科举制度是明朝政府选拔官员的主要途径，但在具体的运作过程当中，暴露了许多弊端，产生了明显的负效应。如正德年间国子监祭酒陆深在一篇奏疏中认为，科举所取的士子往往是浮华而无实用。张璁改革科举制度，重新规定考试文体，提高应试者素质，由于科举名额极为有限，不可能网罗天下所有的真才，使许多士子难以通过科举而成为进士。于是，张璁推行三途并用之法，改革用人制度，在改革初期，阻力较大，如明人焦竑批评：张璁“为人刚愎，故所行多纵苛刻，如沙汰生员之举，是何意义！”出现这种因循之论并不为怪，其反映了一部分人的短视之见，张璁改革科举制度，改变学风，强化学校的教育功能，考汰之法，以及对提学官的大力整顿，取得了显著的成效。
明代名臣张居正，以自己少年时的亲身体验对嘉靖前期整顿学政的成就，予以极高的评价，他说：“臣等幼时，犹及见提学官多海内名流，类能以道自重，不苟徇人，人亦无敢干以私者。士习儒风，犹为近古。”可以说，嘉靖前期是明代历史上整顿学风成效最为显著的时期。
官吏的贪赃枉法，是政治腐败，社会动乱的原因之一，亦是君主专制社会的大患，张璁上疏奏皇帝，依律治罪贪官污吏。在掌管都察院时，向世宗奏上《宪纲》，择其中最急切者七条陈之，依照宪纲实行，可严肃风纪，整顿官员作风，提高工作效率。
在任用官吏方面，主张推举“廉能爱民者”，不受资历限制，在《论用人》疏上说：“近该北直隶巡抚官奏，欲尽将进士、举人选补此地方州县正官，臣思之心有未安。”张璁认为：无论在何地，无论什么官职、学历，只要廉洁爱民，都可以推举任用。
张璁因为名字犯世宗的名讳，请求改名，世宗就赐他名孚敬，字茂恭，御书四个大字给他。时吏部侍郎徐缙询私纳贿，经举发受都察院勘问，徐求解脱，投书行贿于张璁，张发其私，由“法司同证徐缙贿孚敬事，黜为民”，此事使朝野受到震动。
张璁的改革与反腐损害了皇亲国戚、太监、官吏、权贵阶级的既得利益，不能不引起他们的仇恨，弹章不绝。但由于他一切秉公，亦奈何他不得，张璁几次致仕离京，犹如一介寒儒，他一再告诫家乡族人不要因他在朝做高官，便倚势凌人干不法事，居朝十载，不进一内臣，不容一私谒，不滥荫一子侄。
张璁得疾，屡请致仕，世宗不允，为之亲制药饵，张璁在朝房值班时昏晕过去，不省人事一天多，因病情急剧加重，世宗不得已乃许致仕回家调养。世宗多次派人去温州瑶溪贞义书院看望张璁，并几次下旨召张璁到京复任，但都因身体原因未能到京。后来，张璁病殁于温州，卒年六十五岁，此时尚居于承天府的世宗伤悼不已，赐祭葬有加，赠太师，谥文忠。