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在桂萼提议，正德的推动之下，改革开放终于得以顺利施行，不过眀里争议少了，暗地里动作却从来就没少过。
桂萼再怎么说也是文官系统出身，他的提议对宦官集团可说是毫无益处，开海通商这么大的事，张锐、郭震以及一干宦官们整天都去向正德哭诉，段飞偶尔也帮帮腔，将桂萼的提议修改得中正一些，譬如郭震想统海军造大船大炮剿倭立功，段飞也遂了他的愿，只不过改革后的税制由内阁和司礼监共同管理，大家都不肯给郭震钱，在正德的干预下才勉强答应每年拨给他一百万两白银，这点银子连重建江南船厂都不够，郭震只好咬紧牙关，从别的地方克扣开支，打算大干一场。
锦衣卫和东厂都得了正德首肯，可以自己去想法子捞钱，因为段飞下手快，连皇上、皇太后、皇后都被他拉下水投资到他的商盟基金去了，与苏友青、殷德祥等大商人又建立了信任关系，因此发展迅猛，过年的时候发了一笔红利出去，年初段飞离开京城之前就听说寻找门路想投资商盟基金的人骤增，都是利益所催。
郭震也想照葫芦画瓢，他搞了个百业联盟，简称百联，因为动作慢了，京城里有钱有权的主都被段飞挖得差不多了，郭震只好挖空心思揽客，坑蒙拐骗的招数都用上了，用东厂威势逼人交钱也是常有的事，许多商人已经把钱投到了锦衣卫的商盟，又被逼加入东厂的百联，一个是自愿的，一个是被逼的，一个已经拿了红利，一个却像是把钱扔到了水里，连个咕咚声都没有，可想而知大家心中的感受。
不过郭震也搜刮到了不少银子，足以支撑他初建海军的开销，梦想着有船之后开着军舰去走私，利润自然丰厚，就不用再靠别人拨钱来过日子了。
这一场改革开放，段飞执掌的锦衣卫竟然都没得到什么看得到的好处，大家心中都有些迷惑不解，不过现在锦衣卫日进斗金，大家手里都得了实惠，见自己的大头领每天忙着赚钱，以为他志仅在此，也都没了话说。
事实上段飞在忙着会见商人，部署渠道，扩大研究所规模，增加产品研发力度之外，他也在紧锣密鼓地对锦衣卫进行深化改革，他要把锦衣卫建设成为一个效率更高、如臂使指的更现代化的机构。
锦衣卫的组织结构被重新规划，重新划分为七大部门，战斗部、安全部、研究部、内情部、外情部、纪律部、礼仪部、后勤部、秘部。
其中战斗部由华明为首，焦旭焦阳为辅，负责锦衣卫主要作战力量的训练和作战，安全部分内外两个，其中竺羽负责外安全部，罗超辉负责内安全部，安全部的任务多是机密，譬如狙击、暗杀什么的，不是很机密的就交给内安全部，必须非常机密的，就交给外安全部。
研究部暂时还是由火者亚三负责，他再获重用，现在对段飞感激得五体投地，研究部的人现在已经有一定自由，不过为了安全着想，他们出外都必须有内安全部的人跟着，以防万一，研究部已经大肆扩张，下面分设军械所、物理所、化学所、数学所、医学所、五个主要研究所。
内情部有王佐负责，外情部交给江悦，专门负责收集国内外的情报，纪律部由王平负责，专职督查锦衣卫内部的贪污、渎职等问题，谢志钧和史羽峰负责后勤部，负责采买、供应各部所需，必要的时候还要负责支援，是一个极为繁琐也很重要的部门。
至于秘部，它的负责人竟然是刚提拔上来的锦衣百户罗志成，秘部的功用段飞也没有介绍，看它的构成和人员，包括保护段飞的锦衣小队以及十二金刚，似乎是专门负责保护段飞的部门，不过稍微有点头脑的人都知道这不过是个幌子，秘部真正的力量连罗志成都不知道，因为它的总部在南京某处，由贺盛和岳玉麒、岳玉麟秘密控制着。