在朝廷，他目睹了朝政的腐败，赴任途中，他又看到在农民起义冲击下的明王朝破碎的统治局面，自京畿至荆襄，不堪封建压迫和剥削的农民纷纷揭竿而起。河北有刘六、刘七起义，四川及湖北有蓝廷瑞、鄢本恕和廖惠的农民暴动，他深深感到明王朝统治的深重危机。作为明朝官吏，为镇压农民起义他拼死效力，作为一个诗人，他却与一般只知追逐利禄的封建官吏的感受不同。
忠事明室，而痛恨蛀蚀明王朝的宦官和贪官污吏；仇视农民起义，而对农民所遭受的苦难又有一定的同情，这二者是矛盾而又统一的。在他看来，农民的苦难，不是明王朝的腐朽统治及其赖以存在的封建制度造成的，而是由于宦官弄权、贪官污吏横行不法所造成的。因此，他在荆州任内，或驱车四境访察民情，或登山临水游览观赏，心情都是抑郁的。江边登高南眺，水天一碧的洞庭秋色，使他联想到楚国爱国诗人屈原，思及仕途坎坷，便欲作《怀湘赋》，以发抒积郁愤懑之情。泛舟江中，波险浪激的景象，又使他联系到朝政日非，烽火四起的险恶政局，便欲挂冠归乡，凭吊羊祜，倾诉景仰之意，造访鹿门山庞统隐居处，又有不胜惆怅之情。即题咏海棠的五首，虽咏物小什，在赞美海棠当秋盛开、与松为伴的品格之中，亦寄寓着诗人身世之慨。
边贡到荆州任不久，权阉刘瑾伏诛，不少受其迫害的官员先后得复原官，他自然也充满着期待，然而一年过去，得到的却是擢为山西提学副使的任命，而同时也收到父死讣音，未曾莅任便丁忧家居。未得返京任职，仍放外任，虽是升迁，心情亦十分落落，作《俟轩解》聊以自慰。尽管如此，边贡莅任，仍克尽其职，致使河南士风大振，他不受请托、秉公择优。不以亲疏为条件，而以文才取舍，虽友人亦不例外，从而赢得清正廉明的赞誉。在这时期，边贡为考校生员，视察府州县学，足迹遍及河南全省，因而也感受到人民的疾苦，写下了《筑桥怨》、《牵夫谣》等同情人民疾苦的诗篇。
边贡有感于朝政日非，加以身体病弱，上疏乞终养致仕，未获示复而母病死任所，遂扶榇归里，居丧守制，始起复任职。居家期间，边贡读书授徒，与友人唱酬，而更多时间则是流连于家乡湖光山色之间，因此写下了大量吟咏故家湖光山色之作。如《西园八景》、《寒食郊行》、《题贾园四首》、《七月四日泛湖》、《湖上杂兴》、《登千佛山寺》、《游龙洞山》、《出靳村望灵岩寺》、《泰山回马岭》、《登岳次刘希尹韵四首》等，都为写景佳作，表现了诗人对家乡的热爱。
武宗朱厚照病逝，其堂弟厚熜继帝位，诏起复边贡为南京太常寺少卿，提督四夷馆。南京为留都，各部衙署形同虚设，官员有职无权，诗人居此常感不安。他借赴京述职之机，回程经济南以延医治疗为由，上疏乞休，未获准，旋拜太仆卿，迁户部尚书。自嘉靖以来，七年之间，五选华秩，屡屡升迁，边贡本应安于职守，黾勉王事，而他却牢骚满腹，一再恳请致仕，为常人所难解。事有偶然，边贡与其父一样，被劾免职，边父因不贿买宦官，横遭诬陷；边贡则是疏狂任放，受人忌害，所由不同，而志操耿介则一，归家后，经常卧病。
平生喜收书，有求古书癖，所蓄书万余卷，被罢官归故里，在济南大明湖畔筑“万卷楼”，将一生收藏的金石书籍纳于其中。不幸第二年“万卷楼”被烧，他仰面大哭：“嗟呼，甚于丧我也！”痛苦异常，由此大病不起，遂起病而卒，终年57岁。