日方在得知舰队海战失利之后，是大为光火。许多日本右翼分子就好像是被踩到了尾巴似的全都跳了起来，叫嚣着要对飞远开战，对中国开战。日本政府更是指责飞远公司率先开火，突然向正常执行巡逻任务的日本海上自卫队发动攻击，是对于日本政府**裸的挑衅和宣战。
而本来由于指挥失利，导致日本舰队惨败而归，即便是活着回来也要被追究责任的上野大辉，也被日本政府称之为英勇无畏的战斗英雄，一跃成为了不少日本民众心目中的英雄。更有不少人要求将上野大辉的灵柩迁入靖国神社，接受全国人民的供奉。\
对于此谬论，飞远公司立刻进行了有力的反驳，并且出示了当时海战时的卫星所拍摄到的录像，有力地证明了当时“陆奥”号护卫舰发生爆炸时，射日舰队距离日本舰队还有将近二十海里，也没有任何潜艇对“陆奥”号发动过攻击。而日本舰队向射日舰队开炮，却是极为清晰地记录了下来。
同时，那些被俘的日本海上自卫队队员也供述，他们确实是接到了上野大辉下达的指令，这才向射日舰队开火的。
不过这一论断日方却是无论如何也不会承认的。事实上，这种事情也永远说不清楚，公理永远掌握在强权手上，就好像美国出兵攻打伊拉克、南斯拉夫，总会有各种冠冕堂皇的理由。是非并不重要，重要的是没有人敢去指责这个世界宪兵的举动。
日方一方面和飞远公司进行紧急磋商，要求飞远公司无条件返还日方的“岛津”号护卫舰及其128名日本海上自卫队队员，另一方面紧急调集重兵前往钓鱼岛群岛海域。\他们的这一做法遭到了飞远公司的严词拒绝和中方的抗议。
中国政府提出严重申明，日方的军事行动，是对中方领土主权的极大挑衅。当即命令召回驻日使节，同时命令东海舰队进入战备状态，全部开进钓鱼岛群岛海域，并且宣称，如果日方一意孤行，中方将不惜以武力捍卫领土和主权的完整。任何进犯中国领土主权的行为，都将遭到严厉地回击。
飞远公司总裁朱建军也向外宣布，介于日方对飞远公司“不友好”的行为，飞远公司从即日起关闭一切在日企业，撤回相关人员，中止和日方的一切业务往来，并宣布飞远所有企业均不对日籍人员开放工作岗位及业务往来，天堂岛也不接待任何日籍人员。\
眼看事态越来越严重，更大的战事一触即发，联合国方面紧急出面进行斡旋，要求双方都保持克制，通过协商来解决争端。
而面对异常强硬的中国政府和飞远公司，日本当局也有些骑虎难下的感觉。一方面，如果真的和中方开战，以一己之力，根本就不是中方的对手。别看日本海军厉害，毕竟只是一个小小的岛国，回旋空间小，战略物质都靠进口。一旦开战，全国都在中方的导弹攻击范围内，完全陷入被动挨打的局面。即便中方迫于美国的压力，不会攻击日本本土，可到时候先用导弹摧毁日本舰队，再派出舰队对日进行封锁，日本也坚持不了多久。另一方面，一旦和飞远公司交恶，虽然可以借机没收飞远公司在日的企业及其财产充实国库，彻底摆脱飞远公司对于日本经济的控制。不过由此而带来的负面影响，也是显而易见的。
飞远公司的各个企业之所以能够成功，在于全球架设了极为完美的原材料供应和产销通道。\现在一旦被割裂开来，效果自然是大打折扣。好些企业不仅不能够为国家赚回外汇，反倒是成为了政府一个沉重的包袱。同时，许多患上重病的日本权贵，还指望着能够去天堂岛治病呢！现在可好，这条路基本上给堵死了，给再多钱也没用。
在这种背景下，首相小泉再度紧急赴美，向自己的主子求援。不过在飞远公司的重压和国内各大财团的一致反对下，美国政府的立场和态度也发生了微妙的变化。示意美方不干涉钓鱼岛群岛的主权问题，也再度重申了对于日本领土会履行防卫的义务，不过钓鱼岛目前还存在争端，暂时算不得日本领土，因此，美国不会对钓鱼岛群岛履行防卫义务。
美国的背信弃义令得小泉是郁闷不已。当初如果不是美方表了态，他们又如何有胆子敢去同时招惹飞远公司和中国？现在在国际上，飞远公司动用了大笔资金狙击日元，令得日元不断贬值，给日本造成了极大的经济损失。不少国家也对日方向飞远公司开战表示了不满。同时，国内各个行业也因为飞远的缘故，遭受到了极大的冲击和动荡，股价暴跌，人心惶惶。政府的支持率是不断下跌。而与此同时，在野党却联合一起，一同抨击政府的政策。其中尤其是那个叛徒安倍晋三组建的日本民主党，得到了雄厚的资金支持，最为活跃，不断在全国各地进行演说，指责正是由于政府军国主义泛滥，这才会导致现今的局面。
迫于无奈，小泉在回到日本后，态度也发生了改变。先是主动撤回了日本舰队，然后又积极和飞远公司和中方进行磋商。最终在以美国为首的联合国的调解下，三方达成共识。飞远公司返还“岛津”号护卫舰及其128名日本海上自卫队队员，同时，日方赔偿飞远公司一百亿日元。此事则告一段落。
然而协议中，大家似乎约好了似的，都没有提及钓鱼岛问题。不过射日舰队依然在钓鱼岛群岛海域巡弋，而飞远公司在钓鱼岛海域的开发工作，也照常热火朝天地进行。日方对此并没有任何言论。所有明眼人都知道，这已经是在事实上默认了中方对于钓鱼岛的主权，不过碍于面子和政府形象，并没有就此签署文字上的东西。
几个月之后的大选中，***还是由于此事以微弱的票数惜败于安倍晋三的日本民主党。而安倍晋三也由此登上了日本政治舞台，开始了他精彩纷呈的一生。
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