科学家人数之多简直难以想象，在某些部门，带博士头衔的人甚至比一般工作人员还要多，而且其中不乏诺贝尔奖得主。曼哈顿工程在顶峰时期曾经起用了539万人，总耗资高达25亿美元。这是在此之前任何一次武器实验所无法比拟的。
这下李默就送间谍物理工程师开始去应聘或者推荐的方式进入到美国的曼哈顿计划之中，这个工作有田添单独负责，当李默接到田添的报告后，就再三叮嘱田添，尽一切可能破坏或者是拖延美国的研发进度，最好是彻底破坏，首席科学家最好是直接解决掉。
具体的实施还要看田添的，李默不是搞情报工作的，在这方面没有多少经验，但对于情报方面的工作，田添还是很厉害的，破坏曼哈顿计划也是田添当前的主要工作。
当然美国也专门成立了反间谍组织，来保护曼哈顿计划，暗战之中谁胜谁负，现在还不好说，但是李默提前几年就开始布局，让德国的间谍工程师很是顺利地加入到了美国的曼哈顿计划中，这无疑占了先手，美国的曼哈顿计划危险了。
曼哈顿计划的最终目标是尽快造出原子弹。虽然在这个计划以前，执行委员会就肯定了它的可行性，但要实现这一新的爆炸，还有大量的理论和工程技术问题需要解决。在劳伦斯康普顿等人的推荐下，格罗夫斯请奥本海默负责这一工作。
为了使原子弹研究计划能够顺利完成，根据奥本海默的建议。军事当局决定建立一个新的快中子反应和原子弹结构研究基地，这就是后来闻名于世的洛斯阿拉莫斯实验室。奥本海默凭着他的才能与智慧。以及他对于原子弹的深刻洞察力，被任命为洛斯阿拉莫斯实验室主任。正是由于这样一个至关重要的任命。才使他在日后赢得了美国原子弹之父的称号。
奥本海默开始时对困难估计不足，认为只要6名物理学家和100多名工程技术人员就足够了。但实验室到1940年12月时，发展到拥有2000多名文职研究人员和3000多名军事人员，其中包括1000多名科学家。
鉴于大多数科学家都反对实验室的军事化，格罗夫斯同意加州大学成为洛斯阿拉莫斯名义上的管理单位和合同保证单位，基地的军队负责实验室建设后勤供应和安全保障。这就保证了实验室内部的自由学术讨论。奥本海默鼓励科学家们大胆地讨论原子弹的有关科学问题，提出即使看门人的意见，也会对原子弹的成功有一定的帮助。奥本海默注意倾听任何人的意见，掌握着整个实验进程。
他们自己甚至都不如奥本海默清楚自己工作的细节和进展。在很多问题上。都是由于奥本海默的决断才取得突破，保证了原子弹研制时间表的执行。奥本海默在科学家普通职工和政府官员中的威望越来越高。洛斯阿拉莫斯素有诺贝尔奖获得者集中营之誉，人们称奥本海默为这个集中营的营长。奥本海默没有获过诺贝尔奖，却拥有如此高的个人威望，他的组织才能与人格魅力由此可见一斑。
在曼哈顿工程区工作的15万人当中，只有12个人知道全盘的计划。这十二个人就是德国间谍的目标，可是要想进入戒备森严的曼哈顿工程区谈何容易，但是方法是人想出来的，必要的时候就算牺牲几名混入的工程师间谍也是可以的。这种情况是在别无他法的时候才使用，混入曼哈顿计划的工程师间谍还是不要暴露的好。
其实，全体人员中很少有人知道他们是在从事制造原子弹的工作。例如，洛斯阿拉莫斯计算中心长时期内进行复杂的计算。但大部分工作人员不了解这些工作的实际意义。