抢劫了茌平县张官屯徐清华等家，将教堂教师王观杰杀害。
抢劫了王香老庄教民徐养兰家，绑架马家沙窝庄教民刘安义父子勒赎。……
事情越闹越大。但毓贤看抢得大多是是教民，仍然法外施仁，不咎既往，令其解散。
事情传到朝廷，朝廷严令毓贤严加惩处义和拳大首领等匪首。
毓贤不得不命道员吉灿升和副将马金叙率领所部官兵剿匪。
十一月二十一日将义和拳大首领抓捕，而后又把另几个首领捕获。
毓贤对义和拳的这些首领等进行了审问。
发现这几个人的所作所为，和他脑子里形成的思维定势的教案无任何关系，这些人的确是以教案为借口杀人越货、抢掠财物作恶多端的劫匪。想到自己一直在袒护这伙强盗，怕落人口实，也迫于各个方面的压力，匆匆忙忙把义和拳大首领等首恶处死。
各国列强对毓贤不能保护教堂，引发教民的极大不满，强烈要求清**撤换山东巡抚。
清**也认为毓贤“固执己见，以为与教民为难者，即系良民，不免意存偏袒，似此因循日久，必滋生事端”。
一八九九年十二月二十六日，命毓贤进京陛见，
由袁世凯署理山东巡抚。
袁世凯目赌山东乱像，不愿意接毓贤的乱摊子。
进京请训时提出，因山东治安不好，奏请自己仍旧节制武卫右军。得到批准，便带领本部人马去山东上任。
到任后，袁世凯面临的是两大难题：
一个是高密的民众阻止德国人修筑胶济铁路，另一个是遍布山东全境的义和团的活动。
袁世凯早就在骨子里认定，义和团之类的是匪患。这也很正常，他的家族本就是靠镇压农民造.反中兴的。
因此，他在上任途中，路经德州接见吴桥县令，高度评价其请明旨惩办拳匪的举动，并电促直隶总督裕禄上奏。
到任的第二天，他就先下手为强，颁布了《禁止义和拳匪告示》。在告示中晓之以情，动之以理：“统帅重兵彈压镇抚，原不难立加扑灭，究不忍不教而诛”。
除公告前任毓贤已将义和拳大首领等正法外，特出示晓谕军民人等一体知悉：
“务宜互相劝诫，守分安常，……毋误堕于迷途。其已入拳教者，痛改前非，立时解散；其未入拳教者，勿复附从。有能激发天良献首者，定以自新之陆并奖其除霸之功；如其执迷不悟，怙恶罔悛，是乃甘蹈刑章，定当严缉惩治。
“或敢包庇匪首，隐匿不报，一经发现，定将窝主按律科罪，并将里保一并究惩。倘再目无法纪，持众抗官，大军一临，玉石俱碎。本署抚部淳淳苦心，勿谓言之不预也。”
对于袁世凯出任山东巡抚，各国列强是比较满意的。
比如英国驻京公使窦纳乐致函英国外交大臣索尔兹伯理说：“关于山东北部的局势，我认为，最有希望的前景是挑选袁世凯充任山东巡抚。
“这位官员曾担任多年的驻朝鲜大臣的职务，并且最近统率驻天津附近受外国人训练的军队约八千人。
“他已经宣布，必须把全军随他调往该省：同时，他性格果断，而且在必要时立即使用武力，这是他一生中在各种危急形势下进行活动的特点。所以使人们可能期望，在他管辖的省份中，他将顺利地迅速平定叛乱。”
禁止义和拳的告示发出后，袁世凯找来手下的提督程文柄商量剿匪事宜。
程文柄一再摇头，说义和拳很多人有神功附体，刀枪不入，实难对付。
好意的劝说袁世凯，布告发出去做做样子就算了，别给自己找不必要的麻烦。
义和拳真有神功附体吗？袁世凯是个很迷信的人，但他更相信耳听为虚，眼见为实。他回忆起那次和济南知府卢昌诒在剿杀义和拳时，打死拳匪二十多人，没见有谁刀枪不入呀！但程文柄一口咬定他是亲眼所见，说的活灵活现，袁世凯也不能全然不信。
如果这些义和拳的拳民真的是有神功附体而刀枪不入，还真的不好对付，袁世凯很纠结。