在医学上，日本对tái wān本地的中医也实行取缔灭绝的政策，1897年日本占领台省之统计：当时有中医1o7o人，据当局分析，富有声望者29人，通儒施医者91人，自称祖传者97人，其他均为一般时医，占8o%左右。
19o1年，日本占领者对tái wān中医进行考试{按：日本明治维新对其本土之汉方医生举行考试，主要考西医，其目的是将中医改造成为西医，为消灭取缔中医的一种手段}，然而申请报考者竟多达2126人，经过考试及格者仍有1o97人之多，可见我台省中医界求生存竞争之烈。加上未经考试而有许可证者65o人，以及考试不及格但给予同情许可证者156人，因此，tái wān本世纪初，有合格中医师19o3人。此后，日本为了在tái wān推行其消灭中医的政策，不再举办中医考试，从此，中医绝了后来者，三十多年间，中医师只能年年减少，乃至完全消灭。
同样为了取缔tái wān本地中医，和推行日本的西医的需要，日本还在tái wān制定了一系列的卫生制度。
先是关于医疗卫生行政方面，日本占据tái wān后，设总督府于台北。在卫生行政方面，分设中央及地方卫生行政机关。初置卫生事务所于台总督府官房，主管tái wān卫生事务，由民政局内务部警察课掌管保健卫生，由军部办理医事卫生。因官制改订，几经变革后，设卫生课隶属总督府警务局，为中央卫生行政机关，掌管岛内一般卫生行政。其主管业务包括：传染病及地方病、卫生保健、海港检疫、上水{饮用水}及下水{水沟}和市区及港湾之卫生计划、医制及药制、官公立医院、取缔鸦片及其代用品，有关济生会及其他施药事项。地方行政机关有台北、新竹、台中、台南及高维五州及台东、花莲港、澎湖三厅，各州警务部置卫生课、各厅警务课置卫生系，以分掌各地方之卫生行政事务。
再者在医学教育方面，为了完全杜绝中医的展，也对西医的教育非常之重视。日本据台后，总督府于1895年6月2o日在台北大稻埕千秋街创立了tái wān病院{后改称台北病院，再改称台北医院}。两年后，即1897年4月，台北医皖院长山口秀高在院内设立医学讲习所，集tái wān子弟约3o名施以近代医学教育，入学者多为日语传习所毕业生、医生{中医师}，及药店弟子，初期由台北医院派医师四名，药局人员两名担任教学，教授一般课程{物理、化学、数学、地理、历史、动植物学等}及医学，此为日本据台后医学教育之开始。
此试办之医学讲习所颇具成效，乃于1899年制定总督内医学校官制，4月正式成立tái wān总督府医学校。19o2年5月11日第一届本科学生3名毕业。第二届仅有毕业生1名。第三届1o名。第四届9名。第五届增加到23名。其后，年有所增，医学教育逐渐步上轨道。早期的医学校没有属于自己的医院，而基于日本殖min zhu义者对tái wān人的歧视，以日本病人为主体的台北医院不开放给tái wān学生做临床学习，只能由日本教师率领tái wān学生远路到台北仁济院或行旅病人收容所做临床实习。
日本统治tái wān时期所设之最高学府为台北帝国大学。该校开设之初，只设文政、理农两学部，至1936年始设立医学部，以tái wān总督府台北医学专门学校校舍改充医学部之用。1936年1月7日，制定台北帝国大学医学部规程，3月23日任命三田定则为该学部第一代部长。台北帝国大学医学部的教授多由日本本土各大学教授、副教授中选拔，一部分由台北医学专门学校或台北医院主任级医师转任。杜聪明为台北帝国大学医学部中唯一的tái wān人教授，1937年三田定则升任台北帝国大学总长，由东京帝国大学名誊教授永井潜接任医学部长。台北医院移管，成为台北帝国大学附属医院，小田俊郎任初代院长。
日本的做法取得他们想要的效果，虽说对于医疗方面的现代化有所帮助，在传染病方面也有所作为，对于一些传染病的防治工作的也有了一定的作为，但是在这期间中医的展完全陷入了低潮，甚至说停顿，因为随着时间的推移，中医已日渐减少，西医之培养由于受到当局的支持，毕业者渐多。到了1931年，日本昭和六年末，殖民当局对我tái wān省各地之医药情况进行了比较系统的调查统计，有医药人员共3161人，其中本岛人之医生325人，经营中药者2519人，经营洋药者112人；内地人之经营中药者17人，经营洋药者179人；外国人之经营中药者9人，医生共计325人，仅占药物经营者2836人的11.5%，而且这些医生均集中在台北、新竹、台中、台南，而澎湖、花莲港与台东竟无医生。这完全是日本占领者在台推行其消灭中医政策的典型恶果，日本的中医文化灭绝政策基本上取得了成功！
日本在tái wān的所作所为引起了tái wān的有识之士和爱国人士的反感和抵制，使得岛内的反抗斗争一直不断，也为即将到来的中国shou fu tái wān打下了一定基础！