京都的大阅兵式结束之后，信长就开始对各地战局进行了分析。北国方面，负责镇守越中国的上杉家武将河田长亲病逝，柴田胜家趁机进军，已经夺取了越中国大半地盘，又有丹羽长秀从北近江接应，形势大好。对武田方面，德川家康也主动出击夺回了远江国的高天神城。至于纪伊国的杂贺党，首领杂贺孙一(铃木重秀)已经在羽柴秀吉的调略下倾向信长，但是和反信长派的土桥平次展开火拼，势力大不如从前。毛利方面，由于得到了宇喜多直家的支持，羽柴秀吉也一路顺利，向着备中国进军了。外部形势可谓一片大好，但是内部地区的危机不可不防。之前曾打败织田信雄的伊贺忍军，以及逃跑了的荒木村重，都成为了信长心中的不安因素。
1581年1月，负责调查荒木村重行踪的松井友闲来报，高野山的和尚藏匿荒木村重残党，暗通足利义昭，大有谋反之意。信长派使者去高野山调查，但全部被杀。信长大怒命松井友闲抓捕主持高野圣，并将其杀害。听闻高野圣主持被害，寺内僧众联合根来寺开始进行反信长活动。信长命一族的岸和田城城主织田信张为总大将进攻高野山。1月30日，织田信张逮捕了1383名高野山僧人，并在京都七条河原斩首示众。10月2日，信长又派遣堀秀政作为援军进攻根来寺，俘虏了350名僧人，也全部杀害。10月5日，筒井顺庆也率兵前来相助，三人向高野山发起了总攻击。但是，高野山易守难攻，加上山上的僧兵果敢应战，双方均死伤惨重，战事陷入了胶着状态。直到后来的1582年，信长开始甲州征伐，高野山的攻势才得以缓和。1582年8月，信长又改命织田信孝为总大将进攻高野山，俘虏杀害高僧131名，但是直到信长死亡，也没能攻下此山。
1581年4月，伊贺国柘植乡豪强福地宗隆和河合村村长耳须弥次郎来安土城拜望信长，并提出愿做向导带领织田军攻克伊贺国。信长遂命织田信雄为总大将，起兵5万兵分5路再攻伊贺国，自己坐镇安土城，亲自指挥。参战武将包括织田信雄、织田信澄、泷川一益、丹羽长秀、蒲生氏乡、筒井顺庆、筒井定次、胁坂安治、不破光治、浅野长政、堀秀政、泷川雄利，大有不灭伊贺不复还的架势。
伊贺十二人众的笔头百田藤兵卫，召集泷野吉政、町井清兵卫、森田浄云、百地丹波、初代服部半藏（德川家服部半藏之父）等人在平乐寺商议对策。众人明知打不过织田军，但又觉得投降有辱家名，决心拼死一战。当晚，无论家中男女老幼都一起积极备战，搬运石材修筑比自山城。
织田信雄与泷川雄利从伊势国向东进军，占领东禅寺作为据点，分三路进军：泷川雄利3000人，日置大膳亮3000人，信雄自己带领4000人。一路烧毁了久昌寺、极乐寺、大村神社、猪田神社等据点，泷川雄利偷偷运走了极乐寺的佛像，以免被战火涂炭。之后，三人又攻破了小波田堡垒，向比自山进军。
丹羽长秀和泷川一益由福地宗隆带领，进入了在伊贺国唯一有石垣的城堡福地氏城，随即攻入柘植乡，仅仅半日，就占领了该地。柘植豪族害怕织田军势，纷纷逃入山中。两人又命手下士兵假冒败逃的敌兵诈开了柏野城大门，一举夺城。后来又奉信长之命，在伊贺国的铁炮产地和物资屯放地长桥寺进行激战，并烧毁该寺。本来一切顺利，但是在由百地丹波把守的堡垒受阻。百地丹波的出身可不一般，百地氏与藤林长门守的藤林氏、服部半藏的服部氏齐名，统称“伊贺上忍三家”。后来，丰臣秀吉时代的大盗石川五右卫门，相传就是百地丹波的弟子。丹羽和泷川见此路难行，只能从大山田绕道，差点没赶上比自山城的总攻。
蒲生氏乡和胁坂安治由耳须弥次郎带领，从南近江出发，率兵7000攻入伊贺。两人在玉泷寺扎营，与镇守雨晴山城的藤林长门守激烈交战。直至日落，城内的弹药和弓箭都已经射完，城池陷落，藤林长门守下落不明。当天夜里，负责带路的耳须弥次郎，被人暗杀，凶手正是藤林氏的忍者与助和左八。两人率兵行至佐那具，氏乡于扎营后召开酒宴庆祝，但晚间遭到了伊贺忍军的奇袭，织田军大败，连退20余里。蒲生氏乡大怒，次日就率兵进攻平乐寺，由于当地豪族都逃往比自山城，防守寺院的只有少数僧兵，抵抗不足半日就让织田军杀了进去。蒲生氏乡下令，不论那男女老幼，一个不留。之后，蒲生和脇坂又在一座山寨遭遇了町井左马充夫妇。町井左马充之妻阿清，善用薙刀，武艺超群，斩杀了多名织田士兵。最后夫妻二人力尽而死。蒲生氏乡称赞阿清为“伊贺国之花”，并下令厚葬两人。
堀秀政在甲贺忍者多罗尾光弘的带领下，率兵2300人从信乐口出发进攻伊贺。兵至岛原，当地豪族并不愿意与织田家交战，相反的寻求织田家的庇护。堀秀政严令军纪并通过光弘与他们见面商谈。共有16名当地代表来到阵中，并说道：“将军，我等无意与织田家交战，只有一事相求。此地的观菩提寺是受圣武天皇敕命于730年所建，周围还有十二僧坊和其他著名的寺院。希望将军不要像其他进攻伊贺国的织田军一样烧毁这些寺院，要不我们将没有颜面面对先祖。”堀秀政答应了下来，在岛原一把火没放就向着西山乡进兵了。但很快就遭到了信长训斥，命其必须烧毁沿途的各种神社、寺院。进入西山后堀秀政不得不遵从信长的命令开始放火。在高仓神社时还留下了一个传说：织田军在放火之际，突然出现了一个孩子，忽悠忽悠的飘在空中，并使用法力灭火。他只要伸出双手，前方的燃燃大火就会瞬间消失殆尽。负责放火的武士林三郎，一个飞斧过去想要砍死小孩，谁知斧子在碰到小孩身体的一刹那就反奔自己而来。斧子直接贯穿林三郎的身体钉到了其身后的柱子上，三郎即死。织田军见到此景无人再敢出手，立刻退散。高仓神社的本殿至今还保存着，边上还有那根留着斧印的柱子。
筒井顺庆、定次父子从大和国向伊贺进军，共计3700人。沿路烧毁村庄，但并没有见到多少抵抗。村人都随泷野吉政逃往比自山城避难，基本没有遇到任何战斗。之后，父子二人又以压倒的兵力差攻下了菊池丹波守镇守的城池。菊池逃往比自山城。除丹羽长秀和泷川一益外，四路大军已经聚集在比自山城下，攻城战一触即发。