为了种植工业化养殖场所需大量饲料，化肥和杀虫剂不可或缺，而它们恰是导致全球土壤肥力普遍下降的因素。大量粪便所含的抗生素和激素同样污染了土壤，而这会影响野生生物和人类的繁殖。粪便在腐烂和分解过程中会释放一系列化学物质，当粪便大量聚集的时候，这些化学物质就会引起严重的疾病。
反刍动物如牛、绵羊和山羊等，它们在消化过程中会释放出臭名昭著的温室气体—甲烷，它是全球变暖的罪魁祸首之一。工业化养殖排放的甲烷占大气中甲烷排放总量的37%；而甲烷导致全球变暖的能力是二氧化碳的20倍。约80%的美国氨排放量来自动物排泄物。大气中的氨会破坏水生态系统，毁坏土壤，损害作物以及危害人类健康。
人类的健康的隐形杀手：
肉类消费的增长，使得中国和世界各地肥胖症、糖尿病和癌症患者的比例显著升高。在中国，每四个成年人当中就有一人体重超重。动物脂肪的摄入和肥胖症、心血管疾病和某些癌症之间有明确的关联。规模化养殖还造成了很多非直接的潜在后果：集约型的封闭养殖环境为诸如非典型性肺炎、禽流感及猪蓝耳病等传染病的爆发提供了最有利的条件。
有些病毒能够通过动物传染到人类，例如甲型H1N1流感病毒和禽流感，这些“人畜共患”病毒极有可能摇身一变，导致人类社会的大瘟疫。此外，为刺激生长和减少疾病而让牲畜过度服用药物的做法，已经使某些亚洲细菌种群中的90%对“一线药物”产生了抗药性。
附：肉食的危害
劝人别再吃肉，绝不是为了什么功德，关键是想把这个事实真相给大家讲明白。而且，劝吃素绝不仅仅是为了爱护动物，而真正是为了爱护人类自己。
有证据证明，人在生气的时候所有分泌物都是有毒的。而动物被杀时，动物是不是比人还要生气，那时候动物的肉里有没有毒?没有哪一个动物看到刀子高高兴兴去受死的。动物在受到宰割，极度痛苦的情绪之下，身体便会释放大量毒素。动物的尸体里面，由于尸体腐败所引起的还有一种尸毒，而且死得越久，尸毒也就愈强！许多昆虫在受到伤害时会释放某种物质或者信号告知自己的同类，以便大家远离这个区域；有些动物在死亡前甚至会有一些自毁器官使自己的肉内有了更多的毒素。这是动物生存繁衍的需要。
人体和动物体非常不同，动物的寄生虫对人体会产生许多不明危害。青蛙体内寄生有大量的裂头蚴，有报道有人因为吃青蛙、蛇等动物脑部长出21CM长虫，在纪录片《为什么不能吃它们》里面可以看到，蛇体内的细长细长的寄生虫在餐馆里根本没有被挑干净就下厨了。而且，肉、皮内到处都是寄生虫的虫卵，而这些卵是非常不容易被杀死的。好多虫卵进入人体后寄生在人生的器官组织内，危害比在动物体内大得多。好多对动物没有危害的寄生虫，对人可能是致命的。
即便是自然环境中生产的非常干净的肉类，我们也是不应该吃的，而现在的情况可能比这个更糟糕。现代工作养殖环境下，肉类是被作为一种工业产品生产的。这些动物的肉在被送上餐桌之前，已经经过了非常复杂的饲养、运输、宰杀甚至美化改装过程。在这复杂的过程中，我们吃的东西已经全面地被风险化了，而肉食的风险比素食则更大。
我们现在所吃到的这些猪肉、鸡肉等，在养殖的过程中，被打了许多的抗生素、荷尔蒙、镇定剂、开胃剂、预防针等等，以及终身喂食了很多很多的化学饲料!而以上这些药每一项都是有毒的，因此有很多动物，甚至在还没有进入市场以前，早就被这些药给毒死了。
并且这些牲畜所吃的饲料，在种植期间都喷洒了大量的农药，在经过几个月的喂食之后，这些动物体内所累积的农残留量，经过美国大学的研究报告中显示，比市面上所买来的蔬菜、水果的农药残留量还要高出13倍以上，吃肉比吃菜还吸收到更多的农药，真是大出人们的意料之外!
肉品进入市场之后，如果经过一两天还卖不掉的话那么它的颜色就会有变化，生意人为了要减轻他们的损失，就将这些肉拿去泡硝酸盐这种有毒的药品做为防腐剂，这样可以让经过三四天的肉，虽然里面已经有一点腐烂了，味道也有一点点臭了，但是外面看起来还是很新鲜、很红嫩!看的人也以为很好吃。还吃的很香!
另外，患病的牲畜宰杀之后，那一些带著疾病的肉，依然会被家庭主妇，煮成桌上的佳肴，然后全家人吃得津津有味。在实验室里面，科学家把曾经患有癌症的动物的肝脏把它磨碎，喂给鱼吃，结果这些鱼几乎都得了癌症！可见如果我们吃下这些已经发生病变的肉类，对我们的健康是多危险的事情啊!
格利及史蒂芬·纽尔在他们合著的《你身体内的毒素》一书揭示了企业经营的动物农场所运用各种层出不穷的手法。“动物不断被填进镇静齐、荷尔蒙、抗生素，以及其他二千七百种的药物。目的是要他们活下去，还要养得肥肥胖胖的。”他们写道：“甚至在他们还未出生之前，这个催肥的程序便开始，一直到他们死亡之后的一段相当日子，还继续下去。尽管在你吃肉的时候，这些药物仍然遗留在肉里，法律并没有规定包装上须要列明这些药物。”肉商施用这些药物可以减低他们的制肉成本，可是将来消费者要付出医药费，甚至要赔上生命的代价又是多少呢?
另一种肉商常用的催生剂是砷。美国农业部发现国家占百分之十五的家禽业用的砷量超过法律制定的限度。砷根本就是一种毒药。
用来减缓肉类如火腿、腌薰猪肉腐坏速度的防腐剂：硝酸钠和亚硝酸钠都是有害健康的。这些化学物接触肉类的血和肌肉里的色素，便产生一种化学反应，使肉类添上一层鲜红色泽。不用这些化学物的话，动物尸骸的肉原来霉旧的灰色会使人望而却步。
不幸的是，这些化学物不会区分死尸的血还是活人的血，很多中毒死亡的人，都是意外地吃进了含过多化学物的肉。这些化学物遗害至甚，就算是少量也足以致命，对小孩和婴孩尤其如此。
家畜工业场地环境拥挤、污秽，一定要施用大量的抗生素。过度使用抗生素自然带来一些对抗生素免疫的细菌，这些细菌会传染到吃肉者的身上。还有，动物受屠宰时，因愤怒、恐惧、挣扎，会产生大量荷尔蒙或化学物，特别是肾上腺素，混和在动物血液里的废物，如尿素、尿酸，留在肉内，人吃了会毒害身体。
待宰家禽被拥挤在污秽不洁的环境，受强迫喂饲和不人道的对待，患病的比野生的更多。肉类检查人员尝试挑出不合乎规格的肉，可是，由于肉食工业团体的压力及时间的不足，被检定的肉远较规格所定的标准为低的情形，是肉类消费者不能想像到的。
美国农业部一份报告，列出患有眼癌的牛有十万头，患有肝溃疡的竟达三百五十九万六千三百零二宗，肉商只将患病的部位割去，其余部份仍被检定及格，供人食用。检定报告指出动物尸骸为侵蚀性的粪便、蟑螂、锈菌污染。有些检验官藉口解释法律的松缓，说如果要严格按规例去执行，没有一家肉类包装公司可以经营下去。
工业化环境中，目前，我们吃肉的风险比以前古人大太多了，稍微想想，这岂只是“饮苦食毒”，我们的处境简直是惨不忍睹耳不忍闻。所以，有些人劝人吃素不要吃肉，总是给大家讲爱护动物，其实仔细一看就知道，保护动物即是保护我们自己！
（没有任何针对，只是一种客观的分析和解读）