他以非硬的态度驳斥了分离主义潮，1999年9月，出动10万军人，挥部队从两进入车臣，对车臣进行封锁和开军事击。
经过中轰炸和地面围剿，大股车臣武装消灭，俄军几乎控制了车臣全境。但是，车臣剩余的武装化为零，在车臣内外游击战术，频频进行暗杀和恐怖动。
是近两年来，车臣武装分子动猖獗，不断制恐怖袭击事，成大量人员伤亡和财产损失。
2000年2月初，俄军攻下车臣首府格罗兹尼，得了平叛行动的决定性胜利。
2000年6月8日，他签署命令，对车臣实行总统理，由总统驻高加索代表卡赞夫体落实。
2000年6月16日，车臣穆夫提、原马斯哈多夫政府反对派卡德罗夫命为车臣临时政府首脑。
2001年初，下令将剿车臣残匪的务由国防部移联邦全局。在车臣成立政府和设行政机关，命原斯塔夫罗波尔政府首脑伊里亚索夫为车新政府总理。
这标着车臣开始从战争状态转入正状态。
2001年2月起，俄罗斯当局从车臣撤军。
“9·11“事后，出于建立全球反恐联盟的要，在车臣问上表态明显软化。车臣分裂分子政上到沉重击，军事上无力实施反扑，将制恐怖袭击视为阻挠车臣和平进的唯一有效手。
2002年下半年，车臣恐怖分子动日益猖獗，多用导弹击落联邦军用飞机，并制多起恶性恐怖事。
2002年10月23日，车臣恐怖分子占领莫斯一剧院，劫近800人质，提出停止车臣战争、联邦军队撤出车臣的要。俄种部队26日行动，辅以施麻醉化学气体等手，在129人质死亡后，解救出其余全部人质。
2002年12月27日，车臣恐怖分子驾驶两辆载有炸药的汽车冲入车臣政府大楼，致使大楼全部毁，成至少83人死亡，余人伤。
2003年10月，卡德罗夫正当选俄罗斯联邦的车臣总统。
2004年5月9日，车臣发生炸弹爆炸，总统艾哈迈德·卡德罗夫当场炸死。
2004年8月29日，经过总统选举，由阿卢·阿尔哈诺夫出总统。