但是慈禧还有一个心结未了，那就是瀛台上的皇帝，她的亲外甥。为什么呢，且不论光绪与慈禧在政治上势不两立，矛盾尖锐。就从戊戌变法中光绪意图圈禁或者干脆刺杀慈禧这一条，就够自我中心惯了的慈禧恨死光绪了，但按清代法律是不能随便行废立之事的，所以戊戌变法失败后四五天，她就用光绪的名义发布谕旨，找全国的名医进京来为光绪治病，大张旗鼓制造舆论说光绪身体不好。这分明是假话，即使光绪有点小病，宫里太医院，宫外同仁堂和各大名医馆，也用不着通告全国，征请全国名医来给光绪治病，其实她就是为杀光绪做准备。当时上海商绅1200多人联名发电，请求保护光绪，全国各地和海外华侨也反应强烈。外国公使关心光绪安全，强硬要求由法国医生入宫为光绪看病，法国医生看完回去后说，光绪身体很好，没啥毛病。她做的第二件事是立了大阿哥，也就是太子，不仅找好了，还都进宫了。其实这两件事慈禧都做得非常愚蠢，让大家一看就明白了，不过这位老佛爷一贯是“谁让我一时不痛快，我叫他一辈子不痛快”的主，所以光绪的性命就成了她的心病。
虽然慈禧早就想废了光绪，只是由于朝野上下的反对，她权衡利弊后没有马上动手。但是她心里边老惦念一件事，就是：皇帝不会死在我后面。她惟恐自己先死，光绪复出掌权，尽翻旧（www.hao8.net）案，因此她希望造成光绪体弱多病而先死的假象。不过事与愿违，偏偏是她自己先得病入膏肓，所以她就迫不及待的采用了极端的手段。
或许是崔玉贵或许是小德张，甚至已经隐居神乐属的李大总管和远在天津的袁大头同学，都有动机成为刺杀的主使者，一句话，怕光绪活着的人实在是太多了，这些人都能决定光绪的生死，这种情况下，清国皇帝死亡的直接原因据说是神经衰弱症已经算是再正常不过了，好歹没死于躲猫猫就算光绪祖上积德了。不过当快断气时，这位皇帝陛下依然是任性的很，他拒绝让别人把他搬到长寿宫去，这违背了大清国的先例。因为每当清国统治者死去时都被指定放入这个宫殿中。终于，他在还没穿上在这种场合应该穿上的寿衣之前就断气了。而他的亲爸爸慈禧老佛爷也于次日下午2点钟去世，前后不过二十多个小时，也算是两人恩怨一生的最佳结局了。当然官方已正式宣布皇太后驾崩，而宫里才宣布了光绪皇帝的死讯，但这一切已经毫无意义了。人们相信，在官方向外颁布讣告前，皇帝陛下和皇太后已经死了很长时间了。
后来名医屈桂庭说，光绪死前三天“在**上乱滚”、“向我大叫肚子痛得了不得”，“此系与前病绝少关系”(《诊治光绪帝秘记》)。根据戴逸先生的研究，提供证言的有长期陪侍光绪的起居注官恽毓鼎，有给光绪帝治病的医生，有内务府大臣增崇的儿子，有光绪帝继承人宣统，有陪侍慈禧的德龄，还有早就预言光绪之死的高官伍廷芳。众口一词，都认为光绪被毒害而死。因此，在距今30年前，历史学界和社会上大多数人都相信此说。戴逸先生指出：“这许多人所说虽然在细节上有不同和矛盾之处，但都猜测或肯定光绪是被毒害致死的。凶手是谁？多数说是慈禧，也有人说是袁世凯或李莲英。”其实是谁害死了光绪并不重要，因为以当时的条件、环境而论，如果没有慈禧太后的主使或授意，应该说谁也不敢、也不能下手去杀害光绪。不过对于两位最高统治者的死亡，或许人们更多的是考虑对自己的影响。
策动夺权的光绪和谋划弑上的慈禧遗体被一起供奉在一间香烟缭绕的屋子里，两张阴森恐怖的脸被厚厚的珍珠粉覆盖着，遗体两旁分别站着擎刀而站的清廷侍卫，我们更愿意相信他们是在持刀给自己壮胆，前面或跪或躬身俯首着几位如丧考妣的大臣。“流传了三千年的传统丧葬仪式宣告了皇帝陛下和皇太后的过世。临终时，虽然在他们身边围绕着一群身份低下的守护者，但他们却很孤单地、未被人注意地死去了，因为这些看护者不能接近他们神圣的君主，与他们的主子保持着一丈以上的距离。”
这是吴宸轩去瞻仰遗容的时候所看到的灵堂内的光景，他很有恶趣味的用随身的纽扣摄像机记录这一切，或许可以获得奥斯卡最佳纪录片奖，但愿奖金够吴宸轩给飞行队再添置一个中队的雨燕，让这两位风光大葬的生死冤家能为这个国家再做平生唯一一次有益的事情。