曾国荃不屑一顾地说：“你父亲自从咸丰八年复出后，胆子是越来越小，顾虑则越来越多，事事谨慎，处处小心。这篇奏疏如给他知道，那一定发不出去，不如不告诉他，今后即使有麻烦事，也省得牵连到他的头上，由我一人负责算了。”
由于曾纪泽并不知参劾官文后的政治利害，因此奏折中的语句多不中肯，且文句冗长，首尾不相顾。曾国藩的心腹幕僚赵烈文在日记中这样写道：
“原折沅公亲笔，而刚(曾纪泽)所商定，并为缮写，以贪庸骄蹇，欺罔徇私，宠任家丁，贻误军政，循例纠参装头，后列各款，语多不中肯，文句亦冗沓拖长，首尾不相顾。”
曾国荃怕曾国藩知道后，阻挠其弹劾官文，因此故意背着他。不过，奏疏拜发了，曾纪泽心里老是仍不放心，便自己誊抄一份，派人送往济宁州。
济宁州里，曾国藩接到曾纪泽的禀帖，将奏疏仔仔细细地读了一遍。老九的使气任性，办事猛浪，曾国藩深为痛心。曾国藩顿足叹息，预感此事将招致严重的后果。必须给老九明确地指出：不能走得太远!于是，曾国藩提笔作函：
官秀峰一事业已奏出，但望内召不甚着迹，替换者不甚掣肘，即为至幸。弟谓命运作主，余素所深信；谓自强者每胜一筹，则余不甚深信。凡国之强，必须多得贤臣工；家之强，必须多出贤子弟；一身之强，当效曾、孟修身之法与孔子告仲由之强，可久可常。此外斗智斗力之强，则有强而大兴，亦有因强而大败。吾辈在自修处求强则可，在胜人处求强则不可。
刚好这时李鸿章来徐州视察军务，曾国藩便打发亲信赵烈文到徐州去跟李鸿章商量。李鸿章一听，也觉得曾国荃太莽撞了。李鸿章沉思良久，对赵烈文说：“现在只有一个办法，由恩师出面打圆场，密保官秀峰，并以兄长的身份批评九帅作事草率，尽量把事情化小。不知恩师意下如何。”
赵烈文回济宁后，向曾国藩转述了李鸿章的主意，并认为这是个可行的办法。曾国藩从心里来说并不愿意这样抑荃扬官，但考虑到曾国荃非官文的对手，倘若官司打败，调离湖北，新湘军便不再存在，全盘计划将会打乱。为了“河防之策”的顺利执行，从剿捻大局出发，只得出此下策。几天后，一封密保官文的奏折由济宁州发出了。
接到大哥的信后，曾国荃的头脑开始冷静了点，原拟的第二份参折暂时搁下未发。曾纪泽则遵父命赶紧离开武昌南下，跳出这个是非圈子。
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外间知道曾国荃参劾官文后，不仅湖北的士绅持反对态度，就是曾国藩的门生故吏也认为此事大为不妥。曾国藩更是十分担忧，惟恐由此开罪了满洲贵族，于以后不利。因此，曾国藩在事先和事后均表示出忧虑之情，不太赞同此举。在同治三年(公元1865年)九月给曾国荃的信中，曾国藩嘱咐九弟说：“顺斋排行一节，亦请暂置缓图。”原因是：“此等事幸而获胜，而众人眈眈环伺，必欲寻隙一泄其忿。彼不能报复，而众人若皆思代彼报者。”总之，“弟谋为此举，则人指为恃武功，恃圣眷，恃门第，而巍巍招风之象见矣，请缓图之”。随后，曾国藩又在给曾国荃的书信中提醒说：“顺斋一案，接余函后能否中辍？悬系之至。此等大事，人人皆疑为兄弟熟商而行，不关乎会晤与否。”再过十天，曾国藩已得知奏参官文的事已发，乃反复叮嘱曾国荃：“吾辈在自修处求强则可，在胜人处求强则不可。”一再告诫说：“福益外家若专在胜人处求强，其能强到底与否尚未可知。即使终身强横安稳，亦君子所不屑道也。”
果然如曾国藩所担忧的那样，曾国荃这份弹劾大学士的奏章，立即在朝廷和各省督抚中引起轩然大波。官文做官的诀窍，除了彭玉麟所指出的不管实事外，还有一个，那便是善于笼络京官。京官地位重要，但俸禄并不高，因无地方实权，额外收入很少，全靠地方大员接济。官文自咸丰五年(公元1866年)出任湖广总督以来，就十分重视对京官的联络。每年入夏的冰敬，入冬的炭敬，比哪个省督抚都要丰盛，而且送的面广，上上下下都很满意。遇到端阳、中秋、重阳、年关这些佳节，官文则有选择地分送各部要员。朝廷派下的大小钦差来到武昌，官文的礼数最周，招待最好。官文哪来的这么多钱？还不是两湖的民脂民膏!所以尽管民怨沸腾，官文的位子却是铁打的一般，湖督一席，一坐便是13年。曾国荃拼死拼活打下金陵，也只挣得伯爵，他在武昌悠闲自在，也得了个“果威伯”的美名。这便是官文的本事!
朝廷各部对曾国荃一到武昌，便参劾总督的行为普遍不满，尤以军机处为甚，因为奏折中有“军机处故意与鄂抚为难，凡有寄谕，从不径寄，而由督署转递”的字样，触到了军机处的痛处。军机大臣胡家玉面禀慈禧太后，说曾国荃将军事失利的责任推给官文，居心不良，所奏情事多有不合，宜驳回。慈禧太后遂命军机处派员到武昌密查核实。
军机处派出专查此案的钦差走马观花地“查”了一番便回到京师，并“字字开脱，列据各司道文武禀覆供词，以驳原参，几无一事稍有影响，连阅前后两折，直如儿戏，直足令人喷饭”，将曾国荃所列官文各条一一驳回。都察院的御史上书，奏官文为肃党余孽事既不成立，曾国荃则为诬陷，例应反坐。其他各省督抚中也有人上奏，说曾国荃恃功傲物，打仗失败，应予惩治。
慈禧太后心里清楚，此次参劾纯属湘系与满洲权贵之间的权力之争，对此事处理起来颇感为难。她既需要官文这样忠实的家奴，也需要曾国荃这样能斗的鹰犬。眼下捻军势力强大，国事未安，曾氏兄弟和湘淮军是她依赖的柱石。但官文无过受辱，朝野物议甚烈，不压一压曾国荃也难平众怒。她想给曾国荃一个“降二级处分”，犹如当年曾国藩为杨健请入乡贤祠所得的结果一样。
这时，接替杨岳斌任陕甘总督的左宗棠，给朝廷来了一份词气亢厉的奏疏，称赞曾国荃弹劾官文一疏，是当今天下第一篇好文章，第一等好事，人心大快，正气大张，并以自己在湖南抚幕多年的身份为证，指责官文贪劣庸碌，不堪封疆重寄，请求太后、皇上撤官文之职，以昭朝廷公正之心。左宗棠正处在平回民之乱的前线，他这封奏折的分量，远胜他省督抚和都察院的御史。曾国藩密保官文的奏折此时也到了慈禧的手中。慈禧是个精明的人，她深知曾国藩不早不迟，恰好这时来封保官的折子，无疑是在为弟弟弥缝，希望这件事不要水火不容地闹下去。曾国藩的这个态度很使慈禧欣慰。她想：倘若曾国藩和弟弟站在一边，坚决与官文为敌，那就很麻烦了；曾国藩的面子还是要给的。慈禧决定按督抚不和的处置成例来个和稀泥。于是将官文内调京师，以大学士掌管刑部，兼正白旗蒙古都统，调李鸿章为湖广总督。因苏抚一职暂不能离开，遂调湖南巡抚李瀚章暂署湖督，由刘昆接替李瀚章，对曾国荃则未加任何指责。一场大风波就这样平息了。（未完待续）