共和元年的中华大地如此的热闹，南北加上山东六省的谈判如火如荼，虽然国防部长一职似乎没有异议了，吴宸轩也表示愿意就任。不过南方好不羞耻的提出用税务部总长的职务换取的提议，全体对那个赌约失忆，让北方的北洋和六省政权都对革命党的信誉下限再次瞠目结舌。
不过11月初的时候雪花已经开始覆盖东北的冻土地，哈尔滨傅家甸还是和往常一样在猫冬和行商之间顽固的运转着。不过一场灾难的降临似乎并没有那一阵风来预警，开始每天还只是一两例染疫之人的报道，至12月中旬每天4～10名，到了12月下旬增至数百人。由于传染人数增加太快，专业检疫人员无法亲自检查每一个病例，得到病患家人的通报后，只有依靠临时雇来且没有防疫经验之人前往甄别，然后将被认为染疫之人移送至隔离营。为了逃避警察检查和强制性消毒，有些病患家庭在夜间将患者尸体抛在街上。第二天早上，警察把这些尸体收集起来，放在一个个薄木棺材里，埋在乱坟岗子。如果患者死在家里，家人则可以在没人过问的情况下，从容运到城外安葬。临时征集来的护士、看护妇、消毒工和埋葬工，虽都被要求穿戴防护服和佩戴口罩，但都置若罔闻，口罩挂在脖子上而不戴，致使不少人也被传染。
疫情发生以后，张作霖虽然还不是后来的东北王，但是在山东的影响下，还是比较重视民生。当时从奉天派来两名西医前来处置，但是他们能够调动和支配的人手只有5位与之同来的护士。大多地方行政长官对现代检疫、防疫知识，几乎一无所知。当时的一位医生伍连德后来回忆：他抵达后第二天与其见面，早上9点钟赶到县衙门，居然还在客厅等候了半个多小时。伍连德与之交谈后的印象是：“正是这种无知导致了形势的复杂化，并使疫病向更远的南方蔓延。”
到达哈尔滨的第三天，伍连德得知傅家甸一名与当地人通婚的日本女人死于瘟疫，他决定解剖尸体。
当时中国对现代医学完全是一片蒙昧状态。旧（www.hao8.net）时观念中，解剖尸体无疑是对死者的大不敬，不但面临着社会风俗的压力，从法律层面来讲，也是不被允许的。所以伍连德只能秘密进行。这一次的尸体解剖，也是中国第一例有记载的病理解剖。在伍连德等人的推动下，11月22日，奉天督军府公布了关于尸体解剖法规的督军文告，随后颁发了详细规则，这是中国历史上首次官方准许尸体解剖的法律性文件。
当时也没有实验室，伍连德和助手就在当地总商会借了一个房间，做血液化验。将样本固定后进行组织切片检验。在贝克显微镜下，伍连德清楚地看到了一种椭圆形的疫菌正是鼠疫。伍连德立即向北京外务部发去电文，报告此事，并且提出初步的防疫措施：控制铁路、公路交通，以防瘟疫蔓延；隔离疫区傅家甸；向关内征聘医生等。
伍连德发现，这一次发生的疫情显然与以往对鼠疫的认知有很多冲突。初到哈尔滨时，姚医生也向他坦陈了他的观察：傅家甸民居低矮肮脏，冬天门窗紧闭空气不流通，室内一人染病很快即感染全家他认为这种病是在人与人之间通过飞沫和呼吸传播的急性肺部炎症。在伍连德到达哈尔滨前，日本南满铁路也派了一名日本医生前来调查病因，这名日本医生是北里柴三郎的学生，他一到哈尔滨，就立即雇人捉老鼠，希望在老鼠身上发现*鼠疫杆菌。一连解剖了几百只，却没有发现一例带鼠疫菌的。基于种种事例，伍连德大胆提出，在傅家甸流行的鼠疫无需通过动物媒介，而可以通过呼吸之间的飞沫传染，他将此命名为“肺鼠疫”。
为了防止飞沫传染，伍连德设计了一种极其简单的双层纱布囊口罩，即用两层纱布，内置一块吸水药棉，戴上它就可以隔离病患，成本费仅需当时国币2分半钱。后来，在沈阳召开的国际鼠疫研究会上，各国一致赞成采用这种口罩。至今，医务人员仍在使用这种口罩，并称之“伍氏口罩”。
到了共和二年的1月，是疫情最危急的时候，伍连德已经无法控制局面。刚刚就任国防部长的吴宸轩，调派一个营的原来武翼新军的专业防化部队进入哈尔滨疫区。本来张作霖也不打算让武翼新军过境，但是架不住山东方面已经把这些捅到新闻媒体上，张作霖也是个猴精的人物，立即改变︶态度，不仅安排了这支部队的食宿，还亲自动员车辆和补给品。当然这支轻装部队的人数才是让他安心的主要原因。
在军队的指挥下，傅家甸被分为4个区。每区由一名军医主持，配有两名助理、4个医学生和为数众多的卫生夫役与防化兵。救急队内分诊断、消毒、抬埋、站岗等诸多岗位。每天，各区派出40多支搜查队，挨家挨户检查疫情。一旦发现有人感染鼠疫，立即送到防疫医院，他们的房子用生硫磺和石炭酸消毒。
为了成功地执行分区防疫计划，张作霖还从长春专门调来了由1160名士兵组成的步兵团。他们被安置在城外俄国一家空旷的面粉厂里，任务是对疫区内进行交通管制。武翼新军防化营规定，傅家甸内居民出行必须在左臂佩戴证章，根据各区不同证章分为白、红、黄、蓝4种。每个区的居民在左臂上佩戴不同的证章，可以在本区内活动，但要去别的区域，必须申请特别准许证。就连区内的军人们也必须严格遵循这一规章，不许随便走动。严格的警力，使得“任何人偷越封锁线几乎都是不可能的”。
按照收治病人的病情，诊病院分为疫症院、轻病院、疑似病院和防疫施医处几种。各病院中均设有医官、庶务、司药生、看护、巡长等职务。既为不同病情的病人提供了治疗，又避免他们之间交叉感染。“‘疑似病房’的提法是伍连德首创的，直到现在我们还在使用。”
傅家甸的防疫措施为整个东北做了一个表率。随后，哈尔滨俄人居住区、奉天、长春、黑龙江全省纷纷仿照傅家甸的模式建立起防疫体系。当然山东六省也接受了这次疫情的经验，在原来预备役的基础上加上了全民三防训练的内容，民政方面也开始对城镇居民进行划片管理和应急预案的演练，后来这也在历次战争中发挥了很显著的作用，当然这是后话了。
在后来的奉天国际鼠疫大会上，有人总结：“在新的防疫机制建立之前那个月，死亡人口总数为3413人，在新的防疫机制建立的时候，几乎每天死亡200人，但在30天后，死亡记录为零。”
很快在伍连德和防化兵的建议下，向俄国人的中东铁路公司借了一些火车车厢暂作临时隔离营，反正俄国人也不敢用这些车厢了，大方点借给中国人还能换个国际上的赞誉，这一点上老毛子不比犹太人差多少。新年后，粮台一带铁路线上停靠了60节“瓦罐车”，用做临时隔离营，收容鼠疫患者家属和接触者，以及出现咳嗽等症状的疑似者。医生每日诊察，如果连续7天体温正常，即解除隔离。
这次防疫借了120节火车车厢，用做隔离营。在后来的国际鼠疫大会上，伍连德的报告中还将此作为最重要的经验：“这是一种最有效的隔离方式，在铁路附近的任何地方，都能很快建立起来。”