方宁和真孤来到了钢铁市，同时在真孤的带路下来到了精灵研究所，见到了一个很大的长方形机器。
真孤看着方宁笑道：“接下来就是见证奇迹的时刻，古代精灵会从化石醒过来。”又看向自己的助手问道：“李阿，一切是不是逗准备好了。”
助手李阿回答道：“是的，真孤博士！”
真孤博士把梦梦蚀喷烟雾得地方，和机器链接起来，接着操控机器并运作起来，不一会里面传出精灵的叫声。
“哒嗞！”
身上是黄色和蓝色的羽毛，头上一橘黄色的嘴巴，它看着周围的环境害怕的大声叫了一声，情绪很是不安。
“这是始祖小鸟，我们的实验成功了。”真孤博士看着已经复活的始祖小鸟，为自己实验的成功而感到了高兴。
方宁看到始祖小鸟很是慌张害怕，连忙过去抱住它“冷静下来吧，现在已经没事了，快点冷静下来始祖小鸟！”
始祖小鸟不断地攻击方宁，又发出了几声叫声，挣脱后连忙跑到了外面，它发了疯似的就叫个不停。
突然一颗大树突然长大出现在他们眼前，以及长出新鲜的黄色伙食，始祖小鸟看到后立马过去吃了。
方宁问道“真孤博士，这是怎样回事？”
真孤博士看着这颗大树，想了想对着方宁回答道：“我想这是因为古代种子，随着始祖小鸟一起复活了。”
一伙黑衣人突然出现在了实验所外面，看着正在吃果实的始祖小鸟，笑的很是得意：“这只始祖小鸟我们就接受了。”其中一黑衣人拿出装置，把始祖小鸟固定变成了泥像的模样。
方宁看到他们的衣服，很是生气：“又是你们这群人，精灵盗猎组织，有我在你们休想带走始祖小鸟！”
“路卡利欧，波导弹！”
“天蝎，劈开攻击。”
就在方宁和一人对战的同时，一个热气球上升到了半空中，还对着的对战那人喊道：“货物到手了，我们撤！”
真孤拿出精灵球出来，看着热气球扔了出去：“比雕，用啄攻击给我把气球弄破！”比雕从精灵球里出来，飞到那伙人的热气球那边用嘴刺破气球。
其中一个黑衣人从身上拿出精灵球出来，却突然收到一个消息把精灵球放了回去，看着他们恶狠狠的警告：“下一次，别在来妨碍我们！”
始祖小鸟掉落在空中，方宁连忙跑过去把它接住，真孤低下头想了想对着说道：“方宁，你带着始祖小鸟走吧，帮它寻找适合它的地方。”
“别跑！”方宁刚要追出去！
“别追了，现在是始祖小鸟要紧。”
电脑突然响了起来，对着方宁发布新的一个任务：“任务：“帮助始祖小鸟寻找，去寻找适合它的栖息地。”
方宁看着真孤博士有点为难：“可是，这是……。”
“对了前年我在一处森林见过几只始祖大鸟，我想在神奥地方还保存着古代的样子，所以它就拜托你了。”真孤博士看了始祖小鸟几眼，又朝着方宁看去。