回大明后，清廷又拿家人性命威胁他，遂返家隐居，不再任职鲁监国行朝。
黄宗羲虽然隐居，血性犹存。当年余姚孙嘉绩、熊汝霖起兵抗清，他变卖家产，召集黄竹浦六百余青壮年，组织“世忠营”响应。之所以隐居，一是担心家人生命安全，更主要的是对大明的前途灰心失望。
现在朱亨嘉打下了武昌，形势大好、复明有望。梨洲先生在家里憋不住了，冒着清廷的通缉，向旧主鲁监囯通报清军消息，又捎鲁监国密信联络金华诸地义军。
这期间老黄家家祸迭起，弟弟黄宗炎被捕；儿媳、小儿、小孙女病夭；故居两次遭火。黄宗羲皆不改志，坚持反清复明。
他虽然属于鲁监国阵营，仍托人给朱亨嘉寄了一封贺信，祝贺他建此不世奇功。
朱亨嘉阅信后大悦，嘱闽浙总督何腾蛟、浙江巡抚张肯堂等人，加紧挖鲁监囯墙角，分化、收买鲁藩文武官员；又遣使至福建，拉拢鲁监囯权臣建囯公郑彩等人