刘有光的话对我震动不小，整顿吏治的事确实可以以穆天川的案子作为突破口来开展。如果不严惩穆天川并牵出他身后大大小小的蛀虫们，其他那些“线儿”必然受到“鼓励”而更加肆无忌惮的进行贪墨，这种情况如果继续并扩大下去，我以前做的那些努力所形成的利益将全部变成贪官们的口中之食，时间一长，百姓倒霉，必然会再出现动乱，这将直接威胁到我的统治甚至是生命。我总不能眼睁睁的看着贪官败坏朝廷的名声，最后再出现什么“闯王来了不纳粮”的歌谣，腐朽的汉王朝在这震耳欲聋的革命歌声中土崩瓦解，昏庸的醇佑皇帝自缢于煤山的历史典故吧。（好象大汉宫廷后面没有煤山，我到时候连上吊的地儿都没有，想想都不寒而栗。）
有了崇祯皇帝“有道无福”的前车之鉴，我迅速终止了南下巡游的计划。本来南巡之旅也只剩下杭州一站，而且到那里去的主要目的是为了督察战船建造的事，为以后扬帆出海，北征倭岛，南下南洋作准备的。现在国内的事都没理清楚，还谈什么扬威海外，建立殖民地推动大汉的特殊资本主义发展（所谓特殊是指寻求一种不同于西方至下而上的资产阶级革命，不然的话，我就得上断头台，傻子也不会干往自己脖子上套绳索的事）？
一道圣谕下去，刘有光手下的御史们大批南调，准备铺排开好好的查一查穆天川的案子，其实这样做也是虚张声势，根本不可能完全把此案牵涉人员全部挖出来，穆天川送出去了整整三百万两，牵涉的人绝对不是个小数。
穆天川虽然因贪污而下狱，但他心里并不糊涂，他知道如果把后面的人全部供出来，他的小命必然不保，而我在将这棵大树连根拔起的同时也会大伤元气，最后的结果很有可能是大事化小，将穆天川和一批较低级别的官员杀头了事，而更上头的人却安然无恙。这样的心理下，穆天川就选择了咬紧牙关只要不被打死就不松口，他是希望用这种保别人的方法换来与他拴在一条线上的大“蚂蚱”保他的命。
穆天川这种做法，我和刘有光他们也已经预料到了，所以审穆天川仅仅是个表面文章，我们要用暂时保住穆天川的命这个“拖”字决给官员们造成精神上的压力，这种压力时间越长效果越好，但拖的太长又会使人疲塌，形不成预期效果，所以在审穆天川的同时，我连下了几条谕令，做出要严惩贪官、整肃吏治的姿态。
在这些谕令中，最引人注目的一条是有关官员年考的，因为我在前些日子赐了穆天川绩优考评，许多人都认为我很有可能因为前面的圣旨而对穆天川从轻发落，以维护我自己的颜面。针对这种思想，我发下命令：各地官员任免提拔暂时中止，此前的考评全部作废，不作官员升迁的凭据。从圣谕下发之日起，由吏部和督察院共同重新考评官员政绩，同时赋予百姓风闻言事权利，以不记名方式收集地方各界对各级官员的评价，并综合这些评价作为官员考绩的重要参考。
这种方法有个好处，那就是避开并利用了官场瞒上不瞒下的作风，直接从普通百姓中收集情况，百姓们不用具名，自然不怕打击报复，所以敢大胆评价“父母官”，同时广泛收集又能全面了解官员的政绩，不用怕因为一些心怀叵测的人依靠朝廷给予的权利对正直官员进行诬告而冤枉了好官。
有了这些谕令和行动，全国各地顿时震动，百姓们自然是拍手叫好，而一些官员见皇帝根本不像历朝历代的“圣主”们那样顾及颜面，连自己刚刚夸过的人都要严惩，于是就坐不住了，纷纷做一些利民的好事来修补自己的形象，但俗话说“修行靠平时”，你平时是贪官一个，朝廷政令发下以后再临时抱佛脚的虚伪一回，谁还会买你的帐？这样一来，皇帝要一鼓作气肃清吏治的舆论便造了起来，有了这个舆论基础，整肃吏治的行动才能更加顺利。
等这些政令下发下去，我没等穆天川一案审结就下令回銮京师，这一方面是我没有心情再巡下去，另一方面也是在造舆论，让天下的官员百姓看到皇帝因为穆天川的案子龙颜大怒，这次整顿吏治的行动必然不会草草收场。
经过一个多月的颠簸，圣驾回到了京城洛阳，留守的朝廷重臣们和先期回京的曾楚卿等人出京十里将我迎回了皇宫，史娉婷等后妃来见了驾后，我让她们全部跪安，而我自己则躺在乾元宫的龙塌上休息。这一路把我累的，因为赶路，这一个多月都快风餐露宿了，再加上沿路官道不多，土路颠簸不堪，我至少瘦了好几斤。“要想富，先修路，少生孩子多种树”，现在我终于明白那些大标语都是至理名言了。等过些日子理清楚吏治的事，我第一个要做的就是发动全民修路运动，怎么也得整出几条高标准的高速公路来。
在宫里休息一天，第二天恢复了早朝，满殿大臣三呼万岁的声音让我重新找回了高高在上、君临天下的感觉，于是整肃吏治的信心便更足了。
“启禀皇上，考绩官员之事，臣吏部已协同督察院派员，并拟定考评方略一十三条以及考绩五等标准行文各地。为防止各地官员徇私舞弊，臣等已将各地吏部辖员和御史异地调用，并由朝廷派员予以统领，此次考绩应当公允。”曾楚卿第一个出班奏道，自从出了穆天川的案子后他就收敛了很多，我下命令废除以前的考评多少有点打他脸的意思，他这么聪明的人还能感觉不出来？
我点了点头，算是对曾楚卿能力的肯定：“你们做的很好，此次考评差员必须异地调用才能防止徇私舞弊。不过异地调用这么多的差员，所需花消不在小数，这些钱不能让地方出，不然又得有吃人嘴短的事出来，你和方明德商议个妥善的法子安排出支用度，不要太过破费，也不能亏待了差员们。”