侦探团都知道了，兴奋地叫起来，光彦道，“像鼹鼠星人一样，利用下水道，对不对？”文乃道，“肯定是这样，鼹鼠星人没有假面超人的身手，就从地下钻来钻去……”步美道，“不错，这个老伯也没有千钧哥哥那么厉害，一定从鼹鼠星人那里得到了启发，才想到这个办法。”元太恍然大悟，“原来老伯也喜欢看假面超人啊！”……所有人都一头汗，这帮孩子可真能遐想。</p>
柯南急忙将话题拉回来，继续推理，那天晚上因为小路路口停了施工的工程车，所以从马路到卡车中间因道路工程形成了死角，绵贯义一打开后门的下水道盖子，背上早苗的尸体，带上铲子，钻入下水道。当时在进行大的工程，不管怎么用铲子挖啊敲啊，应该都不会有人注意，因为这种声音没什么奇怪的。但是不包括喝醉路过这里的持田进一。</p>
目暮警官为了确认柯南的推理，亲自钻了一把下水道，进入了工地。大家也都从门口进入工地，千钧走过来，“目暮警官，你怎么学鼹鼠星人钻下水道呢？”目暮没好气反唇相讥，“你好像又不经允许随便闯入这个工地了吧？”千钧哈哈大笑，“我这次可是找到了尸体！黑闪已经确认了尸体就在那里，我们只要开挖，马上就能找到。”黑闪对着前面大声狂吠。千钧走过来，“绵贯老头，你现在还有什么话说？”</p>
绵贯支吾不出来，幸田正夫大怒，“你这个混蛋，你为什么要杀早苗？我要宰了你！”高木极力拦住他，“你不要这样子。”绵贯困兽犹斗，“你们有证据吗？不要冤枉人。你们说的这些，都是小鬼的推理。我就算真的到这个工地来，那又怎么样？只要利用这个方法，不管是谁都可以进来。而且你们敢肯定尸体一定在这里吗？”</p>
绵贯自己都记不清具体埋在那里了，他只知道大概就是在这一片。绵贯指着黑闪嘲笑，“凭这条狗，就给我定罪吗？”黑闪恼怒，向绵贯扑过去。千钧急忙拉住黑闪，“我K，你不要闹了，等一下我把尸体挖出来，大家就相信你了。”绵贯吓得脸色苍白，差点就晕过去了。黑闪恶狠狠地盯着绵贯，低声吠叫，大家都觉得这狗好有灵性，似乎听得懂人话。</p>
柯南肯定，“没错，就在这里。黑闪的确找到了地方。”大家都走过去，目暮问道，“柯南，你怎么知道尸体一定在这里呢？也有可能是黑闪找错了……”黑闪龇牙咧嘴冲着目暮狂吠，千钧急忙喝止，目暮擦汗，“你最好看好它，别让它咬到人。”</p>
柯南指着前面，原来黑闪所发现的位置附近，有一棵大波斯菊。毛利想起来，“原来如此，你妹妹早苗从同事那里分到一些大波斯菊的种子，要带回去种的。”小兰也想到了，“但是一颗种子却在尸体被埋的时候落了下来，生根发芽了。”</p>
千钧招呼高木和清水，开始动手向下挖。小兰急忙带着孩子们走到远处，转过身去。三人很快挖到了早苗的尸体，已经开始出现轻微的腐烂，面目都看不清楚了。目暮呼叫局里，让相关的鉴识人员马上过来检查。鼹鼠星人幸田正夫还是认出了妹妹，放声大哭起来。绵贯义一知道抵赖不过，只好承认是自己杀了早苗。</p>
那天晚上，二人因股票投资失败的赔偿问题起了争执，绵贯恼怒下，决定中止与公司的合作，早苗追上去劝阻，“你听我解释，绵贯先生……”绵贯非常气愤，突然起了恶念，一把将早苗推下楼去，早苗滚落楼梯，就此死去。高木和清水过来，给绵贯戴上手铐，“这些辩解之词，回警局慢慢说吧！”目暮冷哼一声，“事发后，你不报案，蓄意隐瞒，埋藏尸体，也是重罪。”绵贯义一无话可说。</p>
尾声，绵贯义一杀害幸田早苗，又蓄意埋尸，被法庭判处8年徒刑。少年侦探团破获鼹鼠星人埋尸案件，警视厅给以C级奖励。孩子们自然欢呼雀跃，千钧将这笔钱取出来，平均分给5个孩子，然后又请他们去中华餐饮店大吃一顿。报纸上虽然刊登了少年侦探团破案的事情，但为了保护未成年人，没有具体提到孩子们的名字，只强调了一点，少年侦探团是名侦探毛利小五郎的弟子。大家自然以为孩子们背后有人在指点，那人就是毛利侦探。</p>
在那之后，幸田正夫所犯抢劫宝石的罪行，法官给以了缓刑处置。幸田来到毛利侦探事务所，向毛利、侦探团、千钧等人道谢，打算带着那棵大波斯菊的花苗一起回故乡。幸田说，“虽然我妹妹不能回去了，但是我会将这棵花苗当做妹妹一样好好照料。”大家挥手祝福，幸田悄然离去。鼹鼠星人的案件就到此圆满解决了。</p>
小兰突然想起一件事，“柯南，你说你跟新一在电话里说过话，对不对？”柯南叫苦，这下完了。小兰笑眯眯地蹲下来，“那新一现在在哪里呢？”柯南开始支吾找借口，“这个嘛……”小兰大怒，厉声怒吼，“柯南，你快回答我！”柯南只好亡命而逃，“这比鼹鼠星人还恐怖！”</p>
侦探团的孩子们围着黑闪，都极力称赞黑闪的追踪能力，元太宣布，“黑闪从今天开始就是侦探团的追踪犬！”黑闪跟步美和文乃很亲密，舔着二人的小脸，二人笑嘻嘻地跟黑闪玩闹。千钧无语了，“喂喂，我是它的主人，你们竟然没有问我，就擅自决定……”话还没说完，步美和文乃已经牵着黑闪去追柯南了，元太和光彦也急忙跟上，千钧的话被直接无视了。</p>