黎就职当天颁下三令：
第一令云：“元洪于本月七日就大总统任，自维德薄，良用兢兢。惟有遵守法律，巩固共和，造成法治之国。官吏士庶，尚其共体兹意，协力同心，匡所不逮，有厚望焉！”
第二令云：“现在时局颠危，本大总统骤膺重任，凡百政务，端资佐理，所有京外文武官吏，应仍旧供职，共济时艰，勿得稍存诿卸。此令！”
第三令云：“民国肇兴，由于辛亥之役，前大总统赞成共和，奠定大局，苦心擘划，昕夕勤劳，天不假年，遘疾长逝。追怀首绩，薄海同悲。本大总统患难周旋，尤深痛怆。所有丧葬典礼，应由国务院转饬办理人员参酌中外典章，详加拟议，务极优隆，用副国家崇德报功之至意！”
黎元洪虽然做了总统，可是他自己没有实力。当时的中国，最有实力当属北洋系，其次要属国民党，而黎既非北洋系，又不属国民党。
在北洋诸帅看来，黎不值得他们的拥戴；在国民党人看来，黎在二次革命后投靠袁以自保，不是真正革命党人。
可是黎元洪也有他的独特优势，因为他不属于任何一方，又是现任副总统，反而能被各方所接受。
但是，未必有人真的拿他这个总统当回事，所以黎元洪的处境是尴尬又艰难。
黎元洪就职后，国人便对的执行引起争议。有两个，执行哪一个？是新呢？还是旧？旧是民国元年的，新是民国三年的。
西南军务院抚军长唐继尧于六月十日通电提出：
请黎大总统即日宣言恢复民国元年公布之；
请召集民国二年解散之国会，依法补选副总统，及要求同意任命国务员，组织正式国务院；
请惩办帝制祸首杨度、孙毓筠、严复、刘师培、李燮和、胡瑛、朱启钤、段芝贵、周自齐、梁士诒、张镇芳、雷震春、袁乃宽等十三人；
请下令召集军事特别会议，由各省都督或将军各派代表在上海开会，议决一切善后军事问题。
西南军务院副抚军长岑春煊亦宣称这四个条件是护国军方面一致主张，如北京方面同意接受，抚军院当立即撤销。
唐、岑的通电发出后，在上海的唐绍仪、梁启超、伍廷芳等则联名通电呼应。国会议员谷钟秀、孙洪伊等则在上海登报召集议员自行集会，以拥护法统，维持旧为奋斗的目标。
段祺瑞在黎元洪接任总统时提出的根据是新约法，自然不赞成恢复旧。
他没征求黎元洪意见，于六月二十二日以国务院名义通电各省：“黄陂继任，元首得人。半月以来，举国上下所龂龂致辩争者，而已。然就而论，多人主张遵行元年。政.府初无成见。但此项办法，多愿命令宣布，以期迅捷，政.府则期期以为未可。盖命令变更法律，为各派法理所不容，贸然行之，后患不可胜言；是以迟徊审顾，未敢附和也。或谓三年，不得以法律论，虽以命令废之，而无足议，此不可也！三年，履行已久，历经依据，以为行政之准，一语抹杀，则中国一切法令，皆将因而动摇，不惟国际条约关系自重，不容不再三审慎，而内国公债以及法庭判决，将无不可一翻前案，加之何其可也？
“或又谓三年出自约法会议；约法会议出自政.治.会.议，与议人士皆政.府命令所派，与民议不同，故此时以命令复行元年，只为命令变更命令，不得以变更法律论，此又不可也。三年，所以不餍人望者，谓其起法之本，根于命令耳！而何以元年，独不嫌以命令复之乎？且三年之为世诟病，佥以其创法之始，不合法理，邻于纵恣自为耳！然尚经几许咨诹，几许转折，然后始议修改。而今兹所望于政.府者，奈何欲其毅然一令，以复修改以前之法律乎？此事既一误于前，今又何可再误于后？知其不可而尤而效之，诚不知其可也。如谓法律不妨以命令复也，则亦不妨以命令废矣！今日命令复之，明日命令废之，将等法律为何物？且甲氏命令复之，乙氏又何不可命令废之？可施之于约法者，又何不可施之于宪法？如是则元首每有更代，法律随为转移，人民将何所遵循乎？
“或谓国人之于元年，愿见之诚，几不终日，故以命令宣布为速。抑知法律争良否，不争迟速，法而良也，稍迟何害？法不良也，则愈速恐愈无以系天下之心，天下将蜂起而议其后矣！纵令人切望治，退无后言，犹不能不虑后世争乱之源，或且舞法为奸，授我以资为先例，是千秋万世，犹为国史增一汗痕，决非政.府所敢出也。总之，复行元年，政.府初无成见，所审度者，复行之办法耳！诸君子有何良策，尚祈无吝教言，俾资考镜。”
唐绍仪、梁启超、伍廷芳等则致电驳复，词意坚决：“如此次我大总统依法继任，政.府对内对外，迭经声明，所依何法？非根据元年规定程序所衍生之大总统选举法耶？使三年而为法也，一法不容二存，则被该法所废止之，定当非法，云何能依？果尔，则何不于六月九日，开所谓石室金匮以别求元首？夫我总统正位，而国内外共仰为合法者，无他焉，以三年之不成为法也。又如我公今所长之机关为国务院，国务院者，元年上之机关，三年所未尝有也。三年若为法，元年定非法，公所长之院何由成立？今发布院令而中外共许为合法者，无他焉，以三年之不成法也。揆诸法理如彼，征诸事实如此，则三年之非法，确成铁案。”
唐绍仪、梁启超、伍廷芳等的电文，一语中的。如果按袁氏，现在的国务院都是非法的，何论其他。