指的是染色体表型与性腺表型相反的一类疾病。基因表型主要为2种：46，XY女性，染色体核型46，XY，性腺为卵巢，外生殖器为女性；46，XX男性，染色体核型46，XX，性腺为**，外生殖器为男性。此类患者多数发育不良，如卵巢多为条索状性腺，且有恶变可能。
卵睾DSD
该病是指个体同时有**和卵巢两种性腺组织的DSD。体内所具**和卵巢皆可有内分泌功能，即体内同时有雄激素和雌激素，但常以其中一种激素占优势。外生殖器可表现为女性，也可表现为男性，第二性征的发育往往随占优势的激素而定，因此Gn水平也可以正常。依据性腺的具体类型和位置，可分为：单侧性，一侧为卵睾，另一侧为卵巢或**；双侧型，两侧均为卵睾；分侧型，一侧为卵巢，另一侧为**。
性激素合成缺陷
主要是因为在类固醇激素的合成过程中，缺少细胞色素45017和17α-羟化酶17，20-碳链裂解酶，CY的缺乏会导致17-羟孕烯醇酮、17-羟孕酮、脱氢表雄酮、雄烯二酮合成的缺乏，最终导致睾酮和雌二醇的合成减少。临床表现多为男性假两性畸形，女性性幼稚；同时常伴有高血压、低血钾、肾上腺皮质增生等症状。
低促性腺激素性腺功能减退症
低Gn性腺功能减退症的主要成因是下丘脑病变和垂体病变。造成下丘脑病变的成因主要包括过度运动、神经性厌食、神经胶质瘤、浸润性疾病、GnRH类似物的使用、颅脑照射、外伤、特发性GnRH合成或分泌异常等；而造成垂体病变的原因主要包括：垂体占位性病变、颅咽管瘤、泌乳素瘤、生殖细胞瘤、其他肿瘤或囊肿、占位性病变术后、颅脑照射、垂体卒中、外伤等。但也有部分患者也可因性激素合成过多，使Gn合成被反馈性抑制。
IHH
IHH是一类由于下丘脑GnRH合成、释放或作用缺陷，导致垂体Gn和性腺性激素合成不足，青春期发育延迟或缺失、不育的一类疾病。根据是否合并嗅觉异常，IHH可分为两类：伴有嗅觉缺失或减退的卡尔曼综合征和嗅觉正常的IHH。
IHH的发病机制为：GnRH神经元在胚胎时期从嗅板途经嗅球迁移到下丘脑弓状核，在迁移过程完成分化、增殖、成熟。参与该过程的基因突变可能导致IHH的发生；IHH是一个遗传异质性疾病，可表现为常染色体显性遗传，常染色体隐性遗传及X-连锁隐性遗传，且不同遗传模式对应不同致病基因，目前已知30余个IHH致病基因。
IHH的诊断标准如下：无自发青春期发育；性激素水平低于正常；LHFSH低于正常或处于正常低限；垂体功能正常；年龄大于18岁，伴有嗅觉减退可将年龄放宽至16岁；需与体质性青春期延迟相鉴别。
先天性垂体功能减退症
致病原因包括：围产期损伤、缺氧；围产期感染；垂体发育和转录有关的基因异常，与先天性垂体功能减退症有关的基因主要包括Hesx1、itx1itx2、Lhx3Lhx4、G1i2rol、it1、Six6Sox3、Tit／Txl9、SF-1等，多条内分泌轴同时存在功能缺陷。
正促性腺激素性腺功能减退症
正Gn性腺功能减退症较为复杂，需通过综合分析确定。常见成因包括：HG轴节律异常、CAH、部分性性激素合成缺陷、部分性性激素作用缺陷。
CAH
CAH是较常见的常染色体隐性遗传病，是由于皮质激素合成过程中所需酶的先天缺陷所致皮质醇合成不足，负反馈作用于垂体，导致ACTH增多，进而使得肾上腺皮质增生，皮质醇前体物质及其他类固醇激素合成增多而出现一系列临床表现。CAH的分类主要包括：类脂性肾上腺增生症、17α-羟化酶17，20-碳链裂解酶缺陷症、3β类固醇脱氢酶缺陷症、21α-羟化酶缺陷症、11β-羟化酶缺陷症。
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11β-羟化酶缺陷症是因为CY111缺失造成的雄激素合成过多，导致女性男性化，男性性早熟，同时常伴随高血压、低血钾和肾上腺皮质增生。
5α-还原酶缺陷症是因为类固醇5α-还原酶2缺失造成的双氢睾酮合成不足，导致不同程度的尿道下裂。
COS
COS的诊断标准为：稀发排卵或无排卵；高雄激素的临床表现和或高雄激素血症；一侧或双侧≥12个小卵泡，直径2～9mm，和或卵巢体积大于10ml；排他：排除CAH、库欣病、肿瘤等疾病。其中、、符合任意两项+即为确诊，符合2003年鹿特丹COS诊断标准。