当时皖军还是很强的，又都集中于直隶一带，兵力调动上比直系军队四下散乱有巨大优势。
当直军前锋抵涿州后，段祺瑞自任“定国军”总司令，徐树铮为副总司令兼参谋长，段芝贵为前敌总指挥，兵分两路：皖军西路以段芝贵为司令，辖第十五师刘询、边防军第一师曲同丰、第3师陈文运所部，自涿州攻占高碑店，兵力约四万人；皖军东路军以徐树铮为司令，兵力为边防第2师、陆军第9、第13师，及三个混成旅，约六万人。
直军也分两路对抗：西路总指挥为吴佩孚，后路总指挥为王承斌，东路总指挥为曹锳，兵力为第3师及曹铰、王承斌、萧耀南、彭寿莘等混成旅，约四万余人。
相较之下，直军以四万对十万，从数量上较占劣势。不过直军都是百战精兵，都是在与南军交火的前线血雨腥风里闯出来的，实战能力要远比皖系的强。特别是吴佩孚的第三师向来是征南的主力人选，军心士气战斗力在北洋都是冠绝，曹锟就是靠着他的这股生力军才能在直皖系中间骑墙的。
而皖系都是各省驻防军临时抽调的，本身跨省作战就有诸多不便，与南方作战时更是都缩在后面想捡现成便宜。战争的弦一绷紧，心里上就先怯了。更别说新建的边防军三师四旅，纯粹是数量上吓人，新兵蛋子们都未见过血，这样的战斗力，可想而知。
而且最要命的是将也无战心，包括作为统帅的段祺瑞在内。
北洋军阀看似团体众多，但追溯不过两代便大多同宗，一些彼此是同学、同乡甚至邻居，他们之间很多人的分歧并非不可调和，他们之间你中有我。如直皖战争中皖系参战一师即为冯国璋原来带往京畿的卫队，所以在抵前线前即宣告中立，而“边防军”中不少官兵与直军将士“非姻即故，相率表示不战”，“谓如欲该军作战，除非将军官另换一班”。
段军第一路将领曲同丰誓师时，也不知道为何而战，困于无词可措，仅对兵士说：“这次战争，名义上是说不出来的。不过我们不打过去，人家就打过来。”又对官佐说：“这回的打仗，是我们受过军校军事教育者，同那些没有受过学校军事教育者的战争。”以此来给皖军将士打气。
段祺瑞也在战争中行仁义。比较两军战斗力，皖军有航空军及重炮队，直军没有，且无射击飞机之高炮，皖军明显居于优势。但段祺瑞不忍严令航空队施掷炸|弹，并令重炮队“非至万不得已之时，不准施放重炮”。
这个仗还怎么打！
所以后来尚其亨分析皖军挫败原因时说：“皖军之败，虽与天降暴雨及皖军内变有关，但所以致败之重要原因则在‘行军重视仁义’。”
张作霖见皖系军队主力已调向北京以南，后方空虚，准备乘机起事。他以破获了皖系派人在东三省有颠覆活动为名，宣布徐树铮八大罪状，并通电清君侧。
为避免两线作战，段祺瑞要求徐世昌以总统令要求各路军队退回原防，这样一来，奉军则不得入关。张作霖一不做二不休，联系顺直省议会、天津总商会、直隶商会联合会通电宣布段祺瑞三大罪状：
“…视东海（总统徐世昌字）为傀儡，待同官若奴隶，颐指气使，炙手可热。靳云鹏虽其门生，然既为总理，论体制应在督办之上。乃段祺瑞于院部有关系之文函，均亲笔批有交院、交部字样。其下属奉命转达于院部者，则直书曰奉督办谕，交总理总长办理等字样，俨以元首自居。今更擅改元首已盖印之命令，逼令元首之印绶，自由擅发，试问纪纲何在？此其大罪一。信任曹陆，借用日款五万万元，将东三省森林矿产及满蒙热河铁路之权，拱手以授日人，又将胶济、高徐、顺济等铁路与日本订立合同，使山东亦将为东三省之续。甚至订立军事协约，而日本军队侵入北满，假借参战练兵，而日本军官揽我兵权。至于赞成签订德约，主张直接交涉，无一不为媚外之作用，以自亡其国，此其大罪二。段于袁项城时，往往以项城任用权术，利用金钱收买下级军官，唆使反抗上官之举为不然。不料自彼执政以来，变本加厉。…广用金钱，结合各省军队以自固，以致军队日多，财源日竭。此其大罪三。”
这个电报末尾且指责段祺瑞并非如一般人所说的很廉洁，它指出：“天津义租界房屋，乃徐树铮于民国元年所得汉阳之款，以十三万元分润段而购置者；曾云霈以安福党费为段兴造春夏秋冬四季式之房屋；又复辟讨逆余款二百万元，尽入私囊；段在中日汇业银行有股份一百万元。”