刑曹：刑法政令的最终审核和报批，对接都察司；
户曹：户籍、军需的最终审核和报批，对接度支司；
税曹：税收征缴入库、政策制定的最终审核和报批，对接度支司；
奏曹：主掌与皇室、寺社对接，与“武家传奏”关系紧密，对接秉礼司；
工曹：各地工程建设、城池普请的最终审核和报批，对接营缮司；
监曹：对各地代官、大名行为的监督和记录，对行为不端、意图不轨者及时上报并采取措施，不对接所司，具体人员构成不明。
综上可知，七司制度是对之前大老奉行制度的继承，地位名义上也与之前大致相当，而九曹皆为秀保直属，虽独立于丰臣政权之外，却拥有最终的决定权。个中深意不言而喻，就是要将丰臣宗家掌握的权力进一步向大和丰臣氏转移，避免再次发生强力大名占据中央，挟天子以令诸侯的情况发生。
基于这一目的，秀保确定了首批司判和曹掾的人选：
武卫司：加藤清正；布政司：前田利政；都察司：宇喜多秀家；度支司：浅野长政；秉礼司：片桐且元；营缮司：池田辉政；勘合司：后藤基次。
兵曹：岛清兴；吏曹：藤堂高虎；市曹：那须资吉；刑曹：福岛高吉；户曹：小笠原忠请；税曹：桑山一晴；奏曹：长束正家；工曹：武田胜亲；监曹：浅井秀政。
除此之外，为更好地将中枢的政策落实到各地，同时避免七司专权瞒报，秀保还在七司之下陆续设置了赋别、安堵、官途、寺社、普请、锻钱、贡举、检使、目付、护卫、造营、宿驿等十二所，选取心腹家臣及亲近大名家中宿老重臣担任奉行，负责政策的切实执行，并将执行情况及时向七司和九曹反馈。
如此一来，取代大老奉行制的“七司九曹十二所”制度在秀保的强压下，于会津之战的第二年，即庆长六年正月正式施行。司判、曹掾皆妥善安排好领内事务进驻伏见城办公，十二奉行也在随后的三个月中陆续赶来伏见，接受秀保的任命和安排。
有人说，“七司九曹十二所”是对丰臣秀吉制度的推翻重来，是秀保强化自身权力的一项强有力的举措；也有人说秀保还是顾及了丰臣宗家的颜面，七司判中除了后藤基次，皆为受过太阁恩典的大名，且十二所仍以“奉行”为首，也算是变相保留了“奉行”之职，对宗家和尾张派也算是有所交代。
可事实上，此处的十二奉行与当初总揽中枢大权、动辄可以调动千军万马的五奉行相比，实在不值一提，奉行的职责也从主动地决策指挥变成了被动地执行。
不仅如此，名义上七司取代了大老奉行的地位，成为新的决策机构，但在九曹和十二所的压制和牵制下，他们的权力遭到很大地限制和削弱。特别是随着秀保在各地势力的不断深入和巩固，九曹的权力大大增强，秀保一手扶植的十二所也对七司阳奉阴违，从接受七司的命令逐步转变为接受秀保的直接领导。
因此，后期七司权力逐渐萎缩，职能也由决策机构变成了咨询机构，近乎成了可有可无的存在，不少司判自觉驻留伏见无可作为，便向秀保申请返回领地，致使七司时常出现空缺，这更是加速了七司的衰落，助推秀保势力的壮大。中途，虽有片桐且元等人坚持维护七司的权威，但无奈大势已去，最终难有起色。
当然，这些都是后话了，至少在“七司九曹十二所”刚成立时，不论是丰臣宗家还是各地大名大都还是认可的，毕竟有前车之鉴，谁也不希望再出现一个能左右国家政策、架空宗家的机构出现，将权力进行如此分散，多是被看作是主家衰弱的情况下不得已而为之。鲜有人意识到，这个制度的背后，是秀保权力的进一步膨胀，昔日五大老、五奉行掌握的决策权，正潜移默化地转移到秀保一人手中，与此同时，他身后的暗流似乎也更加汹涌了。