张居正死后，首辅由申时行担任，这时贾三近再次得到朝廷重用，奉召拜光禄寺卿，为都察院右俭都御史。在巡抚保定期间，正值河北旱灾，饥民遍野，贾三近体恤灾情，上疏要求朝廷开仓放粮以赈河北旱灾，奏疏获准后，在河北广设粥棚，以食灾民，并写下《煮粥法》和《救荒檄》。
由于贾三近赈灾有功，被擢升为大理寺卿，大理寺是明代中央司法复审机关，其地位高于刑部，但这次贾三近并没有上任。恰在此时，父亲病重的家书抵京，贾三近遂上奏朝廷，请求回家养亲，皇帝批准了贾三近的请求，贾三近便第三次回到了老家山东峄县。
神宗十岁当皇帝，自幼受张居正、冯保把持，亲政以后，开始对大臣进行疯狂报复，真正掌权之后，神宗变得更加专制，开始不理朝政，横征暴敛，以至于动乱四起。宁夏总督举兵反叛朝廷，朝廷左思右想，又想起了文武兼备的贾三近，便下旨封贾三近为兵部右侍郎，到宁夏督军平叛。接到圣谕的贾三近进退两难，心情十分复杂，他想到了首辅大臣一个个身后不保，想到了神宗对待臣子翻手为云、覆手为雨的恶劣作派，想到了言官一个个被治罪抄家，想到了张居正的悲惨下场。他的政治理想终于破灭了，于是他选择了退出，朝廷见贾三近不出，又连下两道圣谕，但贾三近最终还是以父母年迈，身体有病为由请辞。
贾三近因背疽发作而逝，享年59岁，贾三近殁后，朝廷赐金安葬其于峄县东南五里贾氏祖茔，于慎行受贾三近的父亲贾梦龙之托，为贾三近写了墓志铭。
综观贾三近的一生，除了在政治上是一个文韬武略的治世能臣之外，同时，由于受其祖父贾宗鲁、父亲贾梦龙的影响，其文学才能也堪称一时之冠。贾三近不仅精文学，擅诗词，并且旁及佛道，他一生著作甚丰，著有《滑耀编》、《西辅封事》、《左掖漫录》、《东掖漫稿》等，其诗散见于《明诗踪》、《明诗纪事》、《峄县志》、《滕县志》等。
关于贾三近的文学成就，还有一说，因峄县古称兰陵，贾三近的兰陵籍和他的仕途经历及个人爱好，又为他的人生蒙上了一层神秘的色彩。据今人考证，天下第一奇书《金瓶梅》的作者兰陵笑笑生，即为贾三近，原因有三条：一是贾三近为兰陵人；二是《金瓶梅》写了明朝真正的历史，而贾三近一生则历经嘉靖、隆庆、万历三朝，并且为当时大名士；三是《金瓶梅》一书所使用的方言多为峄县方言。考证者认为，贾三近著《金瓶梅》的目的是借宋喻明，一抒胸中愤懑，为隐其身份和真实姓名，遂以兰陵笑笑生为名。