天正12年（1584年），织田信雄和德川家康联合对抗羽柴秀吉，小牧、长久手之战爆发。家康取得胜利，但是秀吉通过一系列外交策略，笼络了家康。秀吉还在石山本愿寺的旧址上建筑居城——大坂城。天正13年（1585年）担任关白一职，次年获赐丰臣之姓，并就任太政大臣，奠定丰臣政权。通过纪州、四国和九州征伐，长宗我部氏、岛津氏归降。天正18年（1590年）在小田原之战中消灭了后北条氏，并使东北大名降服，完成统一日本的壮举。第二年，秀吉将关白一职让与养子丰臣秀次，自称太阁，以世袭的方式宣示丰臣政权的稳定。政治上通过太阁检地、兵农分离、惣无事令等政策，为之后江户幕府的发展做了一定的铺垫。
天正20年（1592年），太阁秀吉为了平息国内土地不足分封的问题，决定出兵攻打明朝。秀吉向朝鲜提出“假道入明”的请求，却遭到朝鲜国王拒绝。于是，秀吉决定先并吞朝鲜，再并吞明朝。同年4月，秀吉派遣16万军人前往朝鲜，文禄之战因而揭开序幕。日军在战争初期处于优势，只花一个月便攻陷朝鲜首都京城（今韩国首尔）、驱逐朝鲜国王李昖。李昖为了击退日军，遣使向宗主国明朝求援。明朝很快便派出军队赶赴朝鲜救援。这段期间内，朝鲜各地出现义军抗战，其中郭再祐、高敬命的抗战大大激发了朝鲜军队之士气。天正21年（1593年）1月，明朝、朝鲜联军以提督李如松为首击退日军将领小西行长，收复平壤，虽在碧蹄馆之战因寡不敌众被日本将领立花宗茂、小早川隆景击退，但后来日军因为宇喜多秀家为首转攻幸州山城时遭遇朝鲜将领权栗的抵抗，损失十分惨重。另一方面，李如松改变策略，焚烧日军粮库，日军被迫退至釜山。除此之外，朝鲜水军名将李舜臣亦率领朝鲜水军击退日本水军，日军在海陆受挫的情况下被迫和明朝议和。文禄4年（1595年），文禄之役在两方议和下结束。
庆长2年（1597年），秀吉再次出兵攻打朝鲜，庆长之役开始。同年2月，明朝再次出兵支援朝鲜，首以明末名将麻贵，与日军加藤清正等人在蔚山交战。朝鲜水军在开战初期被日军击溃，迫使朝鲜再次起用李舜臣抵抗日军。李舜臣在鸣梁海战中击败日军主帅来岛通总，使局势开始扭转。在两军对峙之际，庆长3年（1598年）7月，太阁秀吉在京都伏见城病逝。日军在五大老的决议下开始撤退。同年11月，明朝、鲜联军又于露梁海战截击大败日军，虽然李舜臣在与岛津义弘交战中中弹而亡，日军因为遭受重大损失，最终撤退回国，庆长之役结束。文禄?庆长之役中，丰臣氏及参与战斗的大名消耗了极大的财力，而德川家康由于留守日本本土，并未参战，因此实力得以保存，为之后取代丰臣氏奠定了基础。
关原合战，元和偃武
庆长3年（1598年），丰臣秀吉病逝，其幼子丰臣秀赖继任家督，全日本顿时陷入混乱。自朝鲜半岛撤兵回国的丰臣氏诸将由于各自利益的问题，对以石田三成为首的五奉行大表不满，甚至试图起兵暗杀。另一方面，五大老之首德川家康私结诸侯，任意分封领地，激起其余四位大老的不满。庆长4年（1599年），四位大老中最有影响力的前田利家病逝，丰臣家臣与德川家康关系迅速恶化。庆长4年（1600年），也就是秀吉死后两年，德川家康因上杉景胜家老直江兼续的诉状《直江状》，起兵征讨上杉景胜，是为会津征伐。
丰臣家重臣、五奉行之一的石田三成认为德川家康违反私战禁令，召集各地大名于大坂城发表《内府违反条文》，随即起兵讨伐德川氏。德川家康则将上杉战事交给次子结城秀康，自己则率领大军与支持他的丰臣武将回师应对石田三成。庆长5年（1600年），两军主力最后在近江一带进行了决定日后天下形势的关原之战。
开战之初，以石田三成为实质领导（名义上的统帅则为毛利辉元）的西军攻势凌厉，打得以德川家康为领导的东军喘不过气来。可是到了大约中午时分，家康下令以火枪队向其事前已收买、但是在战场上按兵不动的的西军大将小早川秀秋射击，迫使他与吉川广家等西军大将阵前倒戈，直逼西军主阵。至此战况急转直下，西军从稍占优势转为完全溃败。在日落之前，这场大战便以东军大胜告终。几天后，石田三成被捕，他与小西行长以及安国寺惠琼三人作为首要战犯被处决，德川家康实质上取代了丰臣氏的政权。
庆长8年（1603年），德川家康接立天海和本多正信的意见伪造族谱,欺骗天皇赐德川家康征夷大将军一职，江户幕府正式成立，确立地位是高于关白丰臣秀赖,但随着丰臣秀赖年纪渐长，丰臣氏对德川家康的不满之声也越来越大。丰臣氏财力渐丰，大有重振旗鼓之势，而且身为五大老的德川家康毅然不顾两家密切的联姻关系，决心斩草除根。庆长19年（1614年），德川家康以丰臣家重建的《方广寺梵钟铭文》中出现的文句（“国家安康，君臣丰乐”）为借口，指责丰臣家有诅咒自己的意思（铭文上家康二字被拆开，家康认定丰臣氏诅咒自己人头落地），胁迫秀赖退出大坂城、交出其母淀殿并将她作为人质送到到江户城。对此要求，丰臣家断然拒绝，并积极召集浪人与流亡大名约11万人，同时亦储备粮食准备长期与德川对抗。
德川方亦发出动员令，轻易地召集了二十多万大军对大坂城进行包围。可是由于丰臣方的积极抵抗，特别是名将真田幸村、后藤基次等人的指挥，再加上大坂城城防坚固，德川方进展缓慢。后来，德川家康利用大炮轰击大坂城的天守阁，
以威慑居住其中的丰臣氏。之后，德川家康又假意求和，以大坂城填填埋外护城河作为和谈条件。可是在和谈进行的过程中，德川家康突然出动数万人在一夜之间不但把外护城河填平，就连二城、三城甚至内护城河也悉数破坏。大坂冬之阵在大坂城城防要塞完全被解除的情况下结束。次年5月，德川家康再度出动军队讨伐大坂城，这次史称大坂夏之阵的战役最终攻陷大坂城，秀赖母子自杀，与妻子德川氏（秀忠女，家康孙女）所生幼子国松亦遭斩。通过大坂冬、夏之阵，德川家康完全消灭了丰臣氏势力，结束了自应仁之乱以来混乱的战国局面。