“上一次你在神奇宝贝研究月刊上面发表的‘神奇宝贝之地域差异与适应性的中间报告’，写的真是太精彩了，我全都拜读过了”，，大木博士这时对着内木博士说道。
“哪里，博士您写的那篇‘神奇宝贝与人的共存问题探讨系列’，我也是深深的感到兴趣呢”，而这边的内木博士也开始了，小智看到这两个人你来我往的说，真是无语了。
“你们这样说下去，没忘没了了”，小智在旁边提醒说。
“说的也是，那么大木博士剩下的就拜托你了”，内木博士反应过来后说的。
“没问题，我尽量试试看吧”。
“博士，那你就等我挑战完胜利者杯吧”，小智这时对着大木博士说道。
“好，要加油啊”，博士说完后就挂了电话。
“这里整个地方都是庭院吗？”在事情结束后，小智等人就跟着内木博士到了后院。
“没错，为了正确的观察神奇宝贝的生态，必须要有这么大的地方才可以，对了，小智你拍的那个传说的神奇宝贝的照片对我们的帮助很大，而且还有绝种的化石神奇宝贝，你真是帮了我们研究人员大忙啊”，回答完小刚的话后，博士又对着小智说道。
“还好了，我还会努力的”，小智说道。
“嗯，期待你的新发现”。
“不愧是南国的小岛，连花都这么鲜艳”，这时小霞跑到一朵大花面前说道，“叫尅古~”，可是突然花动了，原来是一只霸王花。
“是霸王花耶，可是颜色和图案跟以前的不一样”，小刚看到后说道。
“吃饭时间到了”，这时那三个女生推着一车的神奇宝贝食物过来喊道。
“哇，这里其他的神奇宝贝也跟以前的不一样耶”，看到跑出来的各种神奇宝贝后，小霞说道。
“他们是这个地方特有的品种吗？”小刚看着正在吃饭的神奇宝贝问道、
“你说的没错，这也是我的研究主题之一，这里是距离你们居住的城市非常非常遥远的南方小岛，由于气候、风土、环境不同，神奇宝贝也有着微妙的差异，我就是实际在饲养，把神奇宝贝的差异记成资料”，内木博士听到小刚的话后说道。
“你们这里的神奇宝贝全是博士你一个人饲养的吗？”小刚这时发现了问题后问道。
“没错，这些都是我非常可爱的孩子呢”。
“这个……博士”，一个女生这时对着博士说道。
“哎，又来了，真伤脑筋”，内木博士看着在一棵树枝上的巴大蝴说道。
“怎么了”。小刚跑过来问道。
“这个孩子一直都不太喜欢吃东西”，博士解释说，“有改变一下配方吗”，然后问那个女生说。
“有啊，这是今天的配方表”。
“嗯，配方上应该是没有问题才对”，看着配方表之后，博士说道。
“我知道了”，而小刚在闻了闻、尝了尝后就说道，然后跑开了，随后在小刚的帮助下，掺了甜味的树果的食物被巴大蝴喜欢了。
“博士，我可不可以向你要这只走路草啊”，这时旁边的小智蹲着喂一只走路草说道，这只走路草也因为南方小岛的关系而变得颜色非常鲜艳。
“哦，你喜欢这个孩子啊，可以是可以了，而且这样这个孩子也可以出去看看，不用一直呆在这里，不过要对战后才行哦”，你们博士看着小智非常的喜欢走路草，并且也知道小智在石英大会得到了冠军，这样对走路草会有好处，于是答应了小智。
“好，伊布过来一下”，听到博士的答复，小智对着正在和皮丘玩的一号伊布喊道。
“伊~布~”，伊布叫着跑了过来，“走路草，做好准备了吗？”随后小智又对这边的走路草说道。
“伊布，影子球”，小智上来就让伊布使用了影子球来压制，走路草想躲开可是速度太慢被打中了，然后就看到走路草开始使用溶解液，“伊布，使用电光一闪”，伊布用电光一闪轻松的避开了走路草的攻击，“影子球”，小智继续让伊布用影子球，影子球有打中了，“去吧，神奇宝贝球”，而这时小智也扔出了宝贝球，虽然这里的神奇宝贝都是内木博士的，但她只是养，而没有收服，所以小智还是成功的收服了走路草，随后把大嘴雀传送来回去。
随后大家一起到了内木博士住的地方，“好脏啊”，一进去，小霞看着满是垃圾的房间说道。
“因为我们只喜欢研究，其他事情只是随便做做”，博士随便的说，然后保姆刚叔发挥了他的实力，房间变得焕然一新，并且还有一顿大餐。
晚上，小霞和波克基斯已经睡了，而小刚则是去找内木博士了，小智就带着皮丘和伊布坐在沙滩上，“你真的要跟着我吗？”小智对着一边已经显现出样子的超梦说道。
“是的，是你解救了我，使我相信了人类，我要一直跟随着你，而且相信以后的旅行会很有趣”，听到小智的话后，超梦说道。
“可是普通的神奇宝贝球无法收服你吧”，这时小智说出了一个关键性的问题。
“没错，不过我感应到你有很多不普通的神奇宝贝球”，而这时超梦的一句话却把小智给吓着了。
“这怎么可能，要说不普通的神奇宝贝球，我就只有一个GS球而已啊”，小智不解的问。
“他们在你的手表了，我也不知道怎么回事，反正我的波导感应到了不同于一般神奇宝贝球的波导”，超梦试着解释说。
“嗯？手表？”小智看着手腕上的电子手表，陷入了沉思和深深的怀念中，因为这块手表是从小智原来的世界中跟随过来的，是小智唯一记得自己原来不属于这个世界的标志，而且为了纪念，所以小智一直戴着，而现在超梦说这块手表与众不同，小智不知道要怎么做，于是摘下手表，按了按其中的显示日期的按钮，突然小智的眼前出现了一个虚拟的屏幕，上面显示了七个项目，分别是普通物品、药品、技能机、树果、贵重道具、神奇宝贝和神奇宝蛋存储箱，小智颤抖的点开普通物品，映入小智眼帘的是各种数目为999的宝贝球、进化石和各种道具等，而药品则是999的各种伤药、增幅药等，技能机则是全部的技能，树果则都是999的全部树果，最后的贵重道具就是什么钓竿、自行车、树果种植器、地图、贴纸盒、宝石和机器等，而点开神奇宝贝一项则只有几个问号，看到这些，小智的内心真是不知道说什么了，这是小智在通关口袋妖怪X后，通过金手指改出来的完美存档，而且小智还把自己之前的版本的神奇宝贝传来过来，因为小智是收集控，所以这个存档可以说包含了所有的神奇宝贝，全部都是满级的，而且里面还不乏一些闪光的神奇宝贝，可是现在只是显示了问号，而对于最后的神奇宝贝蛋存储箱，小智想到当时自己在存完档后又把所有的神奇宝贝都修改了好几对的蛋出来，而且还是满个体值的，不过现在也是问号。哎呀不管了，有前面这些就可以了，这时小智想到，不过不知道我可不可以用，小智怀着忐忑的心情，伸手点了一下大师球，随后就看到大师球后的数字跳动变成了998，而小智的手里也多了一个紫色的神奇宝贝球，看到这个宝贝球，小智的内心无比的激动，他知道有了这些东西的帮助，今后他的神奇宝贝之旅可以更加的方便了。
“超梦，这个可以了”，小智拿出大师球后对着超梦说道。
“知道了”，随后超梦碰了大师球一下后，化成了红光进了宝贝球，不过神奇宝贝球并没有消失，小智有点纳闷，这已经是他现在带的第七只神奇宝贝了，仿佛突然抓到了什么似的，小智点开虚拟屏幕上的神奇宝贝一项，就看到多了超梦这个选项，小智试着把超梦的神奇宝贝球放到超梦这个选项的右侧圆形洞，宝贝球就这样消失在了小智的眼前，小智看到这儿，非常高兴，因为他知道，只要是自己从手表中拿到的神奇宝贝球收服的神奇宝贝就不用传送到大木博士研究所，研究的差不多后，小智拿出超梦的神奇宝贝球，并放出了它。
“好了，今后，我们可以一直在一起了，请多指教”，对于超梦，小智也没有完全当神奇宝贝，因为他的智商太高，简直相当于人类了，“对了，以后是我一直把你放在外面，还是你要在手表中。”小智问了超梦一下，毕竟征求一下意见还是好的。
“我刚才试了一下，在手表里可以完全的了解外面，而且这个宝贝球，我也可以随时出入，我还是先呆在里面吧，等想出来的时候再出来”，超梦想了想后说道，毕竟它不是那种一直想走来走去的神奇宝贝。
在解决了超梦的事后，小智又拿出两个安抚之铃给伊布带上，然后带着自己的神奇宝贝回到了研究所，而就这时的内木博士刚好因为救拉达而被霸王花的花粉给弄倒了，所以小智就随着大家一起到神奇宝贝中心，经过一晚上的治疗，内木博士在第二天上午也恢复了精神。
“什么，你要留下来”，在听到小刚的决定后，小霞非常的吃惊。
“留在这个地方，好像可以可以看到很多神奇宝贝的新面貌，身为训练家以及饲育家，这个地方特别激起我的兴趣”，小刚逗弄着昨天的巴大蝴说道。
“好了，我们知道了，要加油哦”，小智知道小刚要呆在这儿没多久，城都联盟还会再见的，所以就说道。
“再见了，内木博士、小刚”，在告别了大家后小智和小霞又重新上路了，而为了挑战橘子联盟，所以小智才没有去找火箭队呢，于是乘着小霞刚才用蚊香蝌蚪交换来的暴鲤龙飘上了大海，新的联盟开始了。