这些天朱由检做的第一件大事，就是调查到底是何方势力的舰队冲入长江，救走了朱由崧和白莲教主等人，现在又身在何处。当然在明面上，周延儒及沿海各地官府都在调查，但这支舰队并未在任何地方靠岸，自然一无所获。
朱由检则是在暗中调查，主要由锦衣卫完成。其实按照朱由检的构想，锦衣卫的功能应该类似于前世的武警，是高于地方治安力量之上、负责国家内部安全保卫的武装力量，职权都是在明面上的。至于情报收集、特勤行动、反间谍等涉密事务，则应由刚刚秘密成立的大明情报部负责。
但情报部刚刚成立，人手还很紧缺，而且现在把全部精力都投入到了绝密的“一号行动”上去了，朱由检不想让他们分心。所以调查任务就落到了锦衣卫指挥使严振纲的头上。这项工作其实早就安排了下去，到朱由检移驾畅春园的时候，调查也基本上水落石出了。为防泄密，严振纲深夜进入畅春园汇报，第二天深夜才悄然离开。
锦衣卫在各地都有分驻机构，但调查方式与地方官府完全不同。地方官府无非就是派衙役在沿海村镇巡视一下，没发现舰队登陆，就上报了事。
锦衣卫则不然，他们派出了大量的便衣，在街头巷尾打探各种小道消息，尤其是在浙江、福建、广东、广西四地广撒人手。因为朱由检和严振纲都知道，规模如此之大、武器如此先进的一支武装舰队，不可能是凭空冒出来的，也不可能是散兵游勇、零星水匪。而在东亚地区拥有如此强悍实力的势力，实在屈指可数。
首先可以排除满清。满清八旗过去根本没有水军，孔有德、尚可喜、耿仲明等一干汉奸反出皮岛投降满清时，带走了一部分原属于明军的战舰，让皇太极如获至宝，就以这几艘战舰成立了“大清水师”。
但这个“水师”实在太过寒酸，最大的战舰不过四百料，舰体破旧不堪，虽有几门佛朗机炮，但弹药少得可怜，只要在海上碰到皮岛水师，肯定几炮就全军覆没。因此这个“大清水师”自成立之日起，就一直甘当缩头乌龟，停泊在辽河入海口内。而且冬季渤海处于封冻期，就算这几艘破船想出也出不来。
同理，也不可能是朝鲜水师。朝鲜水师虽然战舰比满清多，但大多是二百料以下的小船，而且刚被北海舰队和皮岛水师痛揍了一顿，借他个胆子，也不敢来长江撒野。
至于倭寇，起初朱由检是很疑心的。不同于前世，在这个时空里，本已销声匿迹的倭寇卷土重来，而且比嘉靖时期更为凶残，竟敢侵入渤海。他自己也亲眼见识过倭寇，这些日本鬼子战斗力强悍，心狠手辣，若不是戚美凤和李贞妍拼死相救，他早就命丧大海了。
不过认真分析了戚显宗和王在晋等人送来的战报后，朱由检也很快排除了是倭寇的可能性。因为这支舰队的船型以福船为主，配备横帆，主要以火炮攻击；而倭寇的船主要是千石船，只有一面大纵帆，武器也只有火绳枪和倭刀。而且据观察，船上的水手似乎来自天南海北，既有倭人，也有西洋人，但看着像中国人的最多。