() 崇祯六年八月十八rì，皇太极集结百万大军屯军与高台堡，让大明大为震惊，这也让崇祯大为着急，随即命熊文灿任命辽东总督，以抗清军攻势，同时调令各部大军三十万，随即支援山海关。熊文灿本来受伤在家疗养，现在已经没有大碍，看到大明如此内忧外患，心中不慎着急，再接到崇祯命令下达之后，连夜带领大军奔赴山海关去了。</p>
此时杨嗣昌本来就因为督战各军不利，致使他的计划根本没法施行，本来想借助当今圣上，压迫各军听从命令，可谁知清军这一插足，更是让崇祯下令抽调部分大军，而这一部分大多数则是他的铁杆支持者，这样他下达的命令如同虚设，更加无法指挥全军。</p>
崇祯八月二十三rì，张献忠带领部众三十万，攻破襄阳杀襄王朱翊铭，一时之间朝野大惊，杨嗣昌更是闻之后大病不起，剿匪明军一时之间失去领导人，被义军各部大败，致使李自成连克江北，河南等地，又入陕西，在宁州击杀明副总兵艾万年等。旋在真宁再败明军，迫总兵曹文诏自杀，自此一役之后，李自成重新掌握陕西全境，同时再次分兵一路进兵河南，向南进攻，以和张献忠部合力夹击明军，明军剿匪大军一时之间被围湖广、河南一带。而李自成亲自带队一路向北，直攻河南开封。</p>
崇祯闻之襄王被贼寇杀死大怒，责令杨嗣昌督军不利，令杨嗣昌回京受罚，其目的也是在保护杨嗣昌而已，但是杨嗣昌本就重病在床，等到黄门斯告知他之后，杨嗣昌一时之间忧思大作，连吐数口血块仰天道：“臣无脸再见圣上，襄王之死虽然圣上未能归罪与我，但终究难辞究责。”随即倒床不起，第二rì身亡。</p>
崇祯闻之后十分可惜，但也算给襄王之死，有了个交代，面临如此战事，崇祯下令熊文灿为兵部尚书一职，总督辽东清军战役。遂令在狱半年的孙传庭释放，再度起用孙传庭为兵部右侍郎。崇祯亲临文御殿询问孙传庭有关镇压起义军的方略，并设宴款待，为他压惊，熊文灿随后速命孙传庭率禁卫军驰援开封。</p>
孙传庭在主持陕西军务期间，不断扩充自己的军力和粮饷。西安周围原屯积军队2．4万，田地二万余项，后来田地都归属于豪门，兵丁只是虚设在花名册上。孙传庭接管这里后，经过治理，得士卒1．1万，年收税计银14．5万两，米麦1．35万石。</p>
为尽早彻底剿灭农民起义军，明廷采纳了兵部尚书杨嗣昌的“四正六隅”的全面围剿方略（又称“十面埋伏”），并为完成此计划增兵12万，加派军饷银280万两。但是，孙传庭对此持有异议。他认为：因军兵屡战，多经溃乏受挫之苦，况且连年征战，民力疲竭，此举未必能收到预期效果。由于孙传庭料知他的计划不会被采纳，便着手清私产，得银两4．8万，并招兵买马，自办围剿所需的人力及资财。当明廷汇集各处上报的招兵募马的数额时，唯独孙传庭的奏疏未送到。素与孙传庭有隙的杨嗣昌于是乘机发难，抱怨朝廷的军法在陕西竟行不通。孙传庭对此上疏申辩道：“使臣如他抚，籍郡县民兵之上，遂谓及额，则臣先所报屯兵已及额矣。况更有募练马步军，数目逾万，何当不遵部议。至百rì之期，商、洛之讯守，臣皆不敢委。然使贼入商、洛，而臣不能御，则治臣罪。若臣扼商、洛，而逾期不能灭贼，误则事者必非臣。”</p>
孙传庭折衷了兵部“堵截正面，固守商洛”的议定，派重兵扼守商洛一带的战略要地。当大天王率领的起义军进袭庆阳、宝鸡时，孙传庭迅速回师在合水将其击败。过天星、混天星的起义军从徽，秦等地经凤翔将通向澄城时，孙传庭指挥其部分五路合击该起义军于杨家岭、黄龙山一带，捕杀二千余人，又在鹿州以西、合水以东的方圆三、四百里的深沟峡谷内采用分兵堵截，机动设伏的战术再败起义军，并打退了驰援陕西起义军的马进忠、马光玉所率领的宛、洛之部后，又在潼关南原以重兵埋伏，使闯王李自成部几乎全军覆没，李自成仅以18骑兵突围而走。至此，陕西境内的起义军几被镇压下去。</p>