且不说苏辰在幽州扩军备战，苦练内功，远在长安的西汉朝廷倒是迎来了短暂的宁静。
董卓迁都长安，刘协入主长安未央宫，董卓留下牛辅、李傕、郭汜、张济、董越等人布防在三辅各地，阻挡关东联军继续西进。
而此时关东联军已经开始商议立刘虞为帝，无暇追击董卓，董卓看到关东联军没有继续追击，便开始耽于享乐。
他在长安城东修筑堡垒居住，又在郿县修筑坞堡，里面存放大量搜刮来的财物，并有三十年粮食储备，董卓自己说：“我平定关东后，即雄踞天下，失败了，我也能在守在郿坞活到老。”
而董卓到了长安之后，行事也越发肆无忌惮，有幕僚为了拍马屁，提出董卓可比姜尚（字子牙），可称“尚父”。董卓向百官求教，百官则劝说董卓需要等到平定叛乱，返回雒阳后才能讨论，董卓听从。
某日，董卓要去郿坞，公卿大臣到长安城横门外为其送行，董卓设宴款待众人，却在宴席上将数百名诱降来的北地郡叛军士兵虐杀，宴会上的人吓得勺子、筷子都掉了，而董卓却饮食自若。
下属将领如果言语有冒犯董卓的，马上就会当场处死，董卓又以叛逆的罪名诛杀了一些关中旧族。
因为万金堂的铜钱大部分都被苏辰偷出皇宫了，董卓迁都长安之后缺乏银钱使用，于是毁坏市面上流通的五铢钱，再加上洛阳及长安两地的铜人等各种铜制品，用来铸造小钱。这种小钱制作非常粗糙，甚至没有轮廓和文字，百姓都不愿意使用，一时间导致长安及三辅地区市场紊乱，物价飞涨。
董卓让司隶校尉刘嚣抓捕“为子不孝，为臣不忠，为吏不清，为弟不顺”之人，统统以死刑加没收全部财产的方式惩办，引发了大量的冤案。
初平二年（中兴二年）六月二十三日，长安发生地震，董卓向王允询问应对，王允趁机劝说董卓放弃乘坐青盖金华车，董卓听从，改成“皂盖车”。
董卓非常喜欢车师王侍子，而这位侍子多次犯法，被司隶校尉赵谦抓来判罪斩杀了，董卓非常生气，但是一直很敬畏赵谦，而是把都官从事抓来杀害报复。
十月，太史令望气，汇报说不久会有大臣会被诛杀。董卓害怕预言会应验在自己身上，想起卫尉张温曾与自己不和，便指使他人诬陷张温与袁术勾结，将张温抓到长安的集市上活活鞭死。
董卓的倒行逆施引起了忠于汉室的老臣愤慨，派出董卓亲近的越骑校尉伍孚担任刺客，试图刺杀董卓。
行刺当日，伍孚在衣服里藏了一把佩刀去拜见董卓。董卓也不怀疑，亲切接见伍孚。会见结束后，董卓还亲自为伍孚送行，在阁道中，董卓还搂着伍孚的肩膀，十分亲密。伍孚突然抽出佩刀刺向董卓，董卓反应迅速，连退几步，并疾呼周围的卫兵将伍孚制服。
董卓大骂：“你想造反吗？！”
伍孚大声说：“汝非吾君，吾非汝臣，何反之有？汝乱国篡主，罪盈恶大，今是吾死日，故来诛奸贼耳，恨不车裂汝于市朝以谢天下。”言罢，当场遇害。
董卓遭遇刺杀之后，对自己的安全看得十分重要，平日里除了让吕布随行护卫之外，也住进了西凉军重重守护的郿邬之中，凡是朝廷大事奏章，都必须送到郿邬让董卓批阅。