过不多时，亲兵惊慌地跑进中军大帐，禀报道：“侯爷，崇明城里的清虏打开城门，从冰面上向平洋沙杀来。”张名振急忙问道：“清虏来了多少人？”亲兵道：“一万多人。”张名振沉稳地说道：“我军营盘前挖有深沟，传令下去，打碎沟里的冰，全军据守营盘，用火炮铳箭杀伤清虏。”张煌言请战道：“我军有两万多将士，有一半据守营盘即可，苍水愿率军迎敌。”张名振立即召集将领们，分派了作战任务，众人领令而去。
却说清军有近半人马登岸后，突然号炮声响起，明军铳炮齐鸣，打得清军人仰马翻。张名振随后率主力杀出，列阵迎战清军。紧接着张煌言率军攻打清军右翼，姚志卓率军攻打清军左翼。清军猝不及防，上岸的清军队形被冲散。清军主将急忙令骑兵上岸，可是匆忙之时，马匹或摔倒在冰面上，或陷在冰窟中。余者战战兢兢地登岸，亦不敢打马飞奔，行动迟缓。
清军后续兵马源源不断地登岸，渐渐稳住阵脚，与明军杀得难解难分。天色已大亮，阳光照在冰雪上，反射出耀眼的白光。双方激烈地拼杀，鲜血迸射而出，在冰雪的映照下，令人触目惊心。姚志卓率义军奋勇冲杀，不幸没于阵中。清军逐渐占据上风，打得明军节节败退，直至退于军营中。清兵们贪功冒进，冲至军营边上时，纷纷坠入河沟之中。明军营盘火炮隆隆响起，如同冰雹般的霰弹飞入清军阵中，打得清兵们纷纷倒下。明军三处营门打开，将士们举刀擎枪，呐喊着冲杀出来。清军毫无战意，争先恐后地逃跑，留下遍地尸体，狼狈地逃回崇明城。
此战过后，清军深以为忧，立即调集江南水师云集长江口，大举向明军进攻。张名振调动全军应战，挫败了清军的进攻。接着率军主动出击，以船载火炮掩护，步兵登陆攻击周围的清军，斩获颇丰。清军不习水战，又是分散驻守，处处告急。
不觉到了永历八年，亦是顺治十一年，张名振与将士们在长江口过了新年。正月十七日，忽然刮起东南风。张名振大喜，立即率军乘风进入长江。沿江清军大骇，纷纷向明军发炮。明军则还以更加猛烈的炮火，击毁清军数个炮台，二十一日行至瓜州。
金山岛上的清军尚未发炮，明军密集的炮火便至，摧毁了岛上炮台。葛明率五百士兵登岛，消灭了残余清军，缴获了军火和钱粮等物。张名振立即率张煌言、刘孔昭等人登岛，来到金山寺，朝南京方向跪拜，遥祭明太祖朱元璋的陵墓。张名振泣下沾襟，赋诗寄慨道：
“十年横海一孤臣，佳气钟山望里真。
鹑首义旗方出楚，燕云羽檄已通闽。
王师枹鼓心肝噎，父老壶浆涕泪亲。
南望孝陵兵缟素，看会大纛纛龙津。”
明军随后在镇江停留了三日。满清江南江西总督马国柱急派提督管效忠领兵由浦口、六合增援仪真、瓜州；阿思哈哈番尼堪领兵由龙潭救镇江。明军在清军到达之前，调转船头沿江东下。三月初六日，张煌言率明军五百人在扬州府属吕四场登岸，击败防守清军，缴获大河营守备印。在明军停留期间，迟迟不见孙可望派兵顺江而下，却传来了南京清军水路齐下的消息。张名振当机立断，率军退回崇明岛。