6月1日，农民起义军攻克南方重镇全罗道府全州，进逼汉城，京师震动。朝鲜封建统治者惊恐万状，急忙派洪启薰为招讨使，统兵八百，借驻泊仁川之中国平远舰，率朝鲜之苍龙、汉阳两舰，在长山浦登岸，赴全州清剿。清政府驻朝鲜通商事务大臣袁世凯派遣徐邦杰随往照料。洪启熏率军多次进攻全州，都被农民军打败。朝鲜政府看到自己无力镇压起义军，便决定乞求清政府派兵助剿。6月3日，朝鲜政府由兵曹判书闵泳骏将乞援书交予袁世凯，请求袁世凯“迅即电恳北洋大臣，酌遣数队来代剿”。袁世凯收到乞援书后，思虑再三还是再次电禀李鸿章。
这时，日本政府为了混水摸鱼，便命驻朝鲜代理公使杉村濬刺探清政府的态度。杉村派译员会见袁世凯，劝诱中国出兵到朝鲜“代为戡(乱)”。并假惺惺地表白说：“我政府必无他意”。接着，杉村再次自会见袁世凯，敦促清政府出兵。3日，袁世凯又致电李鸿章说：“杉与凯旧好，察其语意，重在商民，似无他意。”李鸿章听信袁世凯对日本“必无他意”的谎言信以为真，即令北洋舰队提督丁汝昌派济远、扬威二舰赴仁川、汉城保护侨商。并令直隶提督叶志和太原镇总兵聂士成率部二千余人东渡。6月6日，东渡清军乘坐招商局轮船前往朝鲜。东学道起义军在清军到达前，—方面由于受了朝鲜统治阶级“媾和”的欺骗，同时，慑于清军的压力，向朝鲜政府提出十二条要求后，于6月12日撒出全州。
清政府在派出海陆军赴朝的同时，电告清朝驻日公使汪凤藻令其根据1885年(光绪十一年)的中日《天津会议专条》，知会日本外务省。汪凤藻根据李鸿章的电令，于6月6日照会日本外务大臣陆奥宗光，说明清政府按“保护属邦旧例……派直隶提督叶(志)，选带劲旅，星驰往朝鲜全罗忠清一带，相机堵剿，……一俟事竣，仍即撤回，不再留防。”日本政府见中国出兵朝鲜已入圈套，认为时机到来，决定乘机寻衅，与中国一战，以便实现其梦寐以求的侵略朝鲜和中国的野心。
早在清政府决定派兵赴朝前，日本就于6月1日，以所谓“陆军大演习”为名，将邮船公司的轮船紧急集合起来，准备运兵赴朝。6月2日，日本内阁正式通过以“保护”使馆和侨民为借口，出兵朝鲜的决定。并得到明治天皇的裁可。参谋总长提议先派约七千人的一个混战旅团迅赴朝。6月5日，正式成立有参谋总长、参谋次长、陆军大臣、海军军令部长等参加的战时最高指挥部——大本营。当天，以保护驻日公使大鸟圭介回任为名，派先遣部队赴朝。在清军抵达牙山的同一天，于仁川登陆。接着，将七千人的混成旅团派赴朝鲜。至16日全都在朝鲜登陆完毕。
日本政府在派兵赴朝的同时，积极进行外交讹诈活动。6月7日，外务大臣陆奥宗光复照清政府说，日本政府从不“承认朝鲜为中国之属邦”。同时，急电驻中国代理公使小村寿太郎照会清朝总理衙门：“朝鲜现有重大变乱事件，我国认为有派兵之必要，帝国政府拟派兵若干，前往朝鲜”。日本政府的两个照会，一个目的，无非为其侵略朝鲜制造借口。清政府接到小村寿太郎照会之次日，复照日本，对日本的所谓理由进行有理、有据地驳斥。复照指出：
我国应朝鲜之请，派援兵戡定内乱，乃从来保护属邦之旧例。内乱平定之后，即行撤兵。目下仁川、釜山各港情形，虽属平静，然该两地为通商口岸，故暂留军舰，以资保护。若贵国派兵，系专为保护使馆领事馆及商民，自无派多数军队之必要。贵国派兵，即非出于朝鲜请求，望勿进入朝鲜内地，以免惹起惊疑。又倘与我国兵士相遇，以言语不通之故，或竟生事故，不无可虑。”
对于清政府的复照，日本政府不但置若罔闻，反而提出更加蛮横无理的要求。6月12日，小村寿太郎转达日本政府照会说：“此次我国派兵朝鲜，系根据日韩济物浦条约之权利；而出兵手续系根据天津条约，帝国派遣军队多寡，由帝国政府自行裁决，其进退行止，毫无受他人掣肘之理。”
这时，朝鲜政府也致函日本，要求停止进犯朝鲜，日本依然置之不理。随之请求各国驻朝公使支持，也毫无效果。当朝鲜外署诘问日本派遣大兵赴朝原因时，大鸟圭介公使蛮横无理地答复说：“韩匪不能自除，请华代戡”，自无力保护日人，“故率兵自卫”。当时东学道起义军已遭到镇压而失败，汉城、仁川等地已经平稳无事，日本所谓护侨自卫，完全是强词夺理。当时，叶志所部中国驻朝部队已准备从牙山定期内渡。清政府要求日本同时撤兵，各国舆论也纷纷责难日本无端出兵。但是，野心勃勃的日本政府决心在挑衅道路上走下去，继续向朝鲜增兵。外务大臣陆奥宗光特地下令大鸟圭介，“即使外交上有多少纷议，亦必使大岛少将所率之本队悉列阵汉城。”同时，日本内阁在临时会议上还通过一项“无论在任何情况下日军也不能撤退”的决议。这表明日本政府已决心不顾中朝两国的强烈抗议和外交舆论的压力，一意孤行，挑起战争。但为了摆脱外交上的困境和舆论的谴责，日本相伊藤博文根据陆奥宗光的建议，在内阁会议上抛出了一个所谓中日两国派出常设委员会共同监督朝鲜政府进行内政改革的提案。16日晚，陆奥宗光召中国驻日公使汪风藻到外务省，提出日本与中国共同改革朝鲜内政的要求。17日又向清政府提出由中日两国派出常设委员若干名，调查朝鲜财政，淘汰中央及地方官吏，设置必要之警备兵，保持国内安宁等项为内容的照会。清政府经过磋商，于21日复照日本政府，指出朝鲜之改革“止可由朝鲜自行厘革，中国尚不干预其内政，日本素认朝鲜自主，尤无干预其内政之权”。尽管中国的照会合情合理，义正辞严，然而，一纸公文并不能阻止日本蓄谋已久的侵略野心。陆奥宗光接到照会，气急败坏，于22日，十分强硬地再次照会汪凤藻，进行诡辩。并威胁说：“假如贵国政府所见相违，帝国政府亦断不能命令撤去现驻朝鲜之军队。