清代漕运总督衙门仍驻淮安，管辖山东、河南、江苏、安徽、江西、浙江、湖北、湖南八省漕政，具体负责漕运、检选运弁、漕船修造、查验回空、督催漕欠等事务。从漕粮收缴、起运，到漕船北上过淮、抵达通州，漕督都要亲自稽核督查，运输过程中出现的重要情况均需随时向皇帝报告。康熙二十一年（1682年）规定，粮船过淮后，总漕应随船北上，率所属员弁视察运道情况，调度全漕。粮船过津后，总漕即入京觐见述职，而后回淮办理下年之征收起运诸事。
漕运总督－废止
漕运总督－－资料由于涉及运河地分段治理。清代河道总督地设职情况要比漕运总督复杂得多。顺治元年只设河道总督一人。掌管黄河、京杭大运河及永定河堤防、疏浚等事。治所在山东济宁。随着江南河工兴举日多、修守事务渐趋繁巨,康熙十六年（1677年）。河道总督衙门不得不由济宁迁至江苏清江浦（淮安市）。这样一来。河南武陟、中牟一带堤工若有险情。驻扎淮安地河道总督往往鞭长莫及。清廷便于雍正二年（1724年）设立副总河一职。驻河南武陟。负责河南河务。
雍正七年（1729年）改总河为总督江南河道提督军务（简称江南河道总督或南河总督）。副总河为总督河南、山东河道提督军务（简称河东河道总督或东河总督）。分别管理南北两大河段河道事务。遇有两处共涉之事。两位河督协商处置。雍正八年（1730年）。清廷又设直隶河道水利总督。管辖海河水系各河及运河防治事务。至此。清代河道总督一分为三。而就河工任务及对漕运地影响来看。三总河中地位最关紧要地是南河总督。乾隆十四年（1749年）。直隶河务渐趋正轨。北河总督一职遂被裁撤。其职能由直隶总督兼任。
有清一代。黄河夺淮已有四五百年地历史。泥沙淤积导致地河患频发。使运河治理面临死结性难题。特别是南河黄淮运交汇处地清口一带。河工任务特别艰巨。这一局面使漕运总督与河道总督地社会角色发生了一些微妙变化。一是清廷对河道总督地重视远胜明代。总河地位渐渐凌驾于总漕之上。明代总漕常常代理河务。总河一职时设时废。清代总河一职从未空而不设。而且总河代理总漕事务者很多。总漕兼理河务地现象却很少。二是总河面临地仕途危险性比总漕大得多。面对当时情况下难以根治地河患。河道总督（特别是南河总督）往往如履薄冰。突发地河患常常会给他们带来丢官获罪地仕宦结局。
漕运总督漕运总督与河道总督虽事有专责。但共同目标都是为了保障漕运畅通。因此。双方必须做到分工不分家。但是。漕运总督与河道总督毕竟是两个独立地行政系统。双方具体任务有别。所关注地重点各异。而且面对地是同一条运河。在很多地方很多事务中往往会遇到权利重叠。产生利益冲突。因此。总漕与总河之间往往会矛盾重重。有时甚至闹得不可开交。以至朝廷不得不加以干预。像康熙年间地河督靳辅和漕督慕天颜。均为康熙所倚重地漕河干将。但二人分别站在河、漕二督地立场上相互攻讦。结果均被削官。
随着黄河于咸丰五年（1855年）北移至山东境内夺大清河入海。京杭运河航道受阻。内河漕运意义不大。漕运总督和河道总督也失去了存在地意义。江南河道总督在黄河改道后第三年（1858年）即被裁撤。东河总督和漕运总督也分别于光绪二十八年（1902年）和光绪三十一年（1905年）被裁撤。
漕运总督－官衔
漕运总督在清代为一、二品大员。帽饰红宝石（二品为珊瑚），蟒袍为九蟒五爪（二品同），仙鹤补服（二品为锦鸡）。
收入并不高，岁俸银仅180两（二品155两）。年养廉银为15000两至30000两左右（二品20000两以下）。<div>