杜让能还抗拒，唐昭宗说：“身为宰，不要推诿扯皮，要与朕同甘苦。”杜让能泪说：“是现在的势不好，不是我不奉行诏令，是担心又朝一日臣会像晃错一样遭杀戮，我能以死报朝廷了！”
杜让能在中书省为了战争准备，一个多月没有家。
另一宰崔昭纬阴险狡诈，内结宦官，外藩镇，暗地里与邠宁军、岐山军信息，杜让能早晨说的一句话，这两个州晚上就会。
凤翔镇岐山军的李茂贞得后，使他的党羽纠集多人，观军容使门君遂告状说：“李茂贞没有罪，不应当对他进行征讨，以免姓遭战祸。”
门君遂说：“这是宰的事，不是我的。”于是，那些人又拦住宰崔昭纬、郑延昌乘坐的轿子告状。
这两宰也说：“皇帝专门委太尉杜让能负责事，我们事也不。”姓一气之下，乱投砖瓦石块砸他们，崔昭纬、郑延昌慌忙下轿子躲藏，官印和上朝服装都丢失了。
唐昭宗要捉拿发起这闹事的人，且杀死，要出兵讨伐。长的姓害怕，有的逃到山谷中藏匿起来。
893年八月，唐昭宗覃王李嗣周为京招讨使，神策大将军李鐬（hui）担副使。
月十日，覃王李嗣周率领三万名禁军，护送的风翔节度使徐彦若前往凤翔镇赴，军队驻扎在兴平县。
凤翔军李茂贞、邠宁军王行瑜联合起来，与官军抗拒，出兵万人，驻扎在周至县。
朝廷禁军都是刚召募来的青少年，都不会仗，而李茂贞、王行瑜所带领的都是戍边军士，都经历过大大小小上的战斗，战斗力较。
月十日，李茂贞等军队逼近兴平，朝廷禁军竟然不战而逃。李茂贞等乘胜东进，逼长边的三桥，长震惊。
士绅和姓都四处逃走，多姓聚集到皇宫门前，请诛杀议发兵征伐的人。
崔昭纬故陷害宰杜让能，给李茂贞送信说：“朝延用兵不是皇帝的，都是太尉杜让能出的主。”
十日这天，李茂贞把军队陈列在长城的临皋驿，唐昭宗进呈章，历数杜让能的罪行，请杀死他。
杜让能时无奈的对唐昭宗说：“我本来就有预，现在就请过惩处我除战争。”
唐昭宗时不说大话了，哭着说：“朕对不住了，能与分！”当天，就把杜让能贬为梧州刺史。
唐昭宗又把观军容使门君遂到儋州，内枢密使李周潼到崖州，段诩到欢州。
二天，唐昭宗亲临福门，又下令把门君遂、李周潼、段诩处斩，把杜让能贬为雷州司户。
朝廷又派使臣对李茂贞说：“蛊惑朕出兵的，是门君遂、李周潼和段诩三人，不是杜让能的罪过，朕已将他贬官了。”
朝廷宦官骆全瓘和刘景宣分担左、右神策军中尉。