思恩土府土官岑濬屡出兵侵掠邻境，明朝出兵征讨，杀了岑濬，改设流官知府。
明朝的改土归流主要在贵州、四川、云南、广西4省进行，其它地区的改流并不突出。
明代的改土归流总的说是不彻底的，并曾遭到土司的强烈反抗，因而出现了许多反复，在许多改设流官的府、州、县中，流官政权很不巩固，有的土司地区设流官后，因为各种原因而出现了复流为土的现象。
这是因为明代土司制度还处在全盛时期，一方面土司制度对明王朝的统治还能起到一定的作用。
另一方面土司势力还比较强大，可以利用群众的力量起来反抗改流。
同时明代改流的土司地区，大部分处于地主经济兴起的时期，还未能彻底战胜领主经济，就是说土司统治的社会基础还没有受到根本的破坏，明王朝也没有力量对改流地区进行完全的控制，决定了明代改土归流的不彻底性和反复性，改土归流就只有在条件完全成熟的清朝才能彻底进行。
因此改土归流贯是通于整个清朝的事情，可以说在整个清朝的统治过程都在进行，大体可以分为3个阶段:
首先是初期阶段，初期阶段是从清初到1725年(雍正三年)。
清朝初期，清军进入南方土司地区时即对有条件改流的土司趁军事胜利改流。
1659年(顺治十六年)吴三桂在镇压了云南元江傣族土知府那嵩的抗清活动后，将元江改设流官知府。