蔡元培对五四运动的认识，应该也有个深化的过程。
比如，后来他在比较五四运动前后学生的变化，就曾有过以下的高度评价：
“五四运动以来，全国学生界空气为之一变。许多新现象、新觉悟，都于五四以后发生，其中最重要者，约有四端。”
一是“自己尊重自己。从前的社会看不起学生，自有此运动，社会便重视学生了。学生亦顿然了解自己的责任，知道自己在人类社会占何种位置，因而觉得自身应该尊重，于现在及将来应如何打算”。
二是“化孤独为共同”。五四运动后，学生“自己与社会发生了交涉，同学彼此间也常须互助，知道单是自己好，单是自己有学问有思想不行……于是同志之连络，平民之讲演，社会各方面之诱掖指导，均为最切要的事，化孤独的生活为共同的生活”。
三是“对自己学问能力的切实了解。五四以后，自己经过了种种困难，于组织上、协同上、应付上，以自己的学问和能力向新旧社会做了一番试验，顿然觉悟到自己学问不够，能力有限。于是一改从前滞钝昏沉的习惯，变为随时留心、遇事注意的习惯了”。
四是“有计划的运动。从前的学生，大半是没有主义的，也没有什么运动。五四以后，又经过各种失败，乃知集合多数人做事，是很不容易的，如何才可以不至失败，如何才可以得到各方面的同情，如何组织，如何计划，均非事先筹度不行”。
蔡元培也特别强调五四运动对学生追求学业、完善人格的促进作用：“前年‘山东问题’发生，学生关心国家，代表社会，又活动起来。国人对于学生举动很注重，对学生议论也很信仰，所以有好机会，为社会作事。不过五四以后，学生屡屡吃亏。中间经过痛苦太多。功课耽误，精神挫伤，几乎完全失败。因为学生发生两种觉悟出来：第一，受此番经验，自知学问究竟不足，于是运动出首的学生，或到外国求学，未出国的，也都格外专心用功了。第二，经此番风潮，社会对于学生，都加一番重视。学生自身，也知人格可贵，就大家不肯作贬损人格的事情。”
1922年为纪念“五四”，再辟“第四个五四”专栏，蔡元培应约发表，他结合时事，强调“五四运动最重要的纪念”是“广集赎回胶济路的股款。自动的用功。扩充平民教育”。他表示，学生在五四运动中得到锻炼，同时在运动后产生新的觉悟，“我常常对人说，五四运动以后，学生有两种觉悟是最可宝贵的：一是自己觉得学问不足，所以自动的用功；二是觉得教育不普及的苦痛，所以尽力于平民教育。这两种觉悟，三年来，很见得与前不同，不能不算是五四运动的纪念”。
5月7日上午，被捕学生全部获释，北京各高校恢复上课，这场运动在北京似乎到此就可以告一段落了。
如果7日上午果真就这样画上一个小小的句号，那么，这场运动的具体进程或许就会改变，意义也可能会打折扣。因为仅就4日的行动而言，它充其量也就是一场“学生的运动”，而且是一场没有达到目的的学生运动。
4日学生行动的目的有二，一是“外争主权”，二是“内惩国贼”，7日被捕学生虽然获释，但运动的这两个目的并没有达到。
尽管北京学联从7日开始就在酝酿新的行动，京外各地的声讨浪潮也并未平息，但北大作为运动的发源地，北京作为全国运动的中心且又是北洋政府的所在地，有牵一发而动全身的作用，倘若北京的运动暂时停歇下来，对整个运动势必会产生一定的影响。
“恰恰就是在这个关节点上，蔡元培一个非常个人化的举动——5月9日辞职并悄然离京出走，瞬间成为一个新的导.火.索，重新点燃了北大学生的激情。”
于是，北京的这场运动非但没有在7日告一段落，反而从9日开始有了一个新的开端，而且迅速扩及全国，不断掀起高潮，直至获得胜利。这个局面对于蔡元培本人来说，或许是他始料不及的，但历史就这样注定了他在这场伟大运动中无可替代的作用。
蔡元培的辞职是向大总统和教育部提出的，原因如其辞呈所言：“近日本校全体学生又以爱国热诚，激而为骚扰之举动”，他作为校长“约束无方”，故“竭诚呈请辞职”。北大毕竟是北洋政府辖下的学校，蔡元培很清楚自己作为一校之长对4日行动负有的责任，因而是脱不了干系的。
辞呈所言只是一个堂而皇之的理由，而实际情况却要复杂得多。当时，各方反蔡势力都蠢蠢欲动，不仅威胁到他本人，甚至威胁到北大及其学生。具体来看，一是当局将运动“加罪于北大之一校，北大一校之罪加于蔡校长一身”，因此“撤职查办北大校长”在当局几乎是一边倒的主张，而“解散北大”的动议也甚嚣尘上。二是安福系更是磨刀霍霍，当局也明令要“将已释学生送法庭惩办”。三是因北大改革而失意的少数人也欲“乘隙而入”，里应外合，“动摇北大现状”。