但这些反对声音终于不敌炮声，彤郅十三年6月的乾日琅峤海战，是乾国近代海军组建以来对外第一仗，虽然取得了重大胜利，但也暴露出了乾国海军力量的单薄，使大乾朝廷开始重视海军建设，在光旭元年2月，大乾朝廷发布上谕，承认虽然也曾建立造船厂、建有海军，但“造船不坚、制器不备、选将不精、筹费不广”是导致日本胆敢悍然入侵的主要原因。表示“当此事定之时，惩前毖后，自以大治水师为主”，而海军衙门便是在这样的背景下成立的。
海军衙门的设立可以说适应了洋务运动发展的需要，当时乾国已初步具备建立海军的条件。大乾王朝自“英法联军”之役后，广泛设厂制械、造枪造炮、制造船舰，逐步改变着乾国军队陈旧（www.hao8.net）落后的武器装备。这不仅使陆军由千年一贯的大刀长矛向近代先进的新式枪炮迅速转化，创建海军的条件也日趋成熟。海军衙门成立前，福州船政局、江南制造局等乾国企业自制的大小船舰已达20余艘，均配备新式枪炮、分拨南北洋，为使旧（www.hao8.net）式水师向新式海军转化创造了条件。同时，民用工业的迅速发展，如煤、铁资源的发掘，交通运输、电报通讯的相继创办，也无一不适应着这种转化。为加速海军成军，乾国政府开始筹措巨款向外国定造船舰，并积极谋求和外国合作，吸收外国先进技术，自制军舰。当时许多西方报刊敏锐地察觉到这一动向，预言：“由此观之，不数年间，乾国陆路之兵，将舍弧矢之戏，而专恃洋枪之威，水师之船，将舍风蓬之笨，而独取火轮之速矣”。
尽管背景颇为复杂，海军衙门的设立仍是乾国近代史上的重大事件。它标志着大乾王朝自禁烟战争屡遭列强打击之后，终于将加强海防、创建海军做为头等大事。纯亲王宜瑄虽然才识有限，但为光旭皇帝的未来和大乾王朝的巩固，还是将创建海军、加强海防做为尽忠报国的毕生事业。他受命之后，敢于抛弃陈腐观念，密切注视国际风云，虚心向洋务派请教，并以其特殊地位争取仁曦太后的同情与支持，为推进以海军建设为中心的近代化事业创造了有利环境。而在富有远见卓识的敬亲王宜欣的大力配合支持下，海军衙门遂成为指导洋务运动的中心。
海军衙门成立之后，翁叔平等保守派官员对其可以说有一种本能的敌视，他们认为海军衙门一旦“饷足”，便会“妄动”，是以翁叔平主管户部（户部尚书董恂因妄言“生番系化外之民，问罪与否，听凭贵国办理”致使日本找到了入侵苔湾的借口而获罪免职，新尚书人选一直未定，日常事务由户部侍郎翁叔平主持）之后，借口“饷绌”，故意拖欠海军衙门经费，想要将海军衙门搅黄。但让他没想到的是，在纯亲王和林义哲的主持下，海军衙门竟然办得风声水起。
因为海军衙门不光管理全国海军，和海军、海防有关的诸如电报、铁路、船运等事务也都归海军衙门管理，因而海军衙门便有了相当大的财务权力，虽然在翁叔平的“饷绌”借口之下，海军衙门无法从户部得到经费，但神通广大的林义哲却以“海防捐”的名义，从国内和国外筹集到了大笔的资金，使海军衙门顺畅的运行起来。
更为让翁叔平等保守派官员恼火的，是林义哲通过“海防捐”的名义，暗中为“园工”募集资金，不但把内务府和海军衙门拉上了一条船，还把两宫皇太后变成了海军衙门的保护伞！
现在“园工”的经费，全都由海军衙门和内务府经手，主管全国财政的户部被完全撇在了一边。对于海军衙门经手的银子到底有多少，翁叔平一直也搞不清楚，但民间传闻海军衙门是大乾国“第二户部”，却足以说明问题了！
上一次他借口为左季皋的西征军筹饷电函船政，要求船政将“余银”解部充饷，主要目的便是想要将造船的财权夺回到户部手中！
而他没有想到的是，船政大臣丁雨生根本不买他的帐，干脆利落的一口回绝了。
其实也难怪丁雨生如此，船政经费原本不足，在向户部请款时户部的答复从来都是两个字：没钱！结果时间久了，船政自然也不待见户部，自己想辙了，因而户部再想从船政抠钱，碰钉子是当然的事。
象这一次翁叔平接到左季皋的“点醒”电报，他一看便知道左季皋是要把自己当枪使，但他还是照着做了。