大部分人都陆续做出了抉择，如果有一个中间选项，比如说入山隐居、出家当和尚之类的，方以智是一定会选的，可惜并没有。最终，他和冒襄、侯方域、陈贞慧等几个朋友还是选择了站到东边。被俘武将中，除了侯承祖等少数几人，吴志葵、诸葛晋明、王东日等人也选择站到东边。大部分人都在东首，西首只有四百多人。
让很多人尴尬的是，韩赞周站到了西首。但其实这也合理，读书人是天下的读书人，太监是皇帝的太监。不管朱明王朝多烂，韩赞周这种受雇于朱氏家族，受皇帝私恩的人按他们的职业道德都不应该背叛。但实际上，能像韩赞周这样甘愿给朱氏陪葬的太监也是凤毛麟角。
吏部侍郎余瑞紫率领一众僚属给投降之人登记造册，而冯双礼则将不降之人带出大殿，皇宫门前有车等着他们，拉着他们一路西去。
陈子龙和夏允彝共乘一车，只听车外有西军军官说：“什么时候想回去就说，到江边之前都来得及。”
陈子龙说：“看起来，献贼是真的打算把我们沉入江中了。”夏允彝叹道：“可叹钱牧斋一世英名，竟晚节不保。”
两人也没什么话可说了，心里都惦记着躲到乡下的家人，一路沉默无语。
走到半路，与陈子龙、李雯并称“云间三子”的宋征舆反悔了，提出要归降，冯双礼当即让与他下车，在一名小校的带领下步行回皇宫。很快，越来越多的人反悔了，开始有马车掉头返回。
直到他们出定淮门，来到秦淮河汇入长江的三叉河口，这里的学名叫龙江关，俗称下关。冯双礼又问了一遍，让不降的人都下车，又有几十人望见涛涛长江，没胆量下来，于是这些人又被拉回皇宫去了。最终站在长江边的，一共是二百九十四人。
离这里不远，就是龙江造船厂，郑和下西洋的宝船就是在这里制造的。全盛期时这里有四百多户工匠，到嘉靖年间只剩下二百多户，现在更是只有一百来户了。工匠们能逃就尽量逃，和官府相比，他们更愿意给郑芝龙这样的海主造船，绿林好汉起码还明白一分钱一分货的道理。不过即便如此，龙江造船厂依然有制造四百料战船的能力，应付长江上的水战是足够了。
冯双礼点计了人数：“偌大的江南五府，就剩这些硬骨头了。”侯承祖高声道：“要杀就杀，哪那么多废话！”冯双礼笑道：“谁说要杀你们了”
瞿式耜怒道：“尔等欲戏弄吾辈乎？”冯双礼说：“从头到尾都是你们自己瞎猜的，我们只是劝你们投降，说过别的话吗？”
众人哭笑不得，但能活命了终归是好事。有的人原本是因为张献忠以死相挟才坚持不降，冯双礼这么一说，又有十八人降了。冯双礼对剩下的二百七十六人说：“今日放你们到江北去，若是再回来，那就是做细作的，可就真要杀了。”令旗一举，便有船只过来，送这些人过江。
这些被释之人中，瞿式耜是比较懂得实务的，他思考了一路，又听了冯双礼的话，总算明白了张献忠的谋划。江南士绅本就派系林立，奉天殿上一番争骂，大家都闹了个灰头土脸，投降西营之后也很难再统一意见。尤其是有一些人在奉天殿上还宁死不屈，斥责钱谦益等人，结果走到半路却怕了，又决定投降，将来他们互相之间可有嘴仗打了。
而他们这些被放走的人，经过这一死一生的吓唬，绝大部分锐气已丧，不可能再潜回江南发动乡勇接应官军。这么多士绅跑到江北，左良玉和黄得功要是接纳他们，肯定会拖后腿，要是不接纳他们，又怕担罪名。假如朝廷追究他们被俘的事情，甚至杀了他们，将来再有读书人被流寇俘虏，恐怕就不敢再回到明朝这边了。张献忠把他们放走，不仅有利无弊，还得了好名声。
释放侯承祖更是不怀好意，王之仁的兵马中有不少金山卫的士兵，侯承祖在那些人中威望很高。而王之仁的堂兄是东厂的大太监王之心，王之心性情贪婪，名声很臭，连带着王之仁在江南士林中的形象也非常差。在这个时候，侯承祖和一大群读书人回到军中，明摆着是要给王之仁的水师制造混乱。