李定国渐渐认识到，要想在这个冷热兵器交替的时代，让自己的军队战无不克，攻无不胜，除了注意军队的数量规模，在保障军粮供给没有问题的前提下，当然士兵多多益善，除此之外，更要注意军队的质量，像左良玉那般动辄拉起几十万人马只能吓唬跟他一样的军阀或农民军，遇到正受瞎眼天神眷顾的鞑子铁骑就无济于事了，因为完全是乌合之众。
一个军队的质量包括装备、训练、军纪、信仰等几个方面，这是军队强大的四要素，可能在平常人眼中，它们的重要性是依次排列，而在李定国看来，它们的重要性要倒着排，因为二十世纪的抗日战争、国内解放战争、抗美援朝等战争中装备残缺、训练不足的一方竟然屡屡战平甚至战胜装备强大、训练充分的一方，让他明白信仰对于一个军队战斗力的提升几乎可以说是脱胎换骨，即便这种信仰粗陋的像白莲教一般，只要有杰出的领袖和适合的时机，照样能够取得天下，如朱元璋旧事。但目前的他受制于张献忠麾下，根本不可能推行什么信仰。而装备这方面对农民起义军来说，只能说“没有枪没有炮，敌人给我们造”，李定国那超越时代三百七十年的见识和他在大学学过的机械知识，都只能在有了像样的根据地以后才能派上用场，才能将自造装备摆上日程。
目前他能够做的就是按照《纪效新书》，再结合义军实际情况来整肃军纪和加强训练。
在军纪方面，《纪效新书》特别强调赏罚在治军中的作用，主张赏罚要公正，赏不避仇，罚不避亲，指出：“凡赏罚，军中要柄。若该赏处，就是平时要害我的冤家，有功也是赏，有患难也是扶持看顾；若犯军令，就是我的亲子侄，也要依法施行，决不干预恩仇。”戚继光言行一致，带头执法，后来以临阵回顾，斩其长子。书中还制定了许多具体的训练纪律，各项赏格罚条、连坐法等。制订了严格的民众纪律，如规定：“砍伐人树株，作践人田产，烧人屋房，**作盗，割取亡兵的死头，杀被掳的男子，污被掳的妇人，甚至妄杀平民，假称贼级，天理不容，王法不宥者，有犯，决以军法从事抵命。”
李定国吸收戚继光在整肃军纪方面的经验，将军规禁律再做严格细化，并在随后的日子里，李定国教导麾下两千人将军规上的字全部认识清楚，然后逐条给他们讲解清楚，让他们在理解的基础上熟记下来，全部背熟背会，烂熟于心。
再随后，当众斩首了十几名新降兵，因为这些人或杀害无辜百姓或私吞财物或抢掠战友的战利品，都犯下了昔日在左良玉麾下的老毛病，在李定国全力推行整肃军纪之时，可谓恶意顶风犯案，李定国自然二话不说，就命人将这些害群之马斩首示众，以儆效尤。
又过了几天发生了一件事情，原来的娃娃兵里的十几个**（义军高级将领的子弟）竟然跟孙可望的亲兵群殴，他们不忿于孙可望故意重伤李定国且毫无歉意的无赖行径，再碰到盛气凌人的孙可望亲兵队，便不可遏止心头的怒火，就跟孙可望的亲兵对阵起来。当此时，孙可望也不想把事情闹大到让张献忠知晓，便想大事化小小事化了。李定国也是同意，但关起营门后，他先讲明内部不团结对义军未来的严重危害，将这十几个惹事的家伙说的心服口服之后，才喝令将他们都责以五十军棍。李定国随后在军规里加上一条，跟友军或自己营内的人私相争吵斗殴者，处以二十到一百不等的军棍之刑，尤其是跟友军士卒私斗，都会处于五十以上的军棍刑罚。孩儿营暂编的二千士卒都明白了李定国的苦心，都领受这一军规。
通过以上种种举措，李定国在孩儿营里树立了军规的权威性，使得原来散漫的孩儿营恍然一新。李定国还将进一步加强军规教育和奖罚，将严明军纪变成他麾下军队的标志。
军纪问题不是一朝一夕就能彻底解决的，需要漫长的坚持，并且会在日后部队编制扩大、良莠不齐的人员加入部队时遭遇连番的考验，这自然是后话。