最新网址： 对59例egfr突变的晚期nsclc患者的肿瘤活检标本进行了检测，这些患者以前在1g2gtki上经历过pd。在38例63患者中检测到egfrt790。1g2gtki的中位ttp为103个月范围为13-758个月，t790?组和t790+组分别为74月和136个月hr，16495ci，095-283p007补充图s5。在t790+和t790?组之间，之前接受治疗的情况没有差异，包括作为最后线治疗的egfrtki658vs619，p076、以前使用过化疗76vs66，p075，检验，或化疗暴露的持续时间平均215天vs175天，p075。与以前的报告一致，显微镜下的组织学转化是罕见的，一例鳞状转化a450和另一例混合腺癌小细胞组织学a092在基线和耐药后都观察到了。
t790+和t790?疾病状态的基因组图谱
我们首先评估了我们队列中的体细胞基因组改变（除egfrt790外）与38例晚期egfr突变非小细胞肺癌患者的治疗初期队列（es数据）的患病率差异。tp53snv改变在tki耐药人群（63）中比治疗初期人群（45）更为普遍。此外，我们检测到与治疗初期肿瘤相比，治疗耐药肿瘤中tert和编码于14q22的三个基因（ptgdr、sav1和s2）的基因组扩增率总体较低。接下来，通过比较t790+和t790?，我们试图确定先前报道的并确定潜在的新的治疗可处理耐药机制?抗tki的样品。5例（8）患者出现et改变，主要发生在t790?患者队列。在一名患者（a056）中，检测到导致et外显子14跳跃（etex14）的剪接位点缺失，外显子14处的转录缺失通过rnaseq数据验证。该患者还表现出染色体臂7p缺失（egfr突变缺失）和12q扩增（包含d2和cdk4，通常用etex14扩增）。同样，我们没有在另一名t790?患者中检测到原发性外显子19缺失l858r突变（a058），表明失去激活egfr突变是获得性耐药真正罕见的机制。pik3ca突变（n10，17）和her2扩增（n4，7）是常见的，但基于t790状态没有差异（分别为p069和p054），尽管耐药肿瘤中pik3ca改变的频率（17）总体上高于晚期治疗未经egfr突变肿瘤的患者（5，p009）。在pik3ca突变中，值得注意的是，大多数是克隆的（n57），并且由clvar注释为可能致病的（n67）综上所述，这表明pi3k信号在介导tki抵抗中的作用独立于t790状态。鉴于keap1和nfe2l2共突变在产生治疗抵抗中的潜在作用。然而，我们没有在队列中检测到任何nfe2l2突变，我们只在t790+肿瘤（a449）中检测到一个keap1突变。
tp53改变是在大约一半的egfr突变的肿瘤中发现的早期克隆事件。与t790+患者相比，t790?患者tp53基因突变显著丰富86vs50，p001，其中大部分n3637，97为早期克隆事件n3637，97，与t790+患者相比差异有显著性p001。此外，d2和yeats4扩增在t790+患者中更为常见，且与tp53突变互斥p0004。这两个基因位于同一染色体位置，负调控tp53。正如我们和其他人以前报道的，已知的癌症驱动基因突变的数量越多，多变量分析的ttp越短hr，141；95ci，109-181；p0008；补充图s8a。特别是，并发的rb1tp53改变n5与t790状态无关的ttp密切相关，与最近的一份报告一致。
拷贝数分析发现，gd是常见的，与治疗初期egfr突变肿瘤中观察到的比率vs89相当。然而，在7名12没有gd的患者中，所有人都是t790+嵌入图像测试，p004，并且有egfr外显子19的缺失，这表明gd的缺失预示着t790+耐药疾病的出现。在t790+和t790?肿瘤之间，基因组不稳定指数gii；中位数分别为52和55没有差异，也没
有发现tp53共突变与gii增加相关。t790?患者的肿瘤突变负荷高于t790+患者tb中位数为236vs166个突变b，p002，图1c；补充图1c、s9a，可能是由于t790?队列中的吸烟者数量较多
接下来，我们检查了t790?患者3q23包含pik3cb、ras和foxl2等基因和t790+患者14q21包含foxa1和nkx2-1与t790状态揭示扩增相关的反复焦点扩增和缺失事件补充图s10。值得注意的是，3qar扩增在t790?组57高于t790+组13，并且是唯一有统计学意义的ar水平事件图1e，ebeddedia-testp≤0001。我们证实了染色体3q基因包括x2在3q臂增加的患者中有较高的表达补充图s11c。为了了解tki治疗后这些染色体水平改变可能获得的程度，我们再次与治疗前的队列进行了比较。在治疗-初始队列中，38例中有7例18出现了3q增加补充图s3肿瘤。这一结果明显低于t790?p0003，但与t790+患者相似p053，提示3q扩增可能是t790?肿瘤特异获得的。有趣的是，染色体3q含有鳞状细胞系转录因子tp63和x2，是肺鳞状细胞癌的主要特征，但以前与肺腺癌无关。
接下来，我们研究了与egfrtki耐药相关的突变过程。在肺腺癌中发现了公认的突变特征，即衰老、apobec、dna双链断裂修复、吸烟和dna错配修复。与t790?相比，egfrt790耐药肿瘤对衰老信号的相对贡献率更高，这与egfrt790点突变的三核苷酸背景下ag的最高概率核苷酸变化一致补充图3s12和s13。相反，与t790+肿瘤相比，非衰老特征吸烟、载脂蛋白bec和dna修复在t790?中的比例显著高于t790+肿瘤，暗示了驱动t790?抗性的另一种突变过程。总体而言，这表明t790耐药性可能不太可能出现在具有较大比例的活跃的非衰老突变特征例如吸烟apobec特征的肿瘤中。
我们使用es数据估计了每个肿瘤样本的癌细胞比例纯度，并使用转录组去卷积方法tuera估计和比较了t790+和t790?肿瘤中癌症和间质非恶性细胞中的基因表达。值得注意的是，我们推测在t790?肿瘤的癌细胞中，肺腺癌标志基因如naa、nkx2-1、sfta2和sfta3的表达普遍且几乎完全丧失。此外，我们观察到鳞状细胞癌或神经内分泌癌的组织学标志基因在一小部分t790?肿瘤中的表达增加n4，27。这些发现得到了多重免疫荧光的正交验证，证实了与t790+肿瘤相比，t790?癌细胞中naa和nkx2-1ttf-1的表达降低图2d；补充图s14。值得注意的是，对三个未接受治疗的nsclc腺癌队列的分析表明，低腺癌标志物基因naa和nkx2-1的表达非常罕见，仅在egfr野生型肿瘤中观察到图2f。总而言之，这些数据突显了tki耐药后获得性谱系可塑性以前被低估的程度，特别是在t790?肿瘤中，与3q扩增和非衰老突变签名过程共存，潜在地促进了表皮生长因子受体独立的信号机制。谷