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正德皇帝南巡回京之后比从前稍稍勤政一些，至少每天早朝不迟到不旷工了，他虽然听从杨廷和的建议驳回了王守仁的多数请求，却对段飞网开一面，把他调去了南京，任都察院右佥事。
段飞的升迁在南昌的官员们看来似乎是顺理成章，然而实际上这个任命却是经历了一场激烈的朝堂风暴才得以通过的，风暴的结果是内阁大学士梁储、毛纪因与宁王一案有涉而致仕，致仕大学士杨一清奉召重回朝堂，为武英殿大学士，兼兵部尚书，致仕户部尚书费宏任文渊阁大学士，兼户部尚书，其余因此而遭贬、致仕的大小官员无数。
梁储、毛纪都是杨廷和的人，而杨一清更是杨廷和的死敌，这一来正德制约杨廷和的目的就很明显了，费宏也是个老油条，政治嗅觉灵敏，善于见风使舵，比杨一清还要勇猛善战，入阁当日就上书揭发杨廷和与宁王过从甚密，收受宁王贿赂无数，请旨查撤。
杨廷和虽然感觉到大势已去，然而他好不容易才当上首辅，心中的抱负还未施展，岂肯就这么灰溜溜地离开朝堂？他奋力反击为自己分辩，百官也分成两派互相攻讦，再也没有闲工夫去管一个区区四品官的任命，见杨廷和不再反对，正德有些遗憾，早知道就毫不退让，硬是把段飞插入刑部做个郎中了，不知道那小子上朝拜见到自己时会是一副什么表情
任都察院右佥事可是个正四品的官，虽然南京都察院不比北京都察院权重，但也很锻炼人，都察院什么都管啊，规谏皇帝，左右言路，弹劾、纠察百司、百官，巡视、按察地方吏治等。大凡从中央到地方的各级衙门，从皇帝到百官，从国家大事到社会生活，都在都察院的监察和言事范围。
明朝历代因为规谏皇帝而被罢官、打死的御史层出不穷，虽然皇帝未必听他们的，但是至少开拓了言路，在历史上也是一大进步。
对段飞而言这更是一个大进步，他才任五品按察司佥事不到两个月，就又得升迁至正四品右佥都御使，可见他圣眷正浓，应天的都察院又是管着江西这批官员们的直属监察机关，因此消息传开之后上门拜访的各级官员几乎踏平了段飞新房的门槛儿。
直接送真金白银或是珠宝首饰的段飞一概拒收，很多官员碰了一鼻子灰，后来才通过旁敲侧击得知段大人家底殷实，岂会看上他们送去的哪点儿小钱？段大人喜欢的是各种各样的稀奇古怪玩意儿，于是大伙儿便绞尽脑汁置办那些稀罕物来送礼，可惜段大人火眼金睛蒙骗不得，那些太贵重的还是不收，倒是对西洋来的奇技淫巧物事颇感兴趣，可惜他们已经没有时间去沿海搜罗了。
段飞启程的时候不仅提刑按察使司上下都来送别，南昌城的文武百官也来了大半，还有数不清的老百姓，他们撑着万民伞，赶来送他们的清官段大人，秀才陆若楠更是买了一双新靴送来，换了段飞的旧靴，说是要作为传家宝物供奉起来。
段飞来到应天之后又是一番忙碌，拜见都察院上官，接受都察院下属的监察御史们的参见，还有他上一次在应天府就认识的那批官员也闻风赶来为他祝贺洗尘，不过应天知府、同知、通判却都不见，唯独推官宁竹奇来了。
段飞向他问好，再问及知府马文涛等时，宁竹奇苦笑着低声说道：大人不要再问了，他们已经不在应天了，世事难料啊
看到他的神情段飞猛然明白过来，王守仁在京中给他送来了一封密信，说起过相关的事，有小道消息说正德得到了一本与宁王勾结官员的名册，老谋深算地缓步开始大清洗，首先利用钱宁整垮了江彬，再借文官之手收拾了钱宁，接下来提调原来被罢拙的官员，分化文官一系的阵营，逐渐撤换原来那批人，手段十分老辣。
这段时间朝廷上下走马灯似的换人，上行下仿，刚上台的那些官员也乐此不疲，找个小茬就把下面的人踢开，换上自己人，应天乃宁王造反必得之地，马大人他们想必收了宁王不少好处，只怕不仅仅是丢官那么简单，所以宁竹奇才会如此忌讳。
都察院里也换了一批人，自从朱元璋大张旗鼓搞科举扩招之后大明朝就从来没缺过候补的官员，段飞的到来也就没那么刺眼了，不过他是皇帝亲自过问调来都察院的，身后又有那么多传奇故事，大家对他都有些敬畏，在都察院里，除了正二品的左右都御使之外，连左右副都御使都不敢在他面前倚老卖老摆资格。
段飞重回故地，再次启用了他的那所豪宅，这一次没人敢再说半句屁话，花了两天熟悉公务，段飞又努力地投入了工作中。