皇太极还重新编制了各牛录，最近从北方搜括来的东海女真、索伦、锡伯、卦尔察丁口全部编入满洲佐领。丁口不足的，靠抬旗来补足。有朝鲜包衣在作战中救护主子，直接被抬成满洲人。
最终，新的十旗共有三百个满洲佐领、一百个蒙古佐领、一百个汉军佐领，各旗除原有满洲都统之外，再增设一个蒙古都统，一个汉军都统，八旗蒙古和八旗汉军的设置虽然在纳敏夫的搅和之下有些波折，但最终还是设立了。
皇太极自领的正黄旗有七十一个佐领，镶黄旗有七十二个佐领，豪格的正黑旗有四十个佐领，硕塞的镶黑旗有三十一个佐领。皇太极父子直接控制的兵力，占到了全军总数的四成还多。
多铎的正白旗有六十一个佐领，阿济格的镶白旗有三十一个佐领，虽然仍是实力派，但在全军中所占比例已经不到两成。
代善的正红旗有五十五个佐领，硕讬和杜度的镶红旗有三十九个佐领，阿巴泰和岳讬的正蓝旗有四十二个佐领，济尔哈朗的镶蓝旗有五十八个佐领。其中，阿巴泰、济尔哈朗、岳讬、硕讬四人都比较倾向于皇太极。硕讬原本和多尔衮走得比较近，现在多尔衮死了，皇太极也可以放心大胆地用他了。这样算下来，皇太极已经对清军中近七成的兵力有了比较强的掌控力。
豪格问道：“父亲常说，伐明如伐大树，当先翦其枝叶，从两边砍斫，其树自仆，为何此番如此焦急，连索伦、朝鲜之事都搁下了？”
皇太极说：“索伦博穆博果尔，亦一英雄，然索伦乃穷困之小族，地广人稀，济得甚事，早晚为大清之马前卒。至于朝鲜，总不至为几个奴仆所灭。国家之事，以农、工为本。农兴则粮足，工兴则兵戈利。若是以往，伐明当缓。南朝农事废弛，工匠流亡，我国日强一分，敌日弱一分，此消彼长，自可胜之。可今日之情势，又不同了。”
范文程说：“圣上所言极是。盖以为明劲敌者我国也，抑则流寇也。正如秦失其鹿，楚、汉逐之。虽与明争天下，实与流寇角也。今李自成、张献忠、罗汝才三贼各自割据，设立官府。李闯若为只知烧杀抢掠之寻常盗贼，则守土不流乃自取灭亡，洪承畴一战可擒之。既迁延至今，定是因李闯张官设吏，开科屯田，以致防御坚固。趁其贼性未除，根基不稳，人心不附，以我大清军势之强，尚可一战破之，若待其养成势力，恐为长久之祸。”
范文程的说法还是比较客气的，皇太极则可以说得直白些：“若是让李闯在南方经营数年，甚至兼并献、曹二贼，据南方半壁，北收秦晋之兵，抚中原流民，其势将更盛于洪武元年之明朝。残明可当其一击乎？我国以辽东一隅之地，可与其持久抗衡乎？我国所恃者，兵强马壮，南朝所恃者，地大人多。我国小而穷，却能以举国之财力养旗人，故兵强马壮；南朝地大人多，却以钱粮供贵胄豪门挥霍，故其军羸弱。李闯拷掠富户，已得巨资，若再能均平赋税，首重军事，其兵粮饷既足，纵一时不强，久后必强。若李闯无能为此，自不足为虑，然我国之气运，怎能寄希望于李闯的无能呢？”
岳讬、豪格一齐点了点头。皇太极说：“虽然这般背弃盟约，以强力取之，定有骂名，但只要我兵长胜不败，降我者必多。自锦州至偏关，两千里边塞之明军，皆为我之前驱。凭此天下无敌之军势，一鼓荡平中原。李、张、罗三人纵有窦建德、张士诚，甚至汉高明祖之资，割据时日如此之短，也不及筑墙积粮，终非我大清二十年经营之敌手。凭此一举，可立我大清数百年不拔之基业。若迁延时日，待流寇养成羽翼，与官绅一同以华满之辨抗我，恐欲归兴京为土司亦不可得。”
皇太极说的这些话，每一句都切中要害，清朝不能再等了。在这个时代，个人武力的作用越来越小，一个政权只要没像明朝这样腐朽到家，只要有钱有粮，就会有强大的军队。倘若中原被一个新兴王朝统一，清军以区区一个辽东所产的钱粮，无论如何也不能和这样的庞然大物拼消耗。那样的话，结果必然是走向灭亡。
因此，清朝唯一的办法就是趁着明朝已经坚持不住，新政权又尚未稳固这个旧力已尽、新力未生的时机，一举将二者同时击垮。只此一途，别无他法。
皇太极算准了一切，却唯独没算到一点。他的计划中，流寇是正常的流寇，就算再厉害，个人能力的上限也绝不会超过刘邦和朱元璋。然而现在，有了王瑾这个不正常的流寇。他当然没有刘邦和朱元璋的能力，但他却有参考答案。闯军省略了大部分的试错步骤，直接朝着迎战清军的终极目标狂飙猛进。皇太极以为的时机正好，其实已经晚了。
但即便如此，皇太极给中华文明带来的，也是一场前无古人，在这个时空甚至可能后无来者的大危机。