公元1561年7月10日出台的《美洲船队法》规定商船必须组队而行，以更好地抵抗海盗袭击。由于在美洲存在两个总督管辖地，所以决定每年组建两个船队，分别开往墨西哥和秘鲁。
到了1569年，这两个船队已经完全不同。前往墨西哥贝拉克鲁兹港的船队在四月，刚开始时被称为“新西班牙船队”(fldotala nueva espana)后来被人们直接称为
船队”( flota)。而另一船队的目的地先是巴拿马城市“上帝之名”，后来被波尔托贝罗取代每年八月出发，被称为“大帆船船队”( flotalos galeones)，后来仅叫它“大帆船”。有时这两个船队会一行，但都各有自己的组织和指挥部。
另外，还规定这两个船队必须在安达卢西亚的海岸(塞维利亚、加的斯和圣卢卡)集结成队，在皇家海军的护送下从塞维利亚的河口出发。
当然这些严格的规定仅仅是写在纸上，而在实际操作中经常不被人遵守。船队很少会在约定的日期出发，每年也并没有两支船队，因为尽管这应该由美洲委员会咨询交易所、交易所再与塞维利亚领事馆商量，然后做出决定，但归根结底商人们的利益才是决定派两支船队还是不派船队的因素。商人们一般宁愿保持美洲市场的供应短缺，以便抬高价格。
西班牙为自己的船队实行了一种真正的组织模式，这对于它在1565年的各种垄断需求而言是一个极好的制度。
这一制度十分细致地规定了船队的准备方式、组成结构、往返日期、船只数量以及出售商品的交易会次数。然而，当美洲的十万西班牙人增加至四百万的克里奥约人、梅斯蒂索人和穆拉托人，奢侈品需求大大增加时，这一细致的组织制度已经无法适应了。
战舰被禁止携带商品，除非是装载从受损船只上救回的货物，但事实上往往满载走私商品，有时甚至因为装载过重而无法在遇上敌人时快速航行。随船队旅行的乘客们常愿意乘坐这些战舰，因其舒适程度要高于商船。这些乘客，包括他们的仆人，都带有武器和弹药按照规定，商船的投入使用期不能超过两年，必须能承载三百吨以上的重量。1578年规定不允许任何不达标的船只参与船队，但在实际中却被严重违反。由于要找到新船并不容易，因此经常将旧船使用了一两次后在美洲拆毁。根据1605年的条款，每艘商船必须携带两门青铜大炮，返航后再归还。
船只一般在西班牙的坎塔布里亚船厂或古巴、巴拿马和贝拉克鲁兹的船厂建造。17世纪下半叶，进行美洲贸易的人的三分之一都是美洲人。按照规定，不允许外国4建造的船只加入船队，但也总是有例外。船队里还会有通信舰，十分轻巧，载重量不足六十吨，负责传递船队的消息，以便大家做好准备。这些通信舰不能搭客也不能运货，但这规定通常也不被人们遵守。
待到货物装船完毕.船员和乘客都已登船，出发的号令
也已下达，船队便沿瓜达尔基维尔河顺流而下，驶向圣卢卡尔德巴拉梅达4进行第三次也是最后一次专项检查.以确保船队具备航海条件。船队离开伊比利亚半岛驶向加纳利群岛，这一航程依据海况的不同约需十至十二天不等。旗舰在主桅杆上悬挂旗帜，负责领航船队；众货船紧随其后；副旗舰在船尾桅杆上悬挂旗帜，并负责殿后。
离开加纳利群岛.船队便驶入所谓的“女士海”.据说这片海域的海况极为理想.就连女人都可以在此掌舵航行。历经长达一个月且往往令人厌倦的航行，船队到达多米尼克岛售。稍作休整便继续最后的航程。
新西班牙函的船队从多米尼克岛驶向维拉克鲁斯.途中陆续有船只离队驶向洪都拉斯、波多黎各、圣多明各或古巴。
船队驶向卡塔赫纳港、部分商船驶向玛格丽塔岛、拉瓜伊拉港、马拉开波港咖里奥阿恰港。船队在卡塔赫纳港停留两周，卸下运往新格拉纳达王国。的货物。之后，继续驶向终点站农布雷德迪奥斯港誊。1595年弗朗西斯德雷克摧毁了该港口，之后条件更为优越的波尔多贝罗港3取而代之成为往来船队的栖身之地。
在目的地.船队进港犹如过节一般。当地官员和税收官检查并通过之后，须派两艘船携带紧急信件返回西班牙通报船队安全到达的消息。卸船命令一下达，贸易集市也就开张了，通常能持续两至四周的时间。
出发港和目的港之间的航线往往是崎岖复杂的。船队从西侧的太平洋沿岸到东面的大陆.实际相当于横跨了整个大陆。跨越墨西哥东西沿岸的漫长航线将维拉克鲁斯嘞阿卡普尔科喳联系起来，墨西哥北部的白银也得以运达沿海地区。德克鲁塞斯小道锵巴拿马城、秘鲁的白银和通向波尔多贝罗港的查格雷斯河鼍)上游连成一线。
贸易交换的正常运作需要辅助船队，他们负责将来自伊比利亚半岛的商品转运至各地并搜集须运回西班牙的货物。这需要通过周密的计划和准确的指挥将船队进行编组进行货物的运输。事实上，这种情况几乎没有出现过。
在加勒比海、南太平洋和北太平洋上各有一支辅助船队负责远至拉普拉塔河11和菲律宾的贸易航线。
美洲的辅助船队通常由中小吨位的舰船组成.其中大部分为“新世界”所造。
加勒比海船队所辖舰船大部分为古巴和卡塔赫纳的船厂所造，而太平洋船队的舰船则来自于墨西哥和基多(瓜亚基尔)的船厂，
加勒比海的美洲船队规模庞大，其中还包含舢舨、小艇、双帆船和大量往来于古巴、波多黎各、圣多明各、委内瑞拉、新格拉纳达王国以及其他中美洲和墨西哥城市之间的小型船只。事实上.单凭加勒比海航线，西班牙船队便可开展贸易活动。随着定居点的不断增加，加勒比海地区开始为欧洲生产和提供可可、蔗糖、烟草、靛蓝、棉花和皮革。这些日益畅销的产品随着加勒比海的船队到达了不同的目的港，流入了世界各地。
太平洋上的两支美洲船队唯宗主国西班牙马首是瞻.成为其阻止个总督辖区之间的交流、防止出现脱离西班牙管制的内部商路和避免白银外流至东方的工具。
南太平洋船队也被称之为“南海舰队”，其基地设在卡亚俄。该船队负责将波托西的白银和除委内瑞拉和哥伦比亚之外的南美所有财货运抵巴拿马城以便其随后转运至波尔多贝罗，同时从巴拿马城将欧洲运来的货物接驳回秘鲁。
为了防止秘鲁的白银落入海之手，南海舰队和西班牙大帆船舰队力求密切配合。北太平洋舰队的基地设在阿卡普尔科1，这里同时也是来自危地马拉、萨尔瓦多和尼加拉瓜的各种产品的集散地然而，马尼拉大帆船才是在这里做买卖的真正主角，这也使得新西班牙舰队的势力扩展到了太平洋海域。
吨位可达几百甚至上千的马尼拉大帆船负责在马尼拉和阿卡普尔科之间往来运输墨西哥的白银。在当时的亚洲白银是一种比黄金更为稀有的金属，其价值自然高居不下。
因而，用白银低价购进亚洲生产的各种奢侈品，转运至美洲和欧洲售卖以赚取高额利润也便成了顺理成章的买卖。这种船只可载二百五十人。为慎重起见，船上通常载有批士兵，数量可观的乘客也可在必要时协助开展防卫。两地之间的航程漫长而艰难;从阿卡普尔科出发需要航行五六十天，约两千两百里格的航程。起初，返航时为了利用“黑潮”通常从日本方向绕行。但自1596年遭遇日本海盗袭击之后船队改变了航线。通常情况下，七月份从马尼拉出发返航是最理想的，但有时会拖延到八月份一冉往后就无法出海航行了，必须等上
整整一年。返航需要五六个月，一般在十二月份或来年的一月份到达阿卡普尔科。
随之而来的阿卡普尔科贸易集市可长达一个月之久。从马尼拉运来的各种商品可谓琳琅满目：象牙、印度宝石、中国的丝绸和瓷器、帝汶岛卫的檀香、摩鹿加群岛的丁香、锡兰的桂皮、婆罗洲的樟脑、马拉巴尔4的生姜，此外还有锦缎、漆器、壁毯和香料。而从阿卡普尔科运往马尼拉的货物有：可可、香草～、染料、菝葜、皮革以及支撑着这条神奇商路的墨西哥白银。
墨西哥自产丝绸的出现终结了马尼拉大帆船向美洲运送货物的时代。秘鲁打算用波托西的白银购买所需的中国丝绸、香料和瓷器，利马商人于是便派船直航菲律宾。由于担心秘鲁白银外流至东方.塞维利亚商人坐不住了，他们说服了西班牙王室禁止这种同亚洲的直接贸易。禁止在两个总督辖区之间通商使得阿卡普尔科港成为了摆设。新大陆同东方世界之间只剩下了走私贸易，两个总督辖区之间的贸易也同病相怜。
交易结束之后，双方舰队的商船须驶往哈瓦那，由等侍在那里的舰船护送回西班牙。返航时间不得晚于八月十日，否则在巴哈马航道必定会遭遇不测。不少船只曾葬身于这片海域，沉浸在水底的大帆船不计其数。如果船只未能按期返航，就得卸下船上的白银存放在安全的地方以待来年。同来时的行程相比，返航往往更加危险。除了飓风和风暴，还得面对海盗的威胁。船上的货物越贵重，遭遇海的可能性就越大。
当一切都准备就绪，航行中需要的淡水和粮食都已装船，便发出返航令，船队则重新摆开航海队形。此时不再派遣信号船返回伊比利亚半岛，以免惊动海盗。船队从哈瓦那驶向变幻莫测的巴哈马航道，一旦通过便径直驶向欧洲。尽管在整条航线上都有海盗的身影，但最有可能与之遭遇的地点是在亚速尔群岛2附近。有时西班牙会向这个大西洋中的小岛派出一些支援舰船接应从美洲返航的船队。
船队从亚速尔群岛驶向葡萄牙，中途往往会在阿尔加尔维停留以便卸下走私的货物。最后到达西班牙西南海岸，经过圣卢卡尔后，大帆船沿瓜达尔基维尔河艰难地逆流而上，最终到达内河港口塞维利亚。船队抵达塞维利亚后便开始卸货、清点白银、缴纳赋税。
结清水手的工钱后，各种武器都要归库。黄金白银将被千里迢迢运抵那些欧洲的工业中心，那里制造的手工品将会用于下一批远航的船队，而那里也将最终成为财富的聚集地。
整个贸易体系运转地越发缓慢。货物从太平洋到西班牙得花上整整一年的时间，而从菲律宾到西班牙则需要两年。17世纪30年代，商路的疲态已开始显露，到17世纪末，难以为继的态势已显现无疑。与此同时，从1620年开始，美洲的白银运量骤减，英法走私商人转而成为了美洲土生白人的奢侈品提供者，西印度船队的贸易体系行将崩溃。
18世纪初，人们多次试图重整船队，但都无济于事。除了些驶往新西班牙的船队之外，再没有船队驶向那片“干燥的土地”。1778年签署了撤销船队的证明，也正是在这一年，西班牙颁布了自由贸易章程。
走私贩运，其罪可恕
在大安德列斯群岛和西班牙，从事走私活动是非法的，但却算不上什么不光彩的事。况且很多家庭都是靠走私来维持生计，有些甚至因此成了暴发户。走私者不分社会阶层，他们相互袒护包庇已经是不成文的规定了。走私活动带来的巨额利益甚至使走私者同满载货物而归的海盗相互勾结，沆瀣一气。
美洲的走私活动已经渗透到了社会的各个角落，上至总督下至平民，有时甚至占殖民地贸易量的三分之二强。
在整个殖民时期，当局对走私活动不仅迁就容忍，还经常直接参与其中。彼得罗萨副王曾对染指王室利益，私自放行船只并对其所载货物不予登记的卡塔赫纳总督和若干官员给予停职处分。因走私罪名被起诉过的还有秘鲁的好几任副王和买
卖违禁商品的埃斯基拉切王子。而因走私惹上官司的总
督竟数以百计。
参与走私的还有神职人员。在圣多明各，教会和世俗势力为此争得不可开交。1708年，在圣塔玛尔塔和里奥阿恰，走私者在一些牧师的庇护下做起了大买卖。阿玛特副王极力反对耶稣会教士在利马以外的地区售卖他们在伊德封索和齐略“的作坊生产的布料，因为其中夹带有走私货
在卡塔赫纳，皮米恩塔副王下令击沉了一艘当地主教的走私船。对可疑牧师的家进行检查是司空见惯的，就连教士和修女也干些走私的买卖。
尽管大多数情况下会征得当局的同意，但为了靠近西班牙的港口各路船队也常常使用以下借口:船只故障、急需补充淡水和新鲜食品、因恶劣天气被迫更改目的港、被海盗追踪、请求医疗救护以及其他能想到的借口。在船只的进港登记中，因紧急情况进港的占绝大多数。一旦靠岸，货物的流通便一发不可收拾了。当然，对于任何得以如此销售的商品都要强制课税。
在西班牙的殖民地，一度声势浩大的海盗活动在贸易量上最终不敌走私活动。此外，不可忽视的是走私活动将先进的书籍和思想引进到西班牙殖民地，成为日后促成美洲独立的革命运动的基石。