在开战之前，日根野弘就便告诉他，秀保虽说年纪轻轻，但已经掌握了大义名分，且上下团结，深得丰臣系大名的拥护，定能降服上杉景胜稳定朝纲，让他不忘丰臣氏的恩泽，坚定地站在秀保一边，践行日根野家的忠义。
可惜的是，这位日根野家的嫡长子并不能看清楚局势，在仙石秀久和石川康长的轮番劝说引诱下，最终交出了地理位置险要的高岛城，并加入了仙石秀久为首的信浓军，正式成为德川阵营的一员。
但是战局发展出乎这些信浓大名的意料，笠取一战，信浓联军惨败于真田昌幸之手，日根野军损失惨重，被迫留守小诸城；紧接着后藤基次率大军从上田城杀来，日根野吉明只能束手就擒，且修书一封劝说人在上野的仙石秀久等人投降，草草结束了信浓的战事。
因为他的所作所为，背叛了丰臣氏，秀保本意是想将其改易，且不允许日根野弘就收留，但弘就却甘愿献出自己的知行和加封，来换取日根野吉明的安堵。秀保不忍，最终答应了这员老将的请求，但要求日根野吉明在他父亲修建的城池中闭门思过，在彻底醒悟之前，家中一切事务皆由其祖父负责。
除此之外，胁阪安治、五岛玄雅、松浦镇信等一干不求有功、但求无过的大名也得到了秀保给予的“本领安堵”，在这场大变故中继续小心翼翼地维持着家名的延续。
至于获得加封的大名，几乎个个是实至名归。
前田利政虽然没有参与桧原合战，但他在北陆、近江的一系列行动，有力地牵制住了大量亲德川力量，减轻了秀保的压力。同时，御东山城一战，击败了毛利氏的近畿讨伐军，重挫毛利辉元的锐气，成为毛利军退出大坂的直接原因。随后，他又和宇喜多秀家进驻大坂近郊，确保了周边的稳定，尽可能地阻止石田三成对近畿的煽动。综合以上种种成绩，秀保决定将之前因其兄长参与“大坂骚乱”没收的越中二十八万石领地返还给前田氏，使得前田氏从之前的六十三万石，升至九十一万石。至于能登的十二万石，按照秀保的解释，因为轮到凑的缘故，只能纳入秀保的藏入地，用以安置北陆水军。
对于这把悬在自己头顶的利刃，前田利政心中虽有不安，可终究不能明说。“大坂骚乱”之前，前田氏的领地可以分为三部分，前田利家的西越中和东加贺五十四万石，前田利长的东越中二十八万石，前田利政的能登二十一万石，合计一百三万石。因此，此番表面上说是升到了九十一万石，实际上较之前仍少了十二万石，这十二万石便是前田利政因“大坂骚乱”被减封的北能登领地。
照理说，此番前田利政立功，应该将北能登归还给他而非东越中的二十八万石，可这样一来，就要少掉十六万石，他故而将这件事看作是秀保跟他的交易，因此即便明白北能登的重要性，也不愿多言，心想只要自己今后对丰臣氏忠心耿耿，头上即便是把利剑，也绝无用武之处。