“不要不相信，闪电鸟的电流可以产生蛋白质等生命所需的有机物，而急冻鸟和火焰鸟则是会使海底产生寒流和暖流，寒流和暖流相互混合，会加速生物的生长，带出更多的养料，有利于生物的大量的繁殖，这也产生了一种平衡，而现在闪电鸟和火焰鸟被抓，使这种平衡打破，世界会逐渐的走向灭亡的”，小智联系自己了解和学到的东西对小霞和火箭队说道。
“如果世界灭亡了，就没有神奇宝贝可抓了，我们会失业的喵”，喵喵这时却想到自己会失业，小智真是无力吐槽啊，不过这也是火箭队乐天派的作风。
“小霞，派蚊香蛙出来帮忙”，小智随后让小霞派出蚊香蛙。
“哦，蚊香蛙，出来吧，听小智的”。
“蚊香蛙，水枪；皮丘，十万伏特”，小智让蚊香蛙和皮丘同时对关着火焰鸟的笼子攻击，“皮丘的电流会把蚊香蛙的水电解，产生氧气和氢气，而电流同样也会产生电火花，引燃氢气，产生爆炸，所以大家要注意安全”，小智把小霞护在身后，同样对火箭队说道，而火箭队听了小智的话，立刻跑开了。
‘砰——’，随着一声巨响，产生了爆炸，而火焰鸟也成功的脱逃了。
“成功了”，看到火焰鸟逃了出来，小霞高兴的喊道。
“是啊”，小智也很高兴，而后火焰鸟就使用了喷射火焰，把闪电鸟也给救了出来，随后它们就撞破墙壁飞了出去，开始破坏飞行物。
“怎么办，要撞上了”，由于飞行物被火焰鸟和闪电鸟破坏，所以失控了，开始向下坠去，看着向下坠去的飞行物，火箭队担忧的喊了起来。
“比比鸟，决定是你了”，小智则是立刻派出了大比比鸟，“小霞，来”，小智爬上去后，把小霞也拉了上来，皮丘跳上了小智的肩膀，波克基古则是飞在小霞身旁，“比比鸟，飞到前方的岛上”，随后比比鸟就向前飞去，而火箭队就只能祈祷他们安全了，小智实在是无暇顾及了，不过以他们的“坏人主角光环”，肯定不会有问题的。
“小智，你看”，成功着陆后，小霞指着前方对小智说道。
“看来这里是雷之岛了，我们走”，看到前方的神社和黄色的宝珠，小智就知道是到了雷之岛，而后就上前把宝物拿到了手，黄色的透明宝珠里面有电流在乱动，而且有麻麻的感觉传来，小智赶紧把它放到口袋里，而后就拉着小霞跑开了，因为坏掉的飞行物掉了下来。
“他们完全的愤怒了”，随后传来了火箭队的声音，看来他们也安全着陆了，不过火焰鸟、闪电鸟和不知什么时候出来的急冻鸟愤怒了，开始乱放技能。
“我们现在怎么办？”不过对于现在所处的地方，小霞还是不知所措。
“超梦，把我们送到那边的岛上”，小智知道现在是要超梦帮忙的时候了。
“要我解决上面吗”，超梦一直知道发生的事情，出来后看着上方问小智说。
“先不用，它们也是无辜的，而且世界还需要他们的能力，先送我们过去吧”，小智知道以超梦的实力肯定能解决上面，不过那不是解决事情的根本，还是以比较好的方法解决为妙，确定祭台的所在岛屿后，小智让超梦把他们送到那边的岛上去，超梦也不愧为超梦，使用瞬间移动迅速的就将小智他们送过去了。
“小智，你们没事吧”，到了岛上后，就发现芙萝拉原来也在，看来她也知道必须在这里才能平息事情。
“没事”，小智回答芙萝拉说。
“把宝物放到那里”，而芙萝拉旁边是一只河马王，河马王随后对着小智说道。
“嗯”，小智听后立刻向那边跑去，把火之宝物和雷之宝物放到了祭台对应的位置上。
“他们过来了”，超梦这时看着向这边一边飞一边放着技能的火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟，对小智说道。
“海之神，洛奇亚”，不过就在他们到的时候，从海里传来一股漩涡激流，把他们阻碍在了外面，而后出现了一只神奇宝贝，河马王看到神奇宝贝的真容后说道。
“海之神？”小霞听了河马王的话重复说。
“是的，洛奇亚，超能系和飞行系的潜水神奇宝贝，传说中的神奇宝贝，被称为海之神，它的心情会影响到天气”，小智对小霞和芙萝拉解释着，同样也为旁边看到洛奇亚后感到威胁的超梦解释。
“超梦，不要冲动”，小智知道超梦很好强，不服输，看到超梦蠢蠢欲动的样子，小智安慰说。
“我知道”，超梦知道现在切磋不是时候，压下了自己的好胜心，“我先回去了，我怕待会儿会忍不住，危险的时候，我会出现的”，超梦不想一直看着洛奇亚，所以决定回去了。
“好”，小智无奈的看着超梦自己回去休息了。
“海之神只有在拯救世界的时候才会出现，不过也无法阻碍世界的灭亡”，芙萝拉看着天空中和火焰鸟、闪电鸟、急冻鸟缠斗的洛奇亚说道，看来她知道一直流传的传说。
“洛奇亚——”，洛奇亚好像知道这次的时间不能怪火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟，所以一直在躲避火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟的技能而没有反击，不过这时为了挡住火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟向祭坛释放的绝招，洛奇亚自己中了所有的技能，而沉入了大海，小智有点担心，“芙萝拉，麻烦你吹笛子，给洛奇亚力量”，随后小智想到笛子的声音可以使洛奇亚再次复活，所以拜托芙萝拉吹笛子。
“对啊，如果传说正确的话，笛子就可以了”，芙萝拉听了小智的话，也想起了一直流传下来的传说，于是拿出笛子，开始吹奏起来，‘呜~呜~呜~~呜~呜呜呜——’，随着芙萝拉的吹奏，悠扬的笛声开始向四周扩散，让人感受了宁静。
“是洛奇亚”，不一会儿之后，海里再次出现了漩涡水流，而且还闪着彩虹版的光泽，是洛奇亚出来了，小霞看到后，高兴的说道。
“我要感谢一下，感谢抚慰我的笛声，但是凭此笛无法抚慰三只神奇宝贝，只有当火之神、雷之神和冰之神拥有的宝物与海之笛调和的时候，才能消除他们的愤怒，能完成这件事的只有优秀的指挥者——人类”，而后洛奇亚通过心电感应向小智、小霞和芙萝拉表达了解决这次事情的方法。
“这件事交给我吧”，小智这时站了出来。
“小智”，不过小霞这时看着在前方肆虐的火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟，有点担心，虽然有超梦帮忙的话，可以很快的解决这件事情，可是超梦刚才说是有危险的时候会出来，也就是说不会现在出来帮忙，所以有点难。
“我已经拿到两个宝物了，只剩下冰之宝物了，我现在站在拯救世界最近的位置，虽然这一路也许会很艰难，可是我想要拯救这个世界，如果世界毁灭了，就没有神奇宝贝了，没有大家了，我不能让世界毁灭，而且传说中也只有优秀的人类指挥者才能拯救这个世界，我现在是最符合的了”，小智也看着前方的冰之岛和火焰鸟、闪电鸟、急冻鸟，不过则是表明自己要去，而且小智的心里还想到，‘虽然来到这个世界的时间不是很长，可是我已经有了新的朋友、家人，更有了生命中重要的伙伴——神奇宝贝，我要守护它们，我要拯救这个我存在的世界’。
“好，我知道了，小智，你去吧，我会支持你的”，认真看了小智十多秒后，小霞最后叹了口气并且说道，她现在只能支持了，而且也必须要支持，小霞也决定就这样陪伴小智一辈子，支持他一辈子。
“小霞”，听了小霞的话，小智走上前去轻轻的抱着小霞，“我一定会安全回来的，你要相信我，我可舍不得离开你哦”，随后小智在小霞的耳边轻声的对小霞说，给予小霞安慰，而小霞听了小智最后一句话，耳根开始发红，“呵呵呵”，小智看着小霞害羞的样子，心里一阵的开心。
“去拯救世界吧，皮丘，我们走”，放开小霞后，小智走到前面，“皮丘~”，皮丘也跳上小智的肩膀。
“等一下，接下来是我们的表现时间”，就在小智想要拍出比比鸟的时候，传来火箭队的声音。
“火箭队？”看到坐着皮艇出现的火箭队，小霞一阵的好奇，而且他们的皮艇后方有一个螺旋加速器，其实是大木博士和小智的妈妈他们做的飞行器降落在了这个岛上，而且坏了，所以火箭队就加以利用了，不得不说火箭队的技术水平还真不赖。
“世界的危机，就是大家的危机，在世界毁灭之际，邪恶和正义都没有了，目标只有一个，世界和平，能够快乐的偷盗神奇宝贝”，武藏、小次郎和喵喵则是很正派的说道。
“洛奇亚，拜托你为我们护航，好，我们向冰之岛进发”，小智和洛奇亚说完后，就和火箭队向冰之岛进发了。
皮艇攀上冰面，在螺旋加速器的推动下，快速的向前方奔去，而上方的火焰鸟不断的释放喷射火焰，闪电鸟释放十万伏特，急冻鸟释放急冻光线，不过洛奇亚都用技能和防护罩给挡住了，小智他们一路狂奔的到达了冰之岛，随后是冰之森林，皮艇沿着陡坡，向上攀进，迎接的是冰之洞穴，小智他们在经过了长长的冰之洞穴后成功的平安到达了冰之岛的神社。
“最后的冰之宝物”，小智看到神社后，就立刻跑上前去把宝物拿了下来，蓝色的宝珠中有蓝色的冰冻射线在跳动，还有凉凉的感觉，“我们赶紧回去吧”。
“对，赶紧撤啊喵”，喵喵也反应过来，然后大家就向皮艇跑去。
“啾啾啾~”，不过就在这时急冻鸟出现了，一道急冻光线打来就把来的路给封死了，随后闪电鸟一发十万伏特也逼迫小智他们离开了皮艇，最后火焰鸟的喷射火焰使皮艇报废了。
“这边”，没办法，只能跑路了，小智说了一声后就向一边跑去，而火箭队也紧跟其后，不过后方这时却出现了混战，急冻鸟的技能不小心打中了闪电鸟，而闪电鸟技能也命中了急冻鸟，急冻鸟掉到了地上，火焰鸟还随后补了一发喷射火焰，急冻鸟躺在地上奄奄一息。
“宝物呢”，沿着冰山向下跑去，洛奇亚出现了，并问小智。
“当然拿到了”，小智拿出宝物给洛奇亚看。
“上来吧”，随后洛奇亚就把小智驮上了背，而火箭队也抱上了洛奇亚的大腿，不过火焰鸟和闪电鸟还是紧追不舍。
“啊~，难道我们在拖后腿”，洛奇亚不过的躲着火焰鸟和闪电鸟的技能，不过还是很险，这时武藏说道。
“正如字面意思”，小次郎也觉得自己是拖后腿。
“我们还是不要拖后腿了，为了守护世界的和平，再见了宇宙”，随后火箭队三人就松开了手，向下落去。
“火箭队——”，“皮丘~”，看着向下落去的火箭队，小智觉得在世界危机面前，火箭队也是可敬的人，他们为了世界宁愿舍弃自己，这是多么无私的精神，也许他们没有考虑到这么多，可是他们的行为却是感人的，小智心里为火箭队打上了好人的标签，不管以前和以后会如何，这一刻他们是无私奉献的好人。
“洛奇亚，很高兴和你认识”，暂时摆脱了火焰鸟和闪电鸟的纠缠，小智对洛奇亚说道。
“我也很高兴，你可以和我一起来保护我们所居住的地方，每个人心中也许会有自己各自的世界，可是这个世界确实我们大家共有的”，而后洛奇亚也对小智表达了心中的想法，不过此时，由于三神鸟长时间的失控，天气也开始反复无常起来，乌云遮蔽了天空，不断的劈着闪电，飘着雪花，还有龙卷风从水中卷出。
“洛奇亚，小心后面”，就在马上就要到达祭坛的时候，突然从后方飞来四个三角形的金属环，小智一看就知道是那个收藏者的机器，于是立刻提醒洛奇亚，而后洛奇亚也反应过来，使用了它的专属技能空中爆破，金色的能量呈射线超远距离的射向坠落于雷之岛的飞行物，直接把它破坏掉了，而没了飞行物的控制，金属环无力的掉了下去，砸破冰面，坠于大海。
“小智”，没了阻碍，终于平安的到达了祭坛所在的位置，小霞看到小智后，立刻跑上前去，看到小智没事才彻底放下心来。
“我没事，第三个宝物我也拿到了”，和小霞说完后，小智就立刻跑上祭坛，把最后的宝物放到了所处的位置，“芙萝拉”，看到三个宝物就位后开始发出红色、黄色和蓝色的光芒，最后综合为绿色充填于祭坛，并从中流出绿色的泉水，绿色的泉水把周围的铭文充填后，攀上四周的七根石柱，把石柱转变为了翡翠，鲜绿欲滴后，小智对芙萝拉喊道。
“嗯”，随后芙萝拉走上祭坛，吹奏起了笛子，随着‘呜~呜~呜~~呜~呜呜呜——’的笛声的不断传播，七根翡翠般的石柱也随着韵律和音符而发光，绿色的泉水不断的涌出，从祭坛向下流去，泉水向大海远处扩散，绿色的开始晕染，大海完全染成了发光的绿色。
“啾啾啾~~”，而就在这时，火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟也随之复原了，围绕在四周飞舞，，乌云散去，天空开始慢慢放晴，明媚的阳光照耀着大地，覆盖的冰雪慢慢消融，绿光散尽后大海终于又呈现了蓝色，展现了它的广博。
“太好了”，看到一切都恢复了，小霞非常高兴的说道，小智也一脸微笑的看着这个世界，这个自己亲手拯救的世界。
“上来吧”，洛奇亚看到世界复原后，俯下身对小智说道。
“好”，而小智则是非常高兴的攀上洛奇亚的背，皮丘也跳上了小智的肩膀，而后洛奇亚就带着小智飞上了大海上空，小智俯瞰着下方的大海非常的兴奋，虽然刚才也经历过，不过那是毕竟是要带回冰之宝物，没有时间欣赏，而且这时洛奇亚的身后从海里带出一股海流，在空中前进，非常壮观，火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟也飞在一旁，之前来橘子群岛的神奇宝贝们也要各自回自己的故乡了，现在是真正的天海交融了。
飞行了一段时间后，海流回落于大海中了，火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟也各自飞回了自己的岛屿，洛奇亚则是把小智送到了祭坛所在的岛上，芙萝拉这时也停止了吹奏，祭坛也恢复了原样。
“就把我当成传说中的存在吧，对于这个世界来说也是一种幸福”，事情都圆满的结束了，时间也到了傍晚，红色的夕阳映照着大家，大海也被染成了红色，洛奇亚此时也要离开了，他通过心灵感应对大家说道。
“嗯，不过期待与你的再次相见”，小智也知道该结束的迟早也结束的，所以就回答说，随后洛奇亚就潜入了水中，离开了。
“它走了”，小霞走过来，靠着小智说道。
“是啊”，小智也有点颇为怀念的说，不过说不定会再见呢。
“小智，小智——”，这时一旁有人在呼喊小智。
“妈妈”，原来是小智的妈妈他们终于从祭坛后的山上爬了下来，小智看着急切的跑过来的妈妈，非常的尴尬，虽然知道是自己在这个世界的妈妈，可是在自己来到这里的第一天，就出来旅行了，关东大赛开始之前和结束之后有一段时间在家里，可是自己忙着训练也没有和妈妈真正的呆在一起过，小智是真的不知道要怎么面对。
“小智，我看到了，为什么做这么危险的事”，小智的妈妈气喘吁吁的跑过来就非常生气的问小智说。
“可是，小智拯救了这个世界”，小霞则是在一旁替小智说话，希望缓解一下气氛。
“那又怎么样，你还是小孩子，不能乱来啊；拯救世界，赌上性命去做？小智不在的话，就没有小智的世界了，就没有我的儿子了，因为有你，所以才有世界”，小智的妈妈花子说着说着语气就弱了下来，眼中开始出现泪水。
“妈妈”，听了妈妈的话，小智的眼眶也湿润了，不得不说小智是一个感性的人，那句‘因为有你，所以才有世界’成功的戳中了小智的泪点，“妈妈”，小智扑进了妈妈的怀里哭了起来，哭的非常伤心，谁说男儿有泪不轻弹，只是未到伤心处，独自来到这个世界，旅行中认识了小霞、小刚、小建还有其他的朋友，收获了许多重要的伙伴，不过还是在夜深的时候会有孤独的感觉，仿佛自己是处于这个世界之外的一样，小智现在好像是把这么长时间的压抑、苦闷、孤独、寂寞全都发泄了出来，因为他又有了血肉至亲——他的妈妈，这一刻，小智终于完全的融入了这个世界，花子是他永远的妈妈。
“好了，别哭了”，抱着小智一会儿之后，大木博士和内木博士终于干了过来，小智的妈妈对小智说道。
“嗯”，小智离开妈妈的怀抱，擦干泪水，露出了幸福的笑容。
“好，快点来研究这件事吧，返回真新镇了”，大木博士刚到这里后就急着要回去研究了，而后就跑开了，小智的妈妈因为是同一班机，所以也只好跟着走了，小智本来还想要和妈妈多聊一会儿呢，不过现在没有机会了。
让我们再来看一下其他人的情况吧，收藏家的飞行物彻底的毁坏了，只好离开了，不知道是建造新的飞行物去了，还是有了新的目标，反正是不知所踪了，也许在未来的某个地方会再次相遇；而火箭队在放开洛奇亚的时候，本来以为会摔落于冰面上而死亡，不过迎接他们的却是被神奇宝贝们破开冰层的大海，因此得救了，在事情终于圆满结束的时候，他们也爬上了祭坛所在的岛屿，不过已经找不到小智他们了，不过相信很快就会相见的，呵呵。
又解决了一件事，不过小智他们也再次踏上了旅行，最后一个徽章正在等待着他。
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