为了让汤玛士和伯格因把弹道学和机械、化学知识传授给中国人宋友亮决定第一自己接受洗礼加入天主教；第二允许他们在海阳卫建造教堂并传教。第三允许汤玛士和伯格因要在海阳卫开办教会学校但是教学内容除了神学外还必须包括弹道学、机械学和化学等自然科学知识。第四请耶稣会派出更多知识渊博的神父来充实这所学校。
这让汤玛士和伯格因很高兴以前的来华传教士最多也就是开设教堂公开传教而已现在这个年轻的地方指挥官愿意皈依上帝还允许开办教会学校为进一步扩大传教培养人才
“上帝保佑！”汤玛士在胸口划着十字。
不过这一决定遭到了吕文洲的反对他认为堂堂大明子民怎可以夷人为师？宋友亮便安排汤玛士和伯格因单独交谈了一晚上。汤玛士怎么谈的宋友亮是不知道不过第二天一早吕文洲做出了让步。
由宋友亮担任这个教会学校的校长吕文洲和汤玛士为副校长吕文洲负责教授传统的四书五经汤玛士负责教授西洋自然科学、伯格因神父教授神学。
不久在中西工匠的合作之下海阳卫第一间教堂只用三天时间就造的颇具规模。汤玛士神父兴冲冲地来到工地却愕然现精美的雕花窗户上空空荡荡一片玻璃都没有。
“虔诚的亚历克赛为什么教堂的玫瑰花窗上没有彩色玻璃？那是天堂的窗户~”汤玛士问道。也称玫瑰花窗为哥特式建筑的特色之一指中世纪教堂正门上方的大圆形窗内呈放射状镶嵌着美丽的彩绘玻璃因为玫瑰花形而得名。著名的玫瑰窗有法国巴黎圣母院的玫瑰窗等。玫瑰窗为教堂中彩色玻璃窗的一种由于它的位置而成为装饰的重点在阳光照耀时把教堂内部渲染的五彩缤纷、眩神夺目。玫瑰窗忽明忽暗斑驳陆离光影中让人有一种恍若隔世的感觉。在哥特式教堂的西面典型构图中一对塔夹着中厅的山墙垂直的分为三部分。山墙檐头上的栏杆、大门洞上一长列安置着犹太和以色列诸王的雕像的龛把三部分横向联系起来。中央栏杆和龛之间是圆形的玫瑰窗象征圣母的纯洁（也有说法认为玫瑰象征着弥赛亚就是耶稣基督；圣经中玫瑰也代表古代的血液与女性崇拜）。3座门洞都有周圈的基层线脚线脚上刻着成串的圣像。
亚历克赛是宋友亮加入天主教后的教名宋友亮耸了耸肩膀答道：”亲爱的神父那是因为我的工匠不会制作那种五彩缤纷的玻璃呀~！”
伯格因神父在胸口划着十字笑道：”上帝保佑那就由我来为工匠们传授第一课：如何制作玫瑰花窗上的玻璃吧！”
从此之后海阳卫又多了一份新财源。第一批彩色玻璃一出炉宋友亮立刻让锦衣卫以密报的形式送了一批去北京献给崇祯皇帝。结果崇祯皇帝反倒是把宋友亮训斥了一番谓之”不要沉溺奇淫技巧之物玩物丧志”马匹拍到马蹄上吃力不讨好
崇祯十一年八月海阳卫的第一所教堂——圣约翰教堂落成汤玛士神父和伯格因神父为宋友亮举行洗礼
圣洗礼仪的举行由圣堂门口开始。汤玛士问宋友亮道：”亚历克赛你向教会求什么？”
宋友亮答说：”求信德。”
汤玛士再问说：”信德为你有什么好处？”
宋友亮再答说：”得永生。”
汤玛士神色庄严的说道：”永生就是认识真天主和他所派遣的耶稣基督愿作他的门徒听他的圣言遵守他的诫命参加教友的团体生活和祈祷。这一切你都做到了吗？”
宋友亮答道：”都做到了。”
汤玛士为宋友亮祈祷带领他进入圣堂参加圣道礼。