在洪武朝的时候，大臣们上朝的时候都是战战兢兢，家里都备了一口棺材，下班回到家里对家里人说的第一句话就是“又多活了一天”。到了朱棣登基，杀得江水都变红了，那就更不敢上朝了，原来朝廷近五百官员不来上朝，也不做官，只有包括谢晋在内的24人投靠了朝廷。
朱棣召见了不少前朝廷官员，只要是穿着孝服，态度不恭的都得不到好下场，只有一个原左俭都御史景清的人同意入朝为官，还是认命他为御史大夫，这个人朱棣其实很欣赏他的才华，曾经在建文元年被任命为北平参议，也是《大明风华》里面的孙若薇的父亲，实际上没有孙若薇这个人。
一天景清上朝的时候，朱棣发现他步覆异常，产生了怀疑，有了防备，正当景清准备动手的时候，朱棣命令左右把他按住，果然发现里面绯色的衣服藏了一把匕首。朱棣说：“你要干什么？”景清一脸正气地说道：“乱臣贼子，人人得以诛之！”朱棣勃然大怒，让人打掉他的全部牙齿，割掉他的舌头，剥皮，肢解，开胸，把稻草装到他的肚子里面，然后吊在长安门下面。只可怜他的族人，朋友，学生等等，只要跟景清沾点关系的全部诛杀，这就是历史上有名的瓜蔓抄。
永乐元年，经过长途奔波，朱棣一家子老小终于抵达了南京，朱棣很高兴，晋升王妃为皇后，可是徐皇后一点儿也不高兴，因为他杀的人太多了，像齐泰就很有名，是个能吏，熟知边事，记忆力超强。还有当年虚岁仅28岁就连中三元的黄观投河自尽，也被株连九族。方孝孺那就更不用说了，不仅是儒学大家，也是很有谋略的人。
可惜的是朱允炆太没有斗争经验，太软弱无能了。人们习惯性地去同情弱者。朱棣的岳父徐达跟他的关系很好，徐达常年总管北方军事，朱棣被封为燕王之后，实际上都是朱棣在指挥军队同蒙古作战的。现在朱棣还要把大舅哥徐辉祖关了起来，徐皇后能高兴才怪了呢！
徐皇后对朱棣说：“常年征战，兵民已经疲惫不堪，应当修生养息。”说这个话的意思已经很明显了，就说你朱棣滥杀无辜了！接着又说了两句：“当今贤才都是先皇帝留下来的，不可以用新的臣子来代替旧臣子。尧帝施行仁政都是从自己的亲人开始的！”
朱棣假装答应了，在早朝的时候，把之前大臣上书怎么对付朱棣的奏折全部烧掉了，并且说自此之后一切既往不咎，前朝官员全部官复原职。
有位大臣大言不惭地说：“我没有写奏折啊！”朱棣很生气的说：“你在其位不谋其职，碌碌无为那要你何用？”朱棣封徐增寿为定国公，命其子徐景昌继承爵位。虽然如此，但是徐皇后还是不高兴：“这不是我想要的啊！”后来徐辉祖被放回私宅，跟徐皇后同一年去世，也就是永乐五年去世，享年40岁。
朱棣利用陈瑛打压不听他话的官员，又重开锦衣卫，迁都北京后，又设立东厂，命令司礼监提督东厂。因谢晋参与夺嫡之争，恼怒了朱棣，被朱棣下放为广西布政使参议，后又改为交趾布政使参议，又因朱高煦谗言被下监狱。