下诏让宦官张忠在山西采矿，魏允贞上疏极力主张不可，皇上没有答复他。不久，西河王知燧请求开凿解州、安邑、绛县的矿产，以仪宾督促有关事宜，指挥王守信请求开凿平定、稷山各矿山，皇帝都批复同意。魏允贞恐怕老百姓受到更多的干扰，请求命令让张忠一个人管理，皇上也不同意。
三殿受灾，皇上下诏恳求大臣讲实话，魏允贞认为过错在于辅臣，历数赵志皋、张位的罪行。并且说：“这二个人在二月加了恩宠，过了一个月两宫发生灾乱。今年又加恩，三殿又受灾，天意啊！”张位极力为自己辩解，请求罢官。皇上安慰，予以挽留，责备魏允贞是边臣不当议论朝政，因为屡被推举不被任用，遂放肆乱言，被停发俸禄五个月。不久，魏允贞上疏推举被人忽视的贤明人士，请召回王家屏、陈有年、沈鲤、李世达、王汝训和小官史孟麟、张栋、万国钦、马经纶、顾宪成、赵南星、邹元标等，上疏被留在禁中，过了很久，他才按程序提拔为右副都御史。
魏允贞上疏陈明时政的过失：“从地方考察选取的各位臣僚，几经论辩、推荐，皇上还是没有轻意地授予一官。鲁坤、马堂、高淮、孙朝之辈，没有做什么事，更没有推举什么人，但皇上让他们拥有权力横行朝中。生杀予夺，全由他们一句话。朝廷大臣所陈明的都是国家大计，一切搁置阁中，不予实行，更有甚者被严加责备。那些监税之徒，都是无赖小人，为老百姓所不齿，却早晨上奏，晚上得到批复，如声音与回音一样相随。我百思不得其解。小官吏下乡，民间仍被干扰，更何况官役四出，如虎若狼，老百姓倾家荡产、家破人亡。如吴宝秀、华钰等人，惨到极点，可陛下没有一点念及到他们。钱粮的出入，上下拖延，还有很多弊病。这些人大权在握，动辄数万。有关官吏不敢过问，抚按也不敢上报。难道没有吸民脂民膏而自己发财的吗？可陛下也没有一点察觉。黄金取于云南，不满足不停止索取。珍珠取自大海，不弄完不停止。锦缎取于苏杭，不到极端奇巧不停止。元老听任他们闲置，而正直的大臣几乎全被永远禁止参予朝政，陛下爱贤明的人士，还不如爱珠玉锦缎。”上疏奏上，然而皇上没有理会。
张忠因开矿到山西，后来孙朝也来收税，责备、哀求的呼声来自四方，魏允贞每次予以裁定、抑制。恰好张忠打死太平典史武三杰，孙朝的使者逼死建雄县丞李逢春，魏允贞上疏揭露他们的罪行，孙朝发怒，弹劾魏允贞违抗命令、肆意阻挠。皇上将魏允贞的奏疏留下，而把孙朝的奏疏下到部院，吏部尚书李戴、都御史温纯等极力称赞魏允贞的贤明，请求将魏允贞的奏疏下到部院进行评议，皇上把他们的意见都留下了。山西军民数千人怕魏允贞离去，相继到京城喊冤，两京的御史也连连上奏救援，皇上于是将两个人都不问罪。张忠因为夏县知县袁应春对他不礼貌，弹劾，并要求贬他的官，魏允贞请求留任袁应春，皇上不答应。
魏允贞的父亲年已九十多，魏允贞年年乞求侍养，奏章上了二十回，朝廷大臣认为皇上特使为害百姓，不是魏允贞不能制服，所以留任了他。魏允贞的要求更坚决，才允许他返回家乡，官吏、百姓为他立祠。不久，朝廷的视察人员上奏魏允贞守边疆的功劳，在家提升为兵部右侍郎，很快他就去世了，追封谥号为介肃。