这时候从福建来了一个道士叫曾辰孙，给朱棣看了病，开了药，朱棣吃完不几天病就好了，道士就跟皇帝说，这个药不是白来的，是我求了“二徐真君”，神仙显灵，你的病才好的。朱棣听了之后，专门修了灵济宫来供奉“二徐真君”。
这个世界到底怎么了，医生不灵神仙灵，朱瞻基也终于可以松一口气。
永乐十三年，正旦朝会之后，正月初八瓦剌三部派遣使者谢罪，上贡了一千匹好马，并且护送之前扣押的使者回京，请求归附。
元宵节的前一天晚上，灯会发生起火，造成了严重的踩踏事件，连都指挥同知马旺都成了冤死鬼。朱棣自我检讨，让各衙门停止送供奉物品。
二月二十六日，立马神庙。这个庙可能不是太受老百姓欢迎，说立了这个庙之后，马老爱糟蹋田地里的农作物。
四月初十，朱棣要给朱瞻基选幼军作护卫，拟选三万人，设立府军前卫亲军指挥使司，置指挥使五员，指挥同知十员，指挥佥事十二员，卫镇抚十员，经历司经历五员，千户所正千户二十五员，副千户五十员，所镇抚五十员，百户二百五十员。
朱瞻基一看，这不是假借我的名义办事吗？
四月十七日，金忠病故，同年谢晋也死了。
两个人地位差不多，但是结局却不同。
就在去年，大军凯旋的时候，朱高煦密报说太子“引驾迟缓，奏书不当”，盼着陛下早死，朱棣大怒，要把东宫官属下狱问罪，金忠跑到朱棣面前求情，说太子忠厚质朴，从来没有做过失礼的事情，这个绝对是诬陷。
金忠一生清贫为公，官至兵部尚书，五十多岁了还无儿无女，家里就一个下人，老夫人都要自己操持家务，生活很简陋，有余钱都拿来赈灾济贫。
金忠想让他的军匠籍的侄子给他延续香火，请朱棣帮忙调籍。朱棣很感慨，命令金忠纳妾。金忠只好遵旨，找了个贤惠的赵氏做偏房。赵氏为他生了个儿子叫金达，六个月后金忠就去世了。
谢晋虽然也是为太子出了死力，但是却得罪了皇帝，死的不明不白，家人也跟着遭罪。
五月，宋礼上奏本说海运风险太大，每年都有船只损坏而沉没。修船又要时间，为了赶工，只能增加科敛，成为百姓的负担，而且船只也不坚固。提议废止海运，改为以水路为主。
浙西、苏州、常州、松江的漕粮入淮安仓，镇江、庐州、凤阳、淮阳的漕粮入徐州仓，徐州、兖州的漕粮入济宁仓。让粮食通过会通河到达淮安，再用陆路转至济宁，然后又通过水路运送到济宁，再转至通州到达北京。浙江、直隶、湖广、江西等除了本地存留及供养南京的饷粮之外，总共有二百五十万石，运送到北京，军民各运一半。
陈瑄上奏开凿清江浦，让物质直接过淮安而不用陆地转运，朱棣允准。五月，陈瑄发动民夫开动，引导湖水入淮河，同时修筑移风、清江、福兴、新庄四闸，又沿湖十里筑堤，方便牵引路过的船只。从此之后，船只就可以直达清江口，节省了人力物力。
七月朱棣一行从北京出发，八月到达南京。