武宗起用杨一清总制宁夏、延绥、甘、凉军务，讨伐朱寘，以太监张永总督宁夏军务。升时任协守宁夏副总兵都指挥佥事杨英，为右府署都督佥事，挂印充总兵官，发延绥官军一千五百人归其统领，以时任镇守宁夏游击将军都指挥佥事仇钺，充副总兵官，灵州守备都指挥佥事史镛，充游击将军。
仇钺是杨一清以前的部将，当时传言仇钺已经投降叛军，朝臣们又想追回敕书，大学士杨廷和认为仇钺不会叛变，加官正好使他更忠于朝廷，不可以追回敕书把良将送给敌人，并起草赦免诏书，请求提拔仇钺，离间叛党。保勋与朱寘联姻，被怀疑为外应，但也被朝廷商议用为参将讨伐叛军，保勋上疏陈说母亲和妻儿都在叛军中，愿意不顾家庭讨伐叛军。都指挥佥事保绩当时骑马告变，被兵部认为勇略素著且志节可嘉，得实授充右参将、分守宁夏东路，赐敕书奖励。马昂仍被罢免。
武宗令廷议朱寘鐇之罪，兵部与英国公张懋等商议削去其封爵，选命武将一人与杨一清同讨叛军，推举泾阳伯神英充总兵官。武宗同意派官员去宗庙，革除朱寘阑王爵，以神英佩平胡将军印，充总兵官，与杨一清节制京营及陕西、宁夏、延绥、甘凉各路军马讨叛军。武宗大赦天下，削朱寘属籍，御马监太监陆訚受任管领神枪，与张永都被赐诏书可选京营军精壮者三万人出征，武宗并令御史一人随军纪功，户、工二部各差官一人整理粮饷器物。武宗着戎服在东华门送杨一清、张永等，赐关防、金瓜、钢斧，因兵部指出没有过总督军务太监关防，给张永的关防是特赐的铸金的，宠遇很盛。
此乱的第一场大战在官军和黄河边守卫船只的叛军之间发生，叛军战败，官军俘获其船只和武器。杨英令史镛夺取黄河西岸船只，都停在东岸，在河东扎营，并秘密派仆人让仇钺为内应，曹雄也让史镛秘密写信给仇钺要他从中举事。仇钺见朱寘无远略，自从军队被夺，就称病回家，秘密招募忠于皇帝的壮士。何锦等相信仇钺，经常问计，仇钺装作推心置腹，更故意派人出城，回来就误报官军动向说官军一夜间就到了，误导朱寘鐇和何锦、丁广出兵守渡口防止官军渡河。朱寘害怕，派何锦与丁广率都指挥郑卿等三千人都倾营而出守渡口大坝，只有周昂留守。
朱寘鐇派使者以祃牙为名召仇钺，仇钺称病，周昂来探病及问计，仇钺引诱周昂进入卧室，由仆人陶斌、来得用铁骨朵将其击杀，斩其首级，仇钺又披挂上马出门指挥壮士杨真等百余人去安化王府击杀朱霞、孙景文、史连等十一人，生缚朱寘鐇及其子朱台溍、仪宾谢廷槐、韩廷璋及党羽李蕃、张会通等，叛乱告终。
仇钺迎接杨英的军队，传朱寘令召何锦等还，又秘密告谕其部曲自己生擒朱寘鐇的情状，遣古兴儿密告郑卿让他反正。何锦正回师时，郑卿等即以所部兵击杀胡玺、魏镇等十余人，又去河口擒杀刘钺、姜永，叛军大溃，何锦、丁广、徐钦、杨泰、王辅单骑逃入贺兰山，被逻卒所获，申居敬等也被擒。
朱寘鐇被长期囚禁，获赐死以免于被处决，尸体被焚弃，其子孙朱台溍等五人，严密囚禁于西内，后朱寘鐇诸子、弟亦被剥夺皇室身份并处死。朱寘鐇孙朱鼒材因被冒名而得以脱身，后因事自首，被武宗从轻发落囚禁凤阳高墙。因张永所奏，安化王府随侍百户旗军九十一名改拨食粮当差，家丁三百余名随营居住，其中逃跑和去世二十一名勾销，后朱寘鐇家人三十五户也被发配充军。