启航号飞船搭载了数万名殖民者，朝着曙光六号进行星际旅行，这期间飞船上的所有人要进行长达140年的休眠。
背景介绍完毕后，《深空奇恋》四个出现在画面上。
在场所有的人明白，这应该就是电影的名字了。
镜头一转，起航号飞船前方出现了大片的陨石带。从陨石带穿过后，飞船表面并没有遭受到任何损伤。
但视线落到飞船内部，操作面板上显示着飞船的情况并不好，经过系统的自我修复，绝大多数损伤都被修复了，唯独有个红点在操作面板上闪烁。
此时画面转到休眠舱，在不同区位的舱室里，一对男女从休眠中苏醒过来。
这两人也是电影的男女主，男主名叫聂渊，是一名工程师。女主名叫沈伊，是一名记者。两人在发现自己从休眠状态下苏醒后，都以为飞船抵达了目的地。
可没多久他们就明白了，自己的苏醒完全是一场意外。此时，飞船距离抵达曙光六号还有112年的路途，也就是说他们仅仅只休眠了28年。
如果他们不能回到休眠状态，那么他们将在剩下的112年里老死。
对于这样的结果，二人显然无法接受。尤其是男主聂渊，身为一名工程师，他很快便开始寻找让自己重新休眠的方法。
但很可惜，全都失败了。
镜头另一边，女主沈伊也尝试了所有的方法，结果仍旧是一样。
认命的沈伊把自己关进了房间，她现在只想独自待着。
和沈伊不同，聂渊凭借自己工程师的能力，对自己为什么从休眠中苏醒的变故展开了研究。
也正是这个缘故，聂渊经常出入飞船的各个位置，甚至有几次他都来到了沈伊所在的区域，但因为运气缘故，二人总是擦肩而过。
正在看电影的众人不由为他们感到着急，明明好几次二人都要碰面了，结果因为种种变故，导致他们并不知道，除了自己飞船里还有其他的苏醒者。
时间一天天流逝，二人的生活逐渐回归孤独，他们似乎都放弃了重新休眠的念头，转而研究如何在接下来的日子里，让自己的生命变得有意义。
终于，在使用飞船上的娱乐系统时，男女主最终还是遇见了。
这时一位院线代表说出了自己的心声。
“急死我了。”
声音虽小，但也吸引了众人注意。不过众人并没有把这句话放在心上，因为这句话他们中很多人也憋了许久。
随着故事的推进，相遇的二人交流了自己所遭遇的情况，然后把有用的信息进行了总结。
最后得出的结论是，两人最终要在这艘飞船上老死。
沈伊有些失落，旁边的聂渊却在安慰她，不如趁着还未老去，现在多享受享受生活。
一开始沈伊有些抵触这个做法，但在聂渊的开导下，她也渐渐接受了对方的提议。
于是在接下来的日子里，整艘飞船就变成了沈伊和聂渊的二人世界。
他们在飞船的各个地方游玩，毫无顾忌地使用着飞船上的娱乐系统。之后，二人还找到了通往飞船外的通道。
穿戴好航天服，二人站立在飞船上，一起遥望着浩瀚的宇宙。
这个画面映入在场观众的眼中，所有人心中脑中都浮现出浪漫二字。
试想，在一艘星际飞船中，一对陌生男女得知了自己要老死在这艘飞船上的命运，当他们站在飞船外部将整个宇宙尽收眼底，这种场景除了震撼之外，剩下的就是浪漫了吧？
也因为这个缘故，二人之间的感情迅速升温，成为了一对陷入爱河的情侣。他们一起在飞船的各处参观，一起洗澡，一起在飞船的大厅中跑步。
两人每天住在一个房间，有时聚在一起，有时分开做着不同但又有意义的事。
在这艘飞船里，他们迅速升温的感情成为了二人间唯一的依靠。
日复一日，他们越来越像一对夫妻。
可是，就在二人热恋的第二年，意外来临了。
因为飞船的系统出现故障，本来在休眠的船长也被意外唤醒。看到有第三名苏醒者，聂渊和沈伊显得异常兴奋。
两人告诉了船长自己醒来的原因，船长判断是飞船出了问题，三人马不停蹄的开始修复飞船。
就在修复飞船的过程中，噩耗传来了。
因为休眠舱出现了问题，导致苏醒后的船长身体机能急速消下降，在飞船外作业时，一场变故让船长坠入太空深处。
临死前，船长通过通讯设备告诉二人修复飞船的方法，以及出入整艘飞船的通行证。
船长的逝去，让整个飞船修复工作几乎都落在了聂渊的头上。同时，之前飞船留下的隐患开始彻底爆发，整艘飞船连同一船人的性命此刻都落在了二人手上。
为了挽救飞船上所有人的性命，聂渊站了出来。在沈伊的协助下，他开始一步步地修复飞船的大小问题。
其他的问题都处理完毕后，摆在二人面前的，是飞船的动力问题。
这一步需要有人到飞船外去处理，过程无比凶险，可聂渊知道，能完成这个任务只有自己。
依依不舍地同沈伊告别，聂渊独自来到飞船外面，任务完成得比想象中还要顺利。在通讯设备中，二人的语气也逐渐轻松。
可没多久，变故再次出现了。
返回飞船的过程中，聂渊的宇航服出现了泄漏的状况。沈伊得知后，急忙穿戴好设备前来救援。
奈何她的动作还是慢了一步，虽然成功将聂渊救回飞船，但聂渊已经没有了任何生命体征。
望着聂渊的尸体，沈伊嚎啕大哭。
正在观看电影的某人也抽了抽鼻子，放映室内的气氛显得有些低落。
黄启面无表情地坐着，他知道电影还没结束。
果然，镜头又一转，沈伊独自操作着电子板，她在写日记，日记上的内容完整的呈现在众人眼前。
“他死了，就在我眼前静悄悄的死去，我以为他能顺利回来，没想到这竟然是我们之间的最后一面”
镜头向前移动，沈伊的身边，聂渊的尸体静静躺在医疗舱内，与此同时，一滴泪水也从沈伊的眼角处滴落。
画面慢慢灰暗，就在所有人都以为电影就这样结束了的时候，灰暗的画面却又逐渐清晰。
一名小男孩缓缓睁开眼，擦去嘴角边的口水，他把视线望向讲台。
高科技感十足的教室里，讲台上站着一名长相酷似沈伊的年轻女子，她嘴角挂着淡淡的笑容，眼睛却通红一片。
“后来呢？”
台下有人问了一句。
“后来，”女子轻轻抬起头，脸上带着几分悲怆道：“后来我的母亲通过船长的通行证，找到了船上的特殊仓库，学习了相关的知识后，她利用所有的材料仿造出了一个休眠舱。”
“再后来，她发现她怀孕了。于是，她将那个休眠舱的机会让给了我。”
女子面部抽动了几下，在镜头特写下，一滴眼泪朝着地板急速坠去。
原本寂静的教室里，先前睡觉流口水的小男孩带头鼓掌，其他人也陆续鼓掌，整个教室瞬间被掌声淹没。
放映室里，荧幕前的观众中，不知谁也开始鼓起掌，和电影中的情节一样，随后整个放映室充斥着众人的掌声。